A Segunda División 1939-40-es szezonja volt a bajnokság kilencedik, a spanyol polgárháború utáni első szezonja. A bajnokságban 5 csoportra osztva összesen 40 csapat szerepelt. Érdekesség, hogy a szövetség döntése értelmében rengeteg olyan csapat is kiesett, amely egyébként nem végzett kiesést érő helyen.
1. csoport
# Klub M P Gy D V RG KG GK1RC Deportivo de La Coruña142210223810+282Club Ferrol14218514015+253Real Gijón CF14177342817+114RD Oriamendi14167253029+15UD Salamanca14124462536-116Real Valladolid CF14840102435-117Stadium Avilesino1483292040-208Gimnástica Torrelavega1483291639-23
2. csoport
# Klub M P Gy D V RG KG GK1Donostia CF142512115311+422CA Osasuna142110133411+233Real Unión14146262432-84Sestao SC14134552731-45Barakaldo14124461925-66Club Erandio14115182430-67Arenas de Guecho1494192544-198Deportivo Alavés14731101537-22
3. csoport
# Klub M P Gy D V RG KG GK1UD Levante Gimnástico14209233319+142CD Sabadell14167252723+43Gerona CF14156352724+34CD Castellón14147072623+35Constancia14146262229-76Granollers SC14146263129+27Mallorca14135363227+58CF Badalona14630112549-24
4. csoport
# Klub M P Gy D V RG KG GK1Real Murcia CF142211033816+222AD Ferroviaria142010044124+173Alicante CF14146262733-64Imperio de Madrid14146263233-15Cartagena FC14135361726-96Burjassot CF14125273833+57Elche CF1493382030-108Imperial de Murcia1483292038-18
5. csoport
# Klub M P Gy D V RG KG GK1Cádiz CF142311124015+252Recreativo Granada14229413616+203CD Malacitano14209233619+174CD Córdoba14146263335-25Jerez CF14145452123-26Onuba FC1493382943-147Ceuta SC1494191933-148EHA Tánger14101131545-30
Első rájátszás
# Klub M P Gy D V RG KG GK1Real Murcia CF894131516-12RC Deportivo de La Coruña894131511+43Cádiz CF893321613+34UD Levante Gimnástico883231314-15Donostia CF852151217-5
Második rájátszás
Kategória:Segunda División szezonok Spanyol 2 Spanyol 2