A 2009–2010-es Európa-liga egyenes kieséses szakasza 2010. február 18-án kezdődött és május 12-én ért véget a hamburgi HSH Nordbank Arenában rendezett döntővel. Az egyenes kieséses szakaszban harminckettő csapat vett részt, amelyek a csoportkör során a saját csoportjuk első két helyének valamelyikén, illetve az UEFA-bajnokok ligája csoportkörének harmadik helyén végeztek.
A döntő kivételével mindegyik mérkőzés oda-visszavágós rendszerben zajlott. A két találkozó végén az összesítésben jobbnak bizonyuló csapatok jutottak tovább a következő körbe. Ha az összesítésnél az eredmény döntetlen volt, akkor az idegenben több gólt szerző csapat jutott tovább. Amennyiben az idegenben lőtt gólok száma is azonos volt, akkor 30 perces hosszabbítást rendeztek a visszavágó rendes játékidejének lejárta után. Ha a 2x15 perces hosszabbításban gólt/gólokat szerzett mindkét együttes, és az összesített állás egyenlő volt, akkor a vendég csapat jutott tovább idegenben szerzett góllal/gólokkal. Gólnélküli hosszabbítás esetén büntetőpárbajra került sor.
A döntőt egy mérkőzés keretében rendezték meg. A rendes játékidő végén döntetlen esetén hosszabbítást játszottak, ha ezután is döntetlen lett volna az eredmény, akkor büntetőpárbaj következett volna.
A legjobb 16 közé jutásért Sorsolás A legjobb 16 közé jutásért és a nyolcaddöntők sorsolását 2009. december 18-án tartották.
A csapatok két kalapba kerültek. Az egyik kalapba az Európa-liga csoportkörének első helyezettjei, valamint az UEFA-bajnokok ligája csoportkörének négy legjobb harmadik helyezettje. A másik kalapba az Európa-liga csoportkörének második helyezettjei, valamint az UEFA-bajnokok ligája csoportkörének másik négy harmadik helyezettje.
Továbbjutók az Európa-liga csoportköréből
Első helyezettek (kiemeltek)Második helyezettek (nem kiemeltek) Anderlecht (A csoport) Ajax (A csoport) Valencia CF (B csoport) Lille OSC (B csoport) Hapóél Tel-Aviv (C csoport) Hamburger SV (C csoport) Sporting CP (D csoport) Hertha BSC (D csoport) Roma (E csoport) Fulham (E csoport) Galatasaray (F csoport) Panathinaikósz (F csoport) Red Bull Salzburg (G csoport) Villarreal (G csoport) Fenerbahçe (H csoport) Twente (H csoport) Benfica (I csoport) Everton (I csoport) Sahtar Doneck (J csoport) Club Brugge (J csoport) PSV Eindhoven (K csoport) FC København (K csoport) Werder Bremen (L csoport) Athletic Club (L csoport)
Továbbjutók az UEFA-bajnokok ligája csoportköréből
Harmadik helyezettek sorrendje
CsoportCsapat
Legjobb négy harmadik helyezett(kiemeltek)Másik négy harmadik helyezett(nem kiemeltek) Unirea Urziceni (G csoport) Liverpool (E csoport) Juventus (A csoport) Rubin Kazany (F csoport) Wolfsburg (B csoport) Standard Liège (H csoport) Marseille (C csoport) Atlético Madrid (D csoport)
A sorsoláskor figyelembe vették, hogy azonos nemzetű együttesek, illetve az azonos csoportból továbbjutó csapatok nem szerepelhettek egymás ellen.
A második kalapban szereplő csapatok játszották az első mérkőzést hazai környezetben. Párosítások
1. mérkőzések
2. mérkőzések
Megjegyzések 1 A Juventus hazai mérkőzését az átmenetileg használt torinói olimpiai stadionban játszotta, mert a Stadio delle Alpi lebontás alatt állt. 2 Az Unirea Urziceni hazai mérkőzését a bukaresti Steaua Stadionban játszotta, mert pályájuk, a Tineretului Stadion nem felelt meg az UEFA követelményeinek.
Nyolcaddöntők
1. mérkőzések
2. mérkőzések
Megjegyzések 1 A Juventus hazai mérkőzését az átmenetileg használt torinói olimpiai stadionban játszotta, mert a Stadio delle Alpi lebontás alatt állt.
Negyeddöntők A negyeddöntők és a további mérkőzések sorsolását 2010. március 19-én tartották.
1. mérkőzések
2. mérkőzések
Elődöntők
1. mérkőzések
2. mérkőzések
Döntő
A 2009–2010-es Európa-liga győzteseborder|100px|ATLÉTICO MADRID ATLÉTICO MADRID 1. cím
Források 2009/10 draw and match calendar; UEFA.com
egyenes kieséses szakasz