Málta történelme szorosan összefonódott a földközi-tengeri népek, különösen Szicília és Észak-Afrika történetével. A világ legrégebbi templomai, bronzkori kőfejtők, föníciai sírok, római villák emlékeztetnek a sziget régmúltjára. A keresztény, arab, lovagkori és brit örökség pedig a mai máltaiak életét is mélyen meghatározza.
A kőkori, majd bronzkori betelepülőket görögök és föníciaiak követték, akiknek fél évezreden át megfelelő kikötőhelyet nyújtottak a szigetek. Róma a pun háborúk során tett szert Máltára, amely hosszú időre csendes, vidéki kolóniává vált. Az elsők között adott otthont a kereszténységnek, miután 60-ban Pál apostol megtérítette a később szentként tisztelt Publius kormányzót. Európa történelmébe a vandálok megjelenésével kapcsolódott be, majd Bizánc uralma alatt ismét veszített jelentőségéből. 870-ben Észak-Afrika arab megszállói foglalták el, akiket a szicíliai normannok űztek el két évszázaddal később. Ettől kezdve Málta Szicília királyságának része lett mint hűbérbirtok, koronabirtok, végül a johannita lovagok szinte önálló állama. 1565-ben visszaverte a legnagyobb török ostromot is, ez az esemény a nemzeti történelemben betöltött szerepét tekintve Eger ostromának felel meg. A lovagokat 1798-ban Napoléon francia konzul űzte el, és megszállta a szigeteket. A fosztogató franciák elleni lázadáshoz 1800-ban csatlakoztak a britek, akik ezután 160 évre itt maradtak. Málta a földközi-tengeri flotta főhadiszállása lett, és a második világháborúban egyedül igyekezett gátolni a tengelyhatalmak kapcsolatát afrikai birtokaikkal. Innen indult később Olaszország felszabadítása is. A háború után a politika került előtérbe, ami 1964-ben Málta függetlenségéhez vezetett. Az ország 1974 óta köztársaság, és a brit hadiipartól való függetlenség jegyében mára nagyrészt turizmusra rendezkedett be.
Prehisztorikus kor (Kr. e. 700-ig)
bélyegkép|balra|250px|A kőkori templomok elhelyezkedése Máltán Málta szigeteinek tömbje mintegy 15-5 millió éve emelkedett ki a szicíliai szárazföld déli nyúlványaként. Többször létesült kapcsolat a szigetek és az európai szárazföld között, míg végül mintegy 10– éve, a Würm-glaciális gleccsereinek olvadását követő tengerszint-növekedés hatására, eltűnt a szigeteket összekötő földhíd, és Málta a Földközi-tenger egy szigetcsoportja lett.
Első lakosai valószínűleg a Stentinello-kultúra tagjai voltak, és Kr. e. 5200 körül érkezhettek Szicíliából. Állatokat, vetőmagokat hoztak magukkal, és az akkor még sokkal dúsabb növényzetű és több vízzel rendelkező szigeteken könnyen megtelepedtek, a kapcsolat azonban fennmaradt a tengerentúli közösségekkel, mivel a Lipari-szigetekről és Pantelleria szigetéről kellett obszidiánt beszerezniük. Barlangokban éltek (il-Mixta Għarbban vagy Għar Dalam Dél-Maltán). Az első, Għar Dalam-fázis cseréptöredékei nagyon hasonlítanak a szicíliai neolitikus töredékekre. A korai telepesek kis, agyagból és ágakból épült kunyhókból álló telepeken éltek, nincs adat nagyobb falvakról. Ekkor még valószínűleg eleget pihentették a földet: kiirtották az eredeti növényzetet, és beültették a területet, ám néhány év után egy időre pihenni hagyták. Ez egy ideig engedte regenerálódni a természetes növényzetet, ám Málta jellemző fafajtái a földművelés terjedésével párhuzamosan eltűntek. bélyegkép|jobbra|200px|A Tarxien-templomban talált modell bélyegkép|jobbra|250px|A Ġgantija alaprajza bélyegkép|jobbra|250px|A Ħal Saflieni-i hipogeum bélyegkép|jobbra|200px|Az ún. keréknyomok Dwejránál A Kr. e. 4100–4000 körüli leletekben változás tapasztalható. Vagy újabb betelepülők érkeztek, akik új elképzeléseket hoztak magukkal, vagy a helyi fejlődés jutott magasabb szintre. Ennek első nyomai a Żebbuġ környékén található ovális, föld alatti sírok (Żebbuġ-szakasz), amelyekből a későbbi korok nagy föld alatti együttesei kialakultak. Ezek még csak sekély mélyedések, ám a későbbi Mġarr-szakaszból már komolyabb építményeket is ismerünk: Xemxija mellett található néhány sír, amelyek láthatóan már komoly munkával épültek. Ezeknél jelent meg elsőként a jellegzetes vese alakú alaprajz. Később a föld feletti épületeknél is hasonló alaprajzokat használtak. Ez a lendületes kulturális fejlődés fél évezredig tartott, és a technológia fejlődése jelzi, hogy a társadalomban végbemehetett a hierarchia kialakulása.
Kr. e. 3600 körül a Ġgantija építésével megkezdődött a templomépítők avagy a templomok kora. Ezek az építkezések arra utalnak, hogy békés, jól szervezett társadalomban éltek. A kezdeti háromívű alaprajzot később komoly rendszerré fejlesztették, máig meglepő technikai megoldásokkal dolgoztak, kőlyukasztásos díszítési módjuk és szobrászatuk pedig valódi műalkotásokat eredményezett. Máig sem tudni pontosan, hogy primitív eszközeikkel hogyan tudták a soktonnás kőtömböket nem csak a helyükre szállítani, de olyan pontosan levágni és illeszteni, hogy az még a modern korban is elfogadható lenne. Az első templomok (Ġgantija-szakasz), mint a Ġgantija vagy Ta' Ħaġrat, még nyers, formázatlan kőtömbökből épültek, amelyeket díszítettek. A későbbiek (Tarxien-szakasz, kb. 3100-tól), például a Tarxien vagy a Ħaġar Qim azonban már méretre vágott, faragott kőtömbökből állnak. Külön érdekesség a föld alatti áldozati és temetkezési építmények közül legjobb állapotban fennmaradt Ħal Saflieni-i hipogeum, amelyet Kr. e. 3700 és 3000 között használhattak.
A templomokban a termékenység, az élet és az újjászületés kultuszára utaló jeleket találtak: a széles csípőjű nőszobrok egész Európából ismertek, legszebb fennmaradt példájuk Máltán a Tarxien-templom hatalmas szobortöredéke, amelyet ma a vallettai Nemzeti Régészeti Múzeum őriz. Az építményeket nem használták temetkezési helyül vagy emberáldozatok helyszínéül, bár a templomok nagyobb részének a kelő vagy lenyugvó Naphoz való tájolása azt jelzi, hogy kultuszukban jelentős szerepet kapott az újjászületés gondolata.
Hosszas hanyatlás után – a lakosság már feltehetően a templomok kora idején elérte a szigetek eltartóképességének határát – Kr. e. 2500–2300 körül a templomépítők kora hirtelen véget ért. Több elmélet született e kultúra nyomtalan eltűnéséről, mint egy járvány kitörése, pestis, szárazság, elvándorlás, ám eddig egyik sem bizonyult meggyőzőbbnek a túlnépesedésnél. Málta következő lakói (Tarxieni temető-szakasz)A bronzkor korszakolása Blouettől származik, ld. bronzkori bevándorlók voltak Szicília, Itália déli része és Görögország felől. Ezek a bevándorlók azonban feltehetően semmiben nem tűntek ki a környező népek közül. Nincs nyoma kiugró jólétnek vagy fejlettségnek, és valószínűleg a szigetek népessége is elmaradt a templomok korában tapasztalttól.
Kr. e. 1450 körül aztán újabb bevándorlók érkeztek (Borġ in-Nadur-szakasz), valószínűleg Szicíliából. A korszak az egyik leggazdagabb lelőhelyről, a Marsaxlokk melletti telepről kapta a nevét. Ez a népcsoport nagyban különbözött elődeitől: harcosok voltak bronzfegyverekkel, építkezéseik erődített településeikre korlátozódtak, és elégették a halottaikat. A szigetek meghódításakor közösségeikbe integrálták a korábbi lakókat is. Erre az időre, Kr. e. 1500 körülre datálható az első erődített település, a mai Victoria helyén. Nem világos azonban, hogy a háborúk nyomai külső támadók elleni védekezésből származnak-e, vagy a szigeteken belül jött létre több közösség, amelyek egymás ellen háborúztak. A következő, Baħrija-szakasz Kr. e. 900 körül kezdődött, és az új népcsoport egymás mellett élt a korábbi lakossággal, de viszonyuk nem tisztázott.
A máltai bronzkor leletanyaga meglehetősen szegényes a korábbi templomépítő korszakéhoz képest. A háborúk miatt a mezőgazdaság hatékonysága visszaeshetett, így a szigetek kevesebb lakost tudtak eltartani. Kérdés az is, hogy a szigetekre behozott bronzért milyen helyi termékkel fizettek, ez sokat elárulna Málta gazdaságáról. Egyes feltételezések szerint cserépedényeket vagy vászonárukat exportáltak.
Málta őskori emlékei közül az úgynevezett keréknyomok a legtitokzatosabbak. Ezek a két nagy szigeten fennmaradt, sziklába mélyedő vágatok néhány tíz centiméter mélyek, ám hosszú kilométereken át kanyarognak hegytetők és völgyek között, egyértelműen a bronzkori telepekhez kötődve. A leghosszabb 18 kilométeren át követhető. Mibenlétükre szintén nincs egységesen elfogadott magyarázat. Egyértelműen szállítási útvonalaknak tűnnek, helyenként azonban olyan szűk kanyarokat írnak le, hogy egyesek kizárták, hogy kocsiktól származnának. A ma elfogadott álláspont szerint valamiféle szállítóeszköz nyomai, ám ennek formájáról és működéséről csak feltételezések ismertek. Az egyik elképzelés szerint mesterségesen vájták őket, majd a közlekedő kocsik mélyítették tovább. A mélyedések nyomtávolsága azonban nem állandó, ez kerekes kocsik használata ellen szól. Inkább hosszanti rúdjai elejével a vonóállat hátára támaszkodó, hátuljával a földön csúszó szánféle vájhatta őket. Bár egy ilyen eszköz mozgása megkarcolni sem volna képes a kemény korallmészkövet, az csak a levegőn szilárdul meg, tehát a bronzkorban, amikor még talaj borította, az első szán mély nyomot hagyhatott benne, amelyet a többi tovább mélyített. A nyomok közt akkor még meglévő föld lehet az oka, hogy a vontató állatok nyomai eltűntek. Amikor egy vájat túl mély lett a szánok számára, egyszerűen mellette haladtak, ez magyarázhatja a sok párhuzamosan futó vájatot. A legújabb kutatások annak fényében vizsgálták a keréknyomokat, hogy a legtöbbnek láthatóan köze van a szigetek kőfejtőihez.
Föníciai, görög és római megszállás (Kr. e. 700 – Kr. u. 870) bélyegkép|jobbra|250px|Római mozaik bélyegkép|jobbra|250px|A Szent Pál-sziget, a hagyomány szerint Pál apostol hajótörésének helye A mai Libanon területéről elvándorolt föníciai hajósok kezdetben kikötőnek, átrakodóhelynek használták a sziget keleti részét. A kolonizáció első biztos nyomai Kr. e. 700 körülről származnak. A két sziget központját a mai Mdina-Rabat és Gozón Rabat helyén építették ki. A föníciai kor legfontosabb lelőhelye a keleti parthoz közeli Tas-Silġ. A kor élénk tengeri kereskedelmének bizonyítéka a 2011-ben innen előkerült achát-ékszertöredék, amely az ékírással belevésett szöveg tanúsága szerint a mezopotámiai Nippur városából származik. A nagy sziget neve ekkor Malet lett. Kr. e. 550 körül eredeti otthonukat idegenek foglalták el, ezzel megnőtt a karthágói kolónia jelentősége; Malet is karthágói uralom alá került. Néhány lelet alapján úgy tűnik, hogy bár Karthágó és a nyugaton kolóniákat alapító görögök viszonya sokszor ellenséges volt, itt békében voltak egymással. A föníciai kultúra annyira erősen élt a szigeteken, hogy nem mutatható ki jelentősebb görög befolyás, ám a környező területekkel ellentétben a hatás itt nem csak kulturális volt: a mai máltaiak genetikailag is rokonságot mutatnak a föníciaiakkal.
Róma már az első pun háborúban megtámadta Máltát, amely akkor a karthágói flotta egyik bázisa volt. Kr. e. 257-ben Caius Atilius Regulus consul kifosztotta a szigeteket, de mivel nem szállta meg őket, Karthágó uralma folytatódott. A második pun háború kezdetén, Kr. e. 218-ban aztán két római legio Tiberius Sempronius Longus consul vezetésével megrohanta a Gisgo fia Hamilcar vezette karthágóiakat, akik megadták magukat a tízszeres túlerőnek. Malet így Róma Sicilia provinciájának része lett. Melita lakóit a második pun háborúban tanúsított hűségük miatt a rómaiak szövetségeseknek tekintették, nem meghódítottaknak, így megtarthatták törvényeiket, pénzt verhettek (valószínűleg 211-től), és képviselőket küldhettek Rómába. Ám a szigeteket a jelek szerint nem sikerült teljesen romanizálni: jóval Karthágó elpusztítása után is föníciai stílusú edények készültek a falvakban, és Diodórosz másfél évszázaddal elfoglalása után is föníciai kolóniaként írta le Melitát. Még Az apostolok cselekedetei (1. század) is barbaroiként utal a helyiekre, ami azt jelentette, hogy nem beszéltek sem latinul, sem görögül.