Nakon odigravanja doigravanja za prvaka BiH 1998. godine u kojem su sudjelovali klubovi s područja NS BiH (klubovi na bošnjačkom području) i Herceg-Bosne, za 1999. godinu je doigravanje otkazano, te se ponovno igralo 2000. godine između predstavnika Prve lige NS BiH i Prve lige Herceg-Bosne. NS BiH i NS Herceg-Bosne su se organizacijski spojili u novi Nogometni savez Bosne i Hercegovine, te su od sezone 2000./01. počeli organizirati zajednička natjecanja.nfsbih.ba, Nogometni/fudbalski savez Bosne i Hercegovine, 2000. godina, pristupljeno 3. srpnja 2016. U doigravanju je sudjelovalo osam klubova, a prvak je postao Brotnjo iz Čitluka koji je ostvario i plasman u kvalifikacije Lige prvaka, a doprvak u Kup UEFA. Također je bio organizirano doigravanje i plasman u Intertoto kup. Kako klubovi iz Republike Srpske nisu sudjelovali, ovo je bilo doigravanje za prvaka Federacije BiH.
Sudionici Prva liga NS BiH Jedinstvo Bihać Željezničar Sarajevo Sarajevo Rudar Kakanj Budućnost BanovićiPrva liga Herceg-Bosne Posušje Brotnjo Čitluk Široki Brijeg
Ljestvice i rezultati
Skupina A mj. klub ut. pob. ner. por. gol+ gol- bod1. Budućnost 6 4 0 2 10 7 122. Široki Brijeg 6 4 0 2 8 7 123. Posušje 6 2 1 3 8 8 74. Željezničar 6 1 1 4 4 8 4 Skupina B mj. klub ut. pob. ner. por. gol+ gol- bod1. Brotnjo 6 4 0 2 12 7 122. Jedinstvo 6 4 0 2 10 6 123. Sarajevo 6 4 0 2 14 6 124. Rudar 6 0 0 6 2 19 0
Završnica Budućnost – Brotnjo 1:1 0:0 Brotnjo prvak zbog gola u gostima
Doigravanje za Intertoto kup
Sudionici Prva liga NS BiH 6. Đerzelez ZenicaPrva liga Herceg Bosne 6. Zrinjski Mostar
Rezultati Đerzelez – Zrinjski 1:1, 0:0
Poveznice
Izvori sportsport.ba, Prva liga NS BiH 1999./2000. i doigravanje za prvaka FBiH 2000. rsssf.com, Bosna i Hercegovina 1999./00. claudionicoletti.eu, Bosna i Hercegovina - 1. rang 1994. - 2000. bihsoccer.com, ''Premier liga BiH i prvenstvo BiH 1999./2000. , pristupljeno 13. lipnja 2018.
2000 F 1