Az 1540–47-es Habsburg–török háború az Oszmán Birodalom háborúja Ausztria, Csehország, Magyarország és Horvátország ellen. I. Ferdinándot csapatokkal segítette III. Pál pápa, a testvére, V. Károly német-római császár és spanyol király, a Velencei és Raguzai Köztársaság, valamint néhány német állam. A legtöbb részt vevő ország azonban 1542 után kivonult a hadszíntérről.

A harc először az előző magyar belháború folytatásaként indult látszólag a magyar trónért, mivel noha 1538-ban Szapolyai János és Ferdinánd egyezséget kötött, amelyben Szapolyai nem adta át az országot, s fiát koronáztatta királlyá. A Habsburgok seregei kétszer próbáltak igényüket érvényesíteni és térdre kényszeríteni a csecsemő király János Zsigmond anyját, Izabella királynét (II. Zsigmond lengyel király lányát), valamint híveit, köztük Martinuzzi Györgyöt. A második kísérletet a Oszmán Birodalom nem nézte tétlenül, amely már az előző háborúban is a Habsburgok ellen hadakozott, ezért segítséget vitt, és vereséget mért Ferdinánd erőire.

I. Szulejmán szultánnak, az Oszmán Birodalom uralkodójának be kellett látnia, amit már előzőleg is tapasztalhatott, hogy Magyarországon az általa támogatott, 1541-re már jócskán lecsökkent Habsburg-ellenes csoport nem fogja tudni meggátolni az osztrák előretörést, ezért elhatározta az ország egy részének bekebelezését, másik hányadának vazallusi viszonyba kényszerítését.A törököknek ez egy évszázados bevett szokása volt a hódításokkor. Budára a törökök egyszerűen besétáltak, s ezúttal nem ideiglenesen szállták meg, sőt száznegyvenöt évig ki sem engedték a markukból. Ez az ország három részre szakadásának kezdetét jelentette. A török háborúk ettől kezdve felmérhetetlen kárt és szenvedést okoztak Erdély, Magyarország, Horvátország népének és más környező országoknak.

1542-ben a Német-római Birodalom rendjei más országokkal egy látványos, de rosszul előkészített és rossz személyekre bízott válaszcsapást indított, ami nemhogy Budáról nem tudta kiűzni a törököt, de még a gyengén védett Pestet sem volt képes felszabadítani. A kudarc miatt Ausztria már nem számíthatott V. Károly segítségére.

1543-ban a szultán rendre aratta győzelmeit és az addig még keskeny hódoltsági területet egy esztendő alatt (többek között Pécs és Fehérvár elfoglalásával) látványosan és jelentősen kiszélesítette az oszmán hadsereg. A háborúra ösztönözte a szultánt (ahogy az előző két évtizedben is) I. Ferenc francia király, aki fogadkozott, hogy a török és a francia sereg közösen foglalja el Bécset. Bár erre nem került sor, de a franciák közvetve érintve voltak a háborúban, nyugaton támadásaikkal a német és a spanyol haderő jelentős részét lekötötték, és elvonták a magyarországi fronttól.

Mivel ekkor a török hadigépezetet nyílt mezőn nem lehetett legyőzni, ezért a Habsburg uralkodó újból ahhoz az eszközhöz nyúlt, amelyet Magyarországon előtte már Luxemburgi Zsigmond vagy Mátyás király is megtett és erőteljesen szorgalmazott – a végvárrendszerhoz.

Itt az idő rövidsége és a megmaradt, a történelmi Magyarország belső törzsterületét képező régióban található várak elégtelenségeNem megfelelően kiépült, aránylag kicsi várak voltak, ugyanakkor elhelyezkedésük miatt sem bizonyultak kiválónak. miatt olyan hatásos végvárakat nem lehetett kialakítani, mint Nándorfehérvár vonala mentén, de a nehézségek ellenére az elszántan küzdő magyarságnak sikerült némileg lassítani a további török előretörést.

A következő háborút is a várharcok jellemezték, de az 1540–47. évi konfliktus már világosan mutatta, hogy az elkövetkező korszakban állóháborúval számolhat az ország. A háború megmerevedése, főként hosszabb időre egyet jelentett azzal. hogy a vidékek pusztulni fognak, ez pedig akadályozza a gazdaságot termelésben és a fejlődésben egyaránt.

Ebben a háborúban vettek részt először a török oldalon a tatárok. A tatár fejedelmek a 15. század második fele óta szolgálták az Oszmán Birodalmat, és őket tartották a legszörnyűbb erőknek a török hadseregben. Az 1543. évi hadjárat még csak első fellépésük volt a magyarországi hadszíntereken, s nem végeztek még akkora pusztítást, mint a későbbi háborúkban.

Buda elvesztése után Fráter György ráébredt, hogy az az útvonal, amit korábbi királya, Szapolyai követett, nem volt helyes, igaz, hogy rászorult, de nyilvánvaló volt már azelőtt is, hogy az ország érdekét a törökkel való szövetség nem szolgálhatja. Az 1541 után kialakulófélben levő Erdély fontos színtere lesz a kor politikai és katonai küzdelmeinek, s a történelem az ország egyesítését szánja ezen új államnak, melyhez alapot György barát biztosít.

A török hódítás óriási veszteségeket okozott a hódoltsági területeken. A lakosságot nem ölték meg mindig, de értékeit gyakran mind egy szálig elrabolták vagy elpusztították, emiatt tömegek váltak földönfutóvá. 1568-ig folyamatosan szakadtak ki elemek a társadalomból, elsősorban az alföld lakóiból, akiknek azonban a Királyi Magyarországon sem jutott hely, s a törökök is szabadulni igyekeztek tőlük.Magyarország története, 281. old. Ennek nemcsak az lett az eredménye, hogy a földönfutóvá lett parasztok és mezővárosi polgárok még a törvényen kívüliek, vagy más nyomorgók számát szaporították, hanem az is, hogy az 1560-as évekre már rengetegen lettek a reformáció hívei.

Előzmények Miután a mohácsi csatában II. Lajos király holtan maradt, az országnak nem volt uralkodója. Minthogy a szultán nem vette birtokba az országot, ezért összegyűltek a nemesek a királyválasztásra, viszont két különböző álláspont alakult ki: mivel az ország tönkretételéért a Jagellókat tették felelőssé, az ország nagy hányada nem akart újabb külföldi királyt, sem bármiféle perszonáluniót bármelyik szomszédos országgal. Az 1505-ben hozott rákosi végzés kijelentette, hogy csak a leghatalmasabb magyar főurakból választanak maguknak uralkodót a magyarok. Ez a nemzeti színezetű irányvonal némileg téves elképzelésből fakadt, ugyanis a probléma egészen más gyökerű volt, amely a kaotikus állapotokat eredményezte az országban. A végzés azonban nem emelkedett törvényerőre, mert a rendi dualizmusban ehhez az uralkodói ratifikálásra is szükség lett volna.

II. Ulászló azonban látszólag nem figyelt fel a végzésre, noha semmi ereje nem volt a hatalmaskodó nemesekkel szemben, mégis 1515-ben a Habsburgokkal kötött házassági szerződést, amelyben a koronát rájuk hagyja, amennyiben (fiú) utód nélkül halna meg. Ez ütközött ugyan a magyar rendek királyválasztási jogával, de bevett európai gyakorlat volt már a dinasztikus szerződések kötése. A királyválasztási jog egyébként is csak arra az esetre vonatkozott, ha az ország törvényes uralkodó nélkül maradna, a szerződéses viszony azonban megalapozta a Habsburg trónigényt.

II. Lajos halála után Szapolyai János erdélyi vajda lépett fel trónigénnyel, hivatkozva az 1505-ben hozott határozatra. Az ország nagyobb része elfogadta, de még azok között is voltak olyanok, akik „ingadoztak”, s jobban hajlottak I. Ferdinánd osztrák főherceg oldalára, aki szintén bejelentette igényét a magyar trónra. Szapolyainak sok ellensége volt, akik olthatatlanul gyűlölték őt. Mások nem utolsósorban hasznot reméltek valamelyik királytól, s ez nagyban meghatározta pártállásukat.

Szapolyai fontosabbnak látta a török elleni háborút, ami jogos és helyes volt, de ugyanakkor nem látta, hogy egyszerre két tűz között van, mert Ferdinánd is készült a háborúra ellene. Az 1527-ben meginduló, viszonylag azonos létszámú, de minőségileg jobb Habsburg-csapatokkal szemben alig néhány ütközet után feladta az országot Szapolyai, és Lengyelországba kellett menekülnie. I. Ferenc francia királlyal Fontainebleau-ban kötött szövetséget Ferdinánd és V. Károly ellen, de a franciák csak kihasználni akarták Szapolyait, fegyveres támogatást sohasem kapott tőlük. A lengyel király sem támogatta, noha ellentétei voltak a Habsburgokkal, de az oroszok elleni háború miatt veszélyes lett volna lépnie. Egyetlen lehetősége Szapolyainak csak az Oszmán Birodalom maradt, amely akkor válaszolt segélykérő levelére, amikor már az ország teljes területét elfoglalták az osztrákok. Szulejmán megbizonyosodhatott addigra, hogy Magyarország már végleg vesztett, és nem fog ellenállni a török terjeszkedésnek. Ettől kezdve egyedüli legfőbb ellenségének a Habsburgokat tartotta, amit utódai is így láttak. 1529-ben Szulejmán behatolt Magyarországra és az osztrák csapatokat gyorsan elűzte. Bár Bécs ostroma nem sikerült, a szultán gondoskodott arról, hogy Szapolyai se erősödjön meg, és Ferdinánd se tudja elfoglalni teljesen az országot. Ez a megosztott állapot a három részre szakadás előzménye volt.

Szapolyainak annyiszor csalódnia kellett a nyugatiakban, hogy most már inkább a törökök felé hajlott, de mindannyiszor rádöbbent, hogy a szultán nyájassága ellenére itt sem találhat kiutat a válságból. A többi magyar vezető sem tudta mitévő legyen, és sodródtak a két párt között, míg mások nagy hasznot fölözve álltak egyszer hol Ferdinándhoz, másszor Szapolyaihoz.

1533 után azonban némi reménysugár vetődött fel, miután a korrupt és nagyravágyó Lodovico Grittit Erdélyben megölték, Szapolyai egy új, becsületes és kötelességtudó, ugyanakkor bölcs és ravasz politikust tett kincstartójává, Fráter Györgyöt, aki ugyanakkor hűségesebbnek bizonyult, mint Gritti. György barát jövedelmet folyósított a kincstárba, és ügyesen talpra állította királyát, ezért Szapolyai megbízott benne.

Miután az osztrákok döntő vereséget szenvedtek a diakovári ütközetben, Szapolyai és Ferdinánd is úgy látták, tanácsosabb volna megbékélni és titokban megállapodást kötni. Minthogy Szapolyai már előrehaladott korban volt, nem volt remény utódlására, ezért inkább lemondott a trónról. A váradi békében elismerték azokat a területeket két külön királyságként, amelyeket birtokolnak, viszont miután Szapolyai meghal az ország teljes területe és megvédése a törököktől Ferdinándra száll, így tulajdonképpen félig szövetséget is kötöttek.

Szapolyai halála A kölcsönös bizalmatlanság a szerződő felekben megmaradt egymás iránt, és Szapolyai idővel meggondolta magát, s nem akarta érvényesíteni a váradi békében foglaltakat. Ehelyett megnősült és feleségül vette II. Zsigmond lengyel király lányát, Izabella hercegnőt, aki hamarosan fiú utódot szült.

Habár a béke nem tiltotta meg, hogy Szapolyai házasságra lépjen, vagy hogy gyermeke legyen, sőt ebben az esetben kárpótolták volna, hogy a Szepességet mint hercegséget megkapja és így a birodalmi választófejedelmek sorába emelkedik, de ehelyett a király szerette volna, ha születendő gyermeke, amennyiben fiú lesz, üljön helyette a magyar trónra. Ferdinánd fülébe is eljutott a hír, és ezért az öreg Szapolyai bemocskolására (amelyet már máskor is megtett) beárulta a titkos békét a szultánnak, remélve, hogy ez maga után vonja a török támadást. Az igazság az, hogy a szultán tudott a békéről már 1538-ban, viszont a dolgai másfelé kötötték. Első ízben IV. Péter moldvai vajdának (az előző háború egyik kulcsfigurájának) üzent hadat, mert a vajda túllépve hatáskörét és figyelmen kívül hagyva, hogy török hűbéressége miatt korlátozott önállósága van, nagyra törő tervekkel erdélyi és lengyelországi háborúkba bonyolódott bele.

Amikor Ferdinánd jelentette a szultánnak a Szapolyaival kötött egyezséget, Szulejmán pontosan felmérte a helyzetet, s tudta, hogy Szapolyaival még mindig úgy bánhat, ahogy akar, de természetesen nem bízott benne. A váradi békét mindössze egyszerű „eltévelyedés”-nek minősítette, amit „némi” ajándék fejében megbocsátott neki. Természetesen Ferdinánd is fogadkozott az adófizetés mellett, de elutasították a Portán.