UEFA Intertoto kup 1996. je bilo 2. izdanje nakon UEFA-ina preuzimanja. Pobjednici su Silkeborg IF, EA Guingamp, i Karlsruher SC. Hrvatski predstavnici HNK Segesta Sisak dostigli su finale, postavši prvi i jedini hrvatski finalist UEFA-inog klupskog natjecanja te postigli najbolji europski uspjeh hrvatskog klupskog nogometa nakon Dinamovog naslova Kupa velesajamskih gradova 1967. godine.
Grupna faza Grupa 1
Grupa 2
Grupa 3
Grupa 4
Grupa 5
Grupa 6
Grupa 7
Grupa 8
Grupa 9
Grupa 10
Grupa 11
Grupa 12
Polufinale
Finale
1996