A Mortal Kombat 4 a negyedik és egyben első 3D-s játéka volt a Mortal Kombat-sorozatnak, ami játéktermekben, árkád gépeken jelent meg. Később átportolták PlayStation és Nintendo 64 konzolokra is, majd egy évvel később boltokba került a Mortal Kombat Gold, ami egy frissített változata a játéknak Sega Dreamcast konzolra. Érdekesség, hogy Ed Boon szerint a Mortal Kombat Gold is elkészült volna PC-re, akárcsak a Mortal Kombat 4, de a határidőből való kifutás miatt ez nem történt meg. Ez volt az első Mortal játék, ami teljes értékű 3D résznek számított, végleg maga mögött hagyva a 2D-s megvalósítást.
Játékmenet A fejlesztési szakasz korai stádiumában a Midway cég alkalmazottjai eldöntötték, hogy a korhoz és a követelményekhez híven egy háromdimenziós részt csinálnak. A későbbi interjúkban a játék egyik kitalálója, Ed Boon bevallotta, hogy a kezdeti tervek egy kétdimenziós játékról szóltak, háromdimenziós grafikával. Később ez jelentős akadályt jelentett, így arra az elhatározásra jutottak, hogy teljesen háromdimenzióssá fejlesztik a játékot a harcok és a mozgások érdekében.
Karakterek Új karakterek Fujin - A szél istene. Fehér szeme van. Jarek - A Fekete Sárkány szervezet utolsó tagja Kai - Shaolin szerzetes, egyben Liu Kang barátja Quan Chi - Rejtélyes gonosz varázsló Reiko - Shinnok generálisa Shinnok - Egy bebörtönzött idősebb Isten, aki szintén a Mortal Kombat Mythologiesban jelent meg főellenfélként. Tanya - Édenia informátora.
Visszatérő karakterek Liu Kang - Shaolin szerzetes, aki Shinnok elpusztítására törekszik Jax - A Különleges Alakulat tagja, aki megtudja, hogy Jarek még mindig él Johnny Cage - hollywoodi filmsztár, aki következő filmjét forgatja Raiden - A villám istene, aki ismét a halandók vezetőjeként lép elő Reptile - Zaterran harcos, aki azért szolgálja Shinnok-ot, hogy megmentse a birodalmát Scorpion - Élőhalott kísértet, aki ismét bosszút akar állni Sub-Zeron Sonya Blade - Szintén a Különleges Alakulat tagja, aki Jarek-et akarja elkapni Sub-Zero - A Lin Kuei klán tagja, aki megint Scorpion-t akarja elpusztítani Goro - A négykezű shokan, akinek nagyon sok szövetségese van
Exkluzív Mortal Kombat Gold karakterek
Cyrax Kitana Mileena Kung Lao Baraka
Főellenfelek Shinnok
Goro (al-főellenség)
Ha a játékos Goróval játszik, akkor nem Goro lesz az ellenség, hanem kétszer egymás után Shinnok.
Rejtett karakterek Goro: Menjünk a HIDDEN gombra a védés billentyű folyamatosan nyomva tartásával, utána hármat kell lépünk és balra egyet, így Shinnok-on vagyunk. Ekkor megnyomjuk a futás gombot és együtt elengedjük mind a kettő billentyűt (a védést és a futást). Meat: Az összes karakterrel végig kell menni GROUP módban. Egy piros kocka jelöli annak a karakternek a portréját, akivel teljesítettük ezt a módot. Ha mindenki meg van, és bárkit választunk, Meat (egy húsos csontváz) lesz az általunk választott karakter. Noob Saibot: Rálépünk a HIDDEN gombra a futás billentyű folyamatos nyomva tartásával, utána kettőt lépünk fel (így Reiko-n vagyunk). Ekkor megnyomjuk a védés gombot és együtt engedjük el mind a védés, mind a futás billentyűt.
Mortal Kombat Gold rejtett karakter Sektor: A Mortal Kombat Gold egy plusz rejtett karakterként megjelenő karaktere. Rálépünk a HIDDEN gombra a futás billentyű folyamatos nyomva tartásával és négyet lépünk, hármat balra (így Cyrax-en vagyunk). Ekkor lenyomjuk a védés gombot és együtt engedjük el a védés és a futás billentyűt.
Elvetett és tervezett karakterek
Kitana: A Mortal Kombat 4-ben eredetileg ő is benne lett volna, de mivel nem volt elég új karakter, ezért félredobták a készítők. Habár a Mortal Kombat 4-ben speciális külső csalással előhívható, ugyanis a játékban be van kódolva a karakter. Saját portréja nincs a játékban, Goróét használja. Kinézete Tanya modelljére hasonlít, de fekete ruhában van. Sonya mozdulatait használja és a kommentár nem mondja be, hogy "KITANA WINS", viszont maga a felirat győzelem esetén megjelenik. A neve, "KITANA" az életcsíkban megjelenik. A játéktermi verzióban ez eltér, ugyanis ott az életcsíkban nem szerepel a neve, viszont van saját portréja. Scorpion modelljét használja Johnny Cage mozdulataival együtt, s Reiko/Noob Saibot nyerési pózát használja. A Mortal Kombat Gold játékban viszont szabályos, játszható karakterként jelenik meg.
Kano: Szintén tervezték a készítők a visszatérését, de a kevés új karaktermennyiségre tekintettel ez nem történt meg. Helyette Jarek került a játékba. Sindel: Tervezett karakter volt Sindel is a Mortal Kombat 3/Ultimate Mortal Kombat 3/Mortal Kombat Trilogy után, de kevés volt az új karakter a játékban. Végül Fujin váltotta fel.
Mortal Kombat Gold elvetett karakter Belokk: Egy rejtélyes démoni kinézetű karakter, melyet eredetileg a Eurocom tervezett. A karakter végül félre lett dobva határidő ügy miatt.
Történet A visszatérés Shao Kahn vereséget szenvedett Liu Kang keze által, a Külső Világ egykori hatalma semmivé foszlott. Sindel királynő, Kitana hercegnő és Jade sikeresen elválasztotta Édeniát a császár birodalmától és megkezdték annak újjáépítését, ezzel elszakítva Kahnt legnagyobb nyersanyag- és emberutánpótlásától. És mivel a Halálos Viadalt végleg elvesztette, még legalább egy egész emberöltőig nem támadhatott rá a Földre. Az egykor hatalmas császár birodalmának vége volt. Csak egy maroknyi sereg maradt a parancsnoksága alatt, amit az újonnan kinevezett tábornok, Kano vezetett.
Mivel a Külső Világ ezzel teljesen kikerült a képből, az egykori Idősebb Isten, Shinnok úgy döntött, hogy évmilliókig tartó száműzetésének véget vet, visszatér a birodalmakba és bosszút áll azokon, akik bebörtönözték őt: az isteneken.
De először is egy szilárd bázis kellett neki az Árnybirodalmon kívül. Akárcsak egykoron Shao Kahn, ő is Édeniát szemelte ki erre a célra. Mivel azonban az édeniaiak jelentős mágikus hatalommal bírtak, és a birodalom már akkor jelentősen megerősítette a védelmét, Shinnok nem tudta volna egymaga lerohanni, márpedig a gyorsaság fontos volt a számára, mert úgy kellett megkaparintania a birodalmat, hogy az Idősebb Isteneknek ne lehessen idejük reagálnia rá és ismét szembeszállni vele. De Shinnok nem jutott volna el ilyen messzire az Árnybirodalomban sem, ha nem lett volna mindig egy terve.
Legelőször is egy hadsereg kellett neki, egy sereg, amivel képes volt megtartani Édeniát, miután elfoglalta. Erre a feladatra remekül megfelelt neki a Külső Világban vándorló tarkata horda, amit Baraka vezetett. A faj kegyetlen harcmodoráról és vérszomjáról volt ismert, ráadásul Baraka még mindig gyűlölte Kitanat, aki még régebben megölte a szeretőjét. Shinnok ezért elküldte első emberét, Quan Chit, hogy beszélje rá Barakat a csatlakozásra. A nekromantának nem kellett sokat győzködnie a tarkatákat, azok régóta vágytak már a harcra. Készségesen csatlakoztak Shinnok csapatához.
A hadserege már megvolt, már csak be kellett jutnia valahogy Édeniába észrevétlenül, hogy belülről támadhasson. Ehhez magától egy édeniaitól kapott segítséget. Az egyik édeniai nagykövet lánya, Tanya, már évekkel ezelőtt Shinnokot szolgálta titokban. Akkor találkoztak, amikor Tanya elkezdett érdeklődni a mágia iránt még Shao Kahn udvarában, és egyszer véletlenül utat nyitott magának az Árnybirodalomba. Shinnok segített neki kiaknázni mágikus erejét, Tanya pedig urául fogadta őt. Mikor Édenia pedig különvált a Külső Világtól, Tanya a családjával együtt visszakerült egykori hazájába. Apja egy régi diplomatacsaládból származott, az újjáalakult királyságban is ezt a tisztséget vette fel, Tanya meg szintén folytatta a családi hagyományokat, ő lett a királyság egyik fiatal nagykövete. Ezt a pozíciót használta ki, hogy segítsen Shinnoknak.
Édenia elfoglalása Shinnok összegyűjtötte legfőbb embereit: a nekromanta Quan Chit; a titokzatos árnyékot, Noob Saibotot; az egykori hercegnőt, Mileenat; és egy réges-rég őt szolgáló rejtélyes, de hűséges katonát, Reikot. A csapat magát menekülteknek adva ki, bebocsátást kért Édeniába, azt mondták, hogy Shao Kahn haragja elől menekülnek. Tanya a kapcsolatait kihasználva, elérte, hogy a „menekülteket” beengedjék a birodalomba.
Amint bekerültek, a csapat azonnal nekikezdett a feladatának. Noob Saibot rejtőzködőképességét kihasználva álmában rátámadt Sindelre és Kitanara, és bezárta őket a királyi palota tömlöcébe. Amint ez megtörtént, Shinnok átjárókat nyitott a Külső Világba, ahol Baraka és a tarkaták várakoztak ezalatt. A horda átözönlött az átjárókon és olyan gyorsan támadott, hogy az édeniai seregnek ideje sem volt arra, hogy védekezhessen. A katonák egy részét megölték, jó részüket elfogták, így Shinnoknak gyakorlatilag egy éjszaka sem kellett ahhoz, hogy egész Édeniát uralma alá hajtsa.
Amint ez bevégeztetett, az isten megbízta a három tábornokát, hogy vezesse az elfoglalt birodalmat, majd elindult Quan Chivel, hogy beteljesítse bosszúját. A három embere közül Mileena lett a parancsnok, Noob Saibot Shinnok parancsa értelmében a várható ellenállás leverésére kezdett előkészületeket tenni, míg a rejtélyes harmadik, Reiko a háttérben maradt, valószínűleg azért, hogy információkat szerezzen. A csapatukhoz csatlakozott a börtönökben megtalált és kiszabadított Reptile is, akit az Édeniai Bíróság népirtás vádjával akart elítélni, ezért tartották fogva. A négyes hosszabb távra akart berendezkedni, de hamarosan kellemetlen meglepetés érte őket...
Shinnok bosszúja és a gyülekezés Miután elhagyta Édeniát, legjobb embereire bízva a birodalmat, Shinnok magába a Mennybe nyitott magának átjárót. Az istenek ekkor még mindig hitetlenül álltak az Édeniában történtek előtt, nem voltak felkészülve arra, hogy Shinnok valaha is visszatérhet. A bukott isten ezt használta ki, mivel az amulettje nála, pontosabban Quan Chinél volt – bár ezt csak a varázsló tudta, senki más – az ereklye által megnövelt ereje segítségével sikerült rövid idő alatt majdnem az összes alacsonyabb rangú istent megölnie, de még maguk az Idősebb Istenek közül is sok áldozatot szedett. Végül a hatalmasabb isteneknek sikerült őt és Chi-t egyesült erejükkel kitaszítani a Mennyből és ideiglenesen lezárni azt, de tudták, hogy ez az állapot nem tarthat sokáig.
Raiden szemtanúja volt Shinnok mészárlásának és letaszításának. A viharisten tisztában volt vele, hogy ismét neki kell megállítania egykori ellenfelét, de félt a következményektől. Első csatájuk alkalmával majdnem teljesen kiirtották a szaurin fajt, az egykori civilizáció így is megsemmisült. Mivel nem akarta, hogy ez megismétlődjön, Raiden most a halandókat is bevonta a harcba: ismét összehívta a Föld Kiválasztott Harcosait.
Mielőtt Raiden elindulhatott volna a Földre, a Mennyekben megkereste őt Johnny Cage. Az egykori színész könyörgött Raidennek, hogy az adja vissza az életét, hadd csatlakozhasson ő is a Shinnok elleni harchoz. Mivel Raiden úgy gondolta, hogy minden egyes segítőre szüksége lehet, ezért beleegyezett, kieszközölte az Idősebb Isteneknél Cage felélesztését. A viharisten és a színész eztán elindult a harcosok összehívására.
Legelőször természetesen Liu Kanget hívták. Kang ekkoriban épp Kai-t edzette. Miután ráakadt a fiatal harcosra Amerikában, visszatértek Kínába, hogy a Wu Shi Akadémián a bajnok megtaníthassa Kai-t a Fehér Lótusz útjára. Mikor Raiden megjelent előttük és elmondta, hogy mi történt, Liu Kang először elutasította az istent, mivel Raiden azt is elmondta, hogy Kitanat Édeniában bebörtönözték. Kang elindult oda, hogy kiszabadítsa a hercegnőt. Kai viszont készségesen állt a viharisten rendelkezésére, s miután Kang biztosította róla, hogy remek harcos a kora ellenére, Raiden magával vitte őt.