La ou , également nommée transplantation de microbiote fécal (TMF), transplantation fécale, greffe fécale, greffe de selles ou transfusion fécale (en anglais, (HPI) et plus souvent dans les articles médicaux (FMT)), est un traitement médical destiné à des patients souffrant de certaines maladies intestinales (notamment résistantes aux traitements antibiotiques classiques) : colite pseudo-membraneuse (CPM) induite par une infection par la bactérie , cause importante de diarrhée nosocomiale microbienne. Cette infection est souvent suivie de rechute chez les patients présentant des comorbidités importantes. Nombre d'entre eux deviendront dépendants de la vancomycine (par voie orale pendant de longues périodes avec une amélioration clinique souvent temporaire). Ces patients doivent supporter une morbidité importante, des diarrhées récurrentes et le coût financier d'une antibiothérapie chronique ; colite ulcéreuse (CU). Rectocolite hémorragique (RCH) allergies alimentaires (avec de premiers résultats « enthousiasmants » en 2026).
Cette thérapie vise à restaurer l'écologie microbienne et l'homéostasie du côlon en y réintroduisant une flore bactérienne saine, prélevée dans les selles provenant d'un donneur sain. Elle fait partie des approches thérapeutiques non pharmacologiques ;
Description de la procédure La procédure elle-même implique l'introduction dans l'intestin du malade d'un échantillon vivant de flore bactérienne humaine, provenant du lavage de l'intestin d'un donneur sain. Le malade peut avoir été préparé par un traitement antibiotique préalable (s'il n'y a pas d'antibiorésistance suspectée) et par un lavage oral au polyéthylène glycol.
La transplantation fécale est administrée par lavement colique ou par tube nasogastrique.
Les lavements coliques sont préparés et administrés en milieu hospitalier pour assurer toutes les précautions nécessaires.Certains patients se rétablissent après un seul apport de « transplant fécal Bennet JD, Brinkman M. 1989;1(8630):164. », mais le processus peut être répété (après cinq jours et encore après dix jours si nécessaire) pour garantir le meilleur ensemencement possible.
Pour limiter les risques, on utilise souvent un extrait de selles provenant d'un parent proche, jugé en bonne santé, et après qu'il a été testé pour un large éventail d'agents infectieux et parasitaires Taylor, Maureen « » CBC News 13 novembre 2007..
La perfusion probiotique peut également être administrée par un tube nasogastrique, afin de fournir un cortège sain de bactéries directement au petit intestin. Toutefois cette méthode peut se compliquer d'une régurgitation avec pneumopathie pouvant être fataleBaxter M, Ahmad T, Colville A, Sheridan R. Fatal Aspiration Pneumonia as a Complication of Fecal Microbiota Transplant, Clin Infect Dis, 2015;61:136-137.
Des bilans réguliers restent nécessaires jusqu'à un an après la procédure.
Variante Une forme modifiée de bactériothérapie fécale est en cours d'élaboration (en 2009) pour certains patients à risque d'infection par Clostridium (C. ) : des germes fécaux », dite ARGF (acronyme qui correspond aussi à l') qui est a priori plus sûre, plus efficace et plus facile à administrer. Un échantillon fécal autologue est prélevé chez le patient avant le traitement médical, par exemple avant une opération ou une situation à risque. L'échantillon est stocké au réfrigérateur. Si le patient vient à développer une infection à C. , alors l'échantillon est extrait dans une solution saline et filtré. Le filtrat est lyophilisé. Le lyophilisat (poudre) résultant est mis sous forme de gélules entérosolubles (résistantes à l'acide gastrique stomacal) pour restaurer la flore colique antérieure du patient en faisant concurrence à C. . Cette procédure permet d'éviter les risques d'introduire un autre pathogène provenant d'un donneur qui n'est pas le patient. Elle permet aussi d'éviter la problématique de l'administration par sonde nasale pour atteindre le duodénum du patient.
Principes théoriques L'hypothèse qui sous-tend la bactériothérapie fécale est qu'il existe une écologie microbienne intestinale et qu'il est possible d'utiliser une flore bactérienne équilibrée et inoffensive pour repousser des organismes pathogènes. Le microbiote est parfois considéré comme une entité biologique, voire un organe métabolique symbiote associé à l’organisme de son hôte ; un organe composé d’un nombre d’organismes pouvant chez l'Homme atteindre un total de 10 individus (sur une base de 1,5 kg de microbiote de l'hôte) et pouvant inclure de 500 à espèces différentes formant un génome collectif qui est estimé contenir 100 fois plus de gènes que le génome de l'hôte si c'est un humain. Dans la mesure où la proportion de bactéries aérobies/anaérobies est de 1/1000 au niveau du colon "p21/106, 2014,Comparaison de la sensibilité aux antibiotiques des bactéries anaérobies isolées d’hémocultures au CHU de Nancy en 2010 et en 2014", il est probable que la transplantation effective soit surtout celle du virome plus que des bactéries du microbiote"Biocodex: Les bactériophages essentiels pour éradiquer Clostridium difficile ". L'action de virus qui sont des bactériophages d'une bactérie Clostridium difficile a en effet été mis en évidence"Nbci, fevrier 2018:Efficacy of an Optimised Bacteriophage Cocktail to Clear Clostridium difficile in a Batch Fermentation Model". L'infection par Clostridium difficile pourrait résulter d'une dysbiose du virome (déficit en virus caudovirales)"Nbci: 2018Bacteriophage transfer during faecal microbiota transplantation in Clostridium difficile infection is associated with treatment outcome". Il serait donc sans doute plus approprié de parler de phagothérapie. En effet, dans le cas de la bactérie Clostridium difficile si celle ci est devenue résistante aux antibiotiques, elle est établie en biofilm qui n'est très probablement perturbé que par un nouvel environnement viral"2017,Efficacy of Sterile Fecal Filtrate Transfer for Treating PatientsWithClostridium difficileInfection, p10/20" et non bactérien.
Remarque : le rôle complexe du microbiote est encore mal compris. On a observé que plusieurs espèces d'animaux herbivores, rongeurs reingèrent certains de leurs excréments pour une double digestion. Et des comportements de coprophagie, normaux ou anormaux existent chez certaines espèces. Ici, il ne s'agit pas de coprophagie, mais de réinsertion de souches bactériennes « normales » dans l'intestin, par les jeunes animaux notamment.
Histoire Cette thérapeutique est attestée dès le en Chine, où l'alchimiste et médecin Ge Hong prescrivait l'administration d'une « soupe jaune » (ou « soupe dorée ») pour le traitement de diarrhées sévères () et ().. Cette pratique traditionnelle reste l'objet d'études.
Le transplant fécal a été développé à la fin du par le et son équipe à Sydney, en Australie, principalement comme un traitement alternatif pour la colite pseudo-membraneuse. Cette maladie est causée par la bactérie et est habituellement traitée par antibiotiques.
Cette approche n'est pourtant pas tout à fait nouvelle. Elle a longtemps été utilisée chez les animaux d'élevage, par exemple, pour prévenir la salmonellose chez les poulets.
À la fin des années 1990, une étude randomisée a concerné 116 patients. 59 ont reçu un anti-inflammatoire (mésalazine, fréquemment utilisé pour traiter certaines maladies inflammatoires du colon et de l'intestin (MICI). 57 autres patients ont reçu une souche non pathogène d’Escherichia coli. Tous les patients ont été préparés par un traitement médical standard, avec une semaine de traitement oral à la gentamicine. Après rémission, les patients ont été observés, pour une période maximale de 12 mois. La durée moyenne de la rémission a été légèrement plus courte pour le groupe traité à la mésalazine, par rapport au groupe traité par E. coli (206 versus 221 jours). Le temps moyen avant rémission est de 44 jours pour le groupe mésalazine contre 42 jours pour le groupe traité par E. coli. Le taux de patients ayant connu une rechute a été presque équivalent (73 % versus 67 %), à nouveau très légèrement en faveur du groupe traité à la mésalazine. Les auteurs en ont conclu que la souche non pathogène d’E. coli a une efficacité presque équivalente à celle de mésalamine pour prolonger la rémission de la colite ulcéreuse BJ Rembacken, AM Snelling, PM Hawkey, DM Chalmers et ATR Axon 1999;354(9179):635-639. (Résumé) .
La notion de « transplant fécal » est par ailleurs utilisée pour produire des souris de laboratoire qui sont des modèles se voulant représentatifs de l'écosystème intestinal humain. Ces souris sont produites par transplantation de communautés microbiennes humaines chez des souris C57BL/6J (sans flore bactérienne). Ces souris humanisées le sont de manière stable, et la population bactérienne intestinale reproduit une grande partie de la diversité bactérienne du microbiote du donneur, transmissible à la génération suivante Peter J. Turnbaugh, Vanessa K. Ridaura, Jeremiah J. Faith, Federico E. Rey, Rob Knight, et Jeffrey I. Gordon « » Sci Transl Med. 2009;1(6):6ra14. .
Dans le cas de la colite pseudo-membraneuse, l'agent pathogène est connu (C. difficile). Pour la colite ulcéreuse, aucun agent pathogène n'a été trouvé à ce jour. Mais l'efficacité de la bactériothérapie fécale dans ce cas suggère que la cause de la colite ulcéreuse pourrait être une infection antérieure par un agent pathogène encore inconnu. Cette infection initiale peut sans doute parfois se résoudre naturellement. Mais dans certains cas, un déséquilibre de la flore intestinale du côlon pourrait conduire à un cycle inflammatoire (ce qui expliquerait la nature cyclique et récurrente de cette maladie). Ce cycle semble, au moins dans de nombreux cas, pouvoir être rompu par la recolonisation du côlon du malade par un complexe bactérien prélevé dans un intestin sain. Certains médecins estiment que le traitement, effectué dans de bonnes conditions, est sûr et que de nombreux malades pourraient bénéficier de cette thérapie Michael S. Silverman, Ian Davis, Dylan R. Pillai « » Clin Gastroenterol Hepatol. 2010;8(5):471-3. .
Depuis 2013, il existe une banque de matières fécales gérée par une association sans but lucratif, Openbiom., qui se trouve à Cambridge, dans le Massachusetts (États-Unis). Elle propose trois types de préparation, un flacon de microbiote congelé à -20° pour administration lors d'une coloscopie ou en lavement. Une solution congelée à -20° pour administration par sonde nasogastrique. Enfin des gélules (flacon de 30) destinée à être prise par la bouche et qui sont également conservés à -20°. Une préparation lyophilisée est en cours de développement.
Cela peut être considéré comme une extension de la recherche sur les probiotiques et le cobiote.
On ignore encore si des transplantations fécales peuvent améliorer l'espérance de vie humaineEwen Callaway (2017) Young poo’ makes aged fish live longer The gut microbes of young killifish can extend the lifespans of older fish – hinting at the microbiome’s role in ageing, Nature news ; 04 Avril 2017.
Efficacité Selon une revue générale des méta-analyses d'essais contrôlés randomisés, les preuves d'avantages cliniques clairs et durables font toujours défaut malgré de multiples preuves précliniques soutenant les avantages pour la santé de la transplantation fécale.
Infections à C. difficile