L'île Magdalena peut désigner : l'île Magdalena, une île mexicaine sur la côte pacifique de la péninsule de Basse-Californie ; l'île Magdalena, une île chilienne dans le détroit de Magellan, faisant partie du monument naturel Los Pingüinos, l'île Magdalena, une île chilienne située entre le canal Moraleda et le canal Puyuhuapi, en partie dans le parc national Isla Magdalena.