230px|jobbra
Észtország történelme a jégkorszak végével kezdődött, előbb a Kunda-kultúra népei, majd más kultúrák telepedtek meg az Észak-Baltikumban, többek között a fésűdíszes kerámia kultúrája, melyről feltételezik, hogy ők voltak a balti finnugorok ősei. A középkor elején az észt kalózok a kelet-balti kereskedőket fosztogatták, míg a 13. század elején az északi keresztes háborúk során területüket el nem foglalták a dánok és a német lovagrendek. Egy felkelést követően Dánia eladta észt birtokait a Teuton Lovagrendnek. A livóniai háború és a svéd–lengyel háborúk után Észtország a svéd korona birtokába került, majd az északi háború után a cári Oroszország annektálta. A 19. század során az esztofil mozgalom az észt nemzeti ébredés korszakához vezetett. 1917 tavaszán az orosz Ideiglenes kormány autonómiát adott az észteknek, majd a bolsevik forradalom és a német megszállás után az ország az észt függetlenségi háborúban kivívta függetlenségét. A demokratikus köztársaságban a 30-as évek elején a szélsőjobboldali fordulat megakadályozására az államelnök puccsot hajtott végre. 1940-ben a náci Németországgal kötött egyezménynek megfelelően a Szovjetunió megszállta és annektálta Észtországot. A második világháborúban német megszállás alatt volt. A háború után újból a Szovjetunió egyik köztársasága lett, a lakosság egy részét deportálták, és helyükre oroszokat telepítettek. A 80-as évek végén Észtország az elsők között szakadt el a széthulló Szovjetuniótól. 2003-ban csatlakozott a NATO-hoz, 2004-ben pedig az Európai Unióhoz.
Őstörténet bélyegkép|A Kunda-kultúra eszközei A mai Észtország területe a jégkorszak végével, i.e. 10 000 körül kezdett benépesülni. A legkorábbi ismert lakott hely az i.e. 9. évezred elejére datált, Pärnu-folyó menti Pulli település, amely a Kunda-kultúrához köthető. A kultúra az észak-észtországi Kunda kisvárosról kapta a nevét, amely közelében az első, i.e. 8500-ból származó leletek előkerültek. A Kunda-kultúra csont- és kőszerszámait Lettországban, Észak-Litvániában és Dél-Finnországban is megtalálták.
Az újkőkor kezdetét a Narvai kultúra cserépedényei jelzik, melyek az i.e. 5. évezredben kezdenek megjelenni Észtországban. Az ide tartozó legrégebbi leletet i.e. 4900-ra datálták a régészek. A korai cserépedények kavicsokkal, kagylóhéjakkal, növényi maradványokkal kevert agyagból készültek és szinte a teljes észt tengerparti régióból (beleértve a szigeteket) előkerültek. A Narva-kultúra kő- és csonteszközei figyelemreméltó hasonlóságot mutatnak a Kunda-kultúra szerszámaival. 170px|bélyegkép|bal|Zsinegdíszes cserépedény és csónak alakú kőbalták Az i.e. 4. évezredben érkeztek meg Észtországba a fésűdíszes kerámia kultúrájának népei. Az 1980-as évekig azt feltételezték, hogy ők voltak az első finnugorok a balti térségben, a mai észtek, finnek és lívek ősei. A régészetileg meghatározott kultúrák és a nyelvi rokonság közötti kapcsolat azonban nem bizonyítható, sőt olyan vélemények is napvilágot láttak, hogy az Észak-Baltikumban akár a jégkorszak vége óta beszélhettek valamilyen uráli nyelvet. A fésűdíszes kultúrához tartozó sírokban gyakran találnak csontból vagy borostyánból faragott ember-, madár-, kígyó- vagy egyéb állatfigurákat. Fésűdíszes cserépedények és rokon leletek Észak-Finnországtól egészen Kelet-Poroszországig előkerültek.
Az újkőkor végén, i.e. 2200 körül jelentek meg a térségben a zsinegdíszes kerámia kultúrájának képviselői. Cserépedényeiket belenyomott zsinegekkel díszítették és jellegzetes, fényesre csiszolt, csónak formájú kőbaltákat használtak. Feltételezik, hogy ők voltak a mai indoeurópai nyelvű balti népek, a lettek és litvánok elődei. Ők hozták magukkal a földművelés (búza, árpa, zab) és állattenyésztés (kecske, juh, marha) technikáját, sőt a csontleletek alapján a vaddisznó háziasításával is megpróbálkoztak. Temetkezésükre jellemző, hogy a halottakat oldalukra fordítva, mellig felhúzott térdekkel és kezét a feje alá téve helyezték a sírba. A sírmellékletekben megtalálhatóak a háziállataik csontjaiból készített tárgyak.
Bronzkor 160px|bélyegkép|Kőkamrás sírok Észtországban a bronzkor kezdete i.e 1800 körülre tehető. Ekkoriban kezdett kialakulni a finnugorok és baltiak közti határvonal. Megjelentek az első erődített települések: Asva és Ridala Saaremaa szigetén és Iru Észak-Észtországban. A hajóépítés fejlődése gyorsította a bronzeszközök terjedését. Megváltoztak a temetkezési szokások is, Németországból átterjedt a Baltikumra a kőkamrás sírokba temetés, gyakorivá vált a holttestek elégetése és megjelent a csónak formájú kősírokba való temetkezés.
Az i.e. 7. században meteor csapódott Saaremaa szigetébe és létrehozta a Kaali-krátereket.
Vaskor A vas használata i.e. 500 körül terjedt el Észtországban. Sokáig csak importálták a vaseszközöket, de az 1. századtól kezdődően már felhasználták a helybeli mocsarakban található gyepvasércet. A korabeli fegyveres konfliktusokra utal, hogy a települések természetes védett helyekre épültek. Erődítményeket is emeltek, bár ezeket csak ideiglenesen használták. Megjelentek az ún. kelta mezők, a négyszögletes, sövénnyel körbekerített, egy család által művelt mezők. A korból származó rovátkákkal díszített köveket feltehetően mágikus céllal készítették, hogy növeljék a termést. Megjelent egy újfajta temetkezés, a négyszögletes halomsír. A temetkezési szokások ekkor már egyértelműen mutatják a társadalom rétegződését.
I.sz. 50-től az észtországi régészeti leletek között is megjelennek a római pénzérmék és ékszerek. A leletek alapján a dél-észtországi törzsek inkább déli szárazföldi szomszédaikkal tartották a kapcsolatot, míg az északi tengerparton és szigeteken élők a tengeren kereskedtek. A korszak végére három törzsi dialektus – északi, déli és nyugati, beleértve a szigeteket – alakult ki.
Kora középkor bélyegkép|Európa 814-ben Észtország neve írásban először az 1. században alkotó Tacitus műveiben jelenik meg Aesti formában; feltehetően a balti nyelveket beszélő törzseket értette ez alatt. A 2. században Ptolemaiosz a Geográfiában említi a balti partoknál található Osilia (Saaremaa) szigetét és annak lakóit. Az észtekről ír a 6. századi római történetíró, Cassiodorus is. A skandináv sagák szerint az észtek, akárcsak a lappok (akiket akkor finneknek neveztek) jártasak voltak a szélvarázslásban. A 12. század elején írt orosz Nyesztor-krónika csúdok néven említi az észtországi finnugor törzseket.
A kora középkorban kezdtek szerveződni azok a politikai formációk, melyek a modern Észtország megyerendszerének is alapját képezik. A legkisebb szerveződés a kihelkond volt, néhány falu, néhány tíz vagy száz családi gazdaság közössége, amely közös erődítményt is épített. A 45 kihelkond a 13. századra 8 nagyobb egységbe, maakondba tömörült: Saaremaa (Osilia), Läänemaa (Rotalia vagy Maritima), Harjumaa (Harria), Rävala (Revalia), Virumaa (Vironia), Järvamaa (Jervia), Sakala (Saccala), és Ugandi (Ugaunia); jórészt ezeken alapulnak a mai észt megyék. Ekkor épült a 8-10 méteres, körkörös mészkő fallal körbevett Varbola erőd.
A 8-9. században a vikingek fosztogatták az észt partvidéket, a 11-12. századra azonban változott a helyzet, inkább az észt kalózok veszélyeztették a kelet-balti kereskedőhajókat. 1187-ben az észtek kifosztották a svéd király székhelyét, Sigtunát; a főváros ekkor költözött Stockholmba.
Német és dán hódítás bélyegkép|A dán zászló lehull az égből a lindanyssei csata után (Christian August Lorentzen képe, 1809) Míg Észak-Európa népei sorra felvették a kereszténységet és központosított államok alakultak ki, a Baltikumban megmaradt a korábbi törzsi szerveződés és az ősi vallás. A balti keresztesháborúk során aztán a pogány népeket sorra legyőzték, meghódoltatták és megkeresztelték: előbb a líveket, letteket és észteket, majd a poroszokat és a finneket is.
1193-ban III. Celesztin pápa keresztes hadjáratot hirdetett az észak-európai pogányok ellen. A németek Rigában alakították ki hídfőjüket, majd meggyőzéssel és erőszakkal megtérítették a líveket és a letteket. A keresztesek 1208-ban értek el az észtekhez, akik vitézül védekeztek a támadások ellen és maguk is fosztogattak a keresztesek által ellenőrzött területeken. 1217-ben a Kardtestvérek rendje a megtérített baltiak segítségével a Szent Máté-napi csatában döntő vereséget mért az észtekre és megölték vezérüket, Lembitut. bélyegkép|bal|A Terra Mariana 1260-ban 1219-ben II. Valdemár király vezetésével dán keresztesek szálltak partra Tallinn városánál (akkor Lindanisse, a hódítás után Reval), legyőzték az észtek seregét és megszállták egész Észak-Észtországot. Központjuk, Reval 1248-ban kereskedővárosi jogokat kapott, a 13. század végén pedig csatlakozott a Hanza-szövetséghez. Az ország déli része a Kardtestvéreké lett, akik 1227-ben elfoglalták az észt ellenállók utolsó erődjét Saaremaa szigetén és valamennyi pogányt megkeresztelték. A meghódított lett és észt földeken létrehozták Terra Mariana (Mária országa) egyházi államot, melynek észtországi területén a lovagrend (amely 1236-os vereségeit követően egyesült a Teuton Lovagrenddel és annak autonóm ágazatává vált), a dorpati püspökség és az ösel-wieki püspökség osztozott.
Az északi partvidék a dánoké volt egészen 1343-ig, amikor a Szent György-napi felkelésben az észtek kiűzték őket, ám a dánok segítségére siető Livóniai Lovagrend megszállta a korábban dán fennhatóság alatt lévő országrészt. 1346-ban a dán király 10 ezer márkáért el is adta a lovagrendnek észtországi domíniumait. Ekkoriban telepedtek meg a svédek is Észtországban, első írásos említésük 1294-ből származik. A svédek korábbi kísérletei sikertelenek voltak. Henrik Livónia krónikája ában szereplő 1220-as kaland a legkomolyabb próbálkozás volt. (XXIV:3) Eközben János svéd király hercegével [Károly kelet-góthlandi herceg] és püspökökkel nagy hadsereget gyűjtve Rotáliába vonult, remélve, hogy uralmat szerez Észtország egyes részein. A király Leal várában telepedett le, ahol Hermann püspök, a livóniai püspök testvére élt. Hermann püspököt a pápa konfirmálta, mert ezt a tartományt korábban a rigaiak hódították meg, és a hit alapjaiban avatták be. A svédek körbejárták a tartományt, tanítottak és kereszteltek embereket, és templomokat építettek. Elmentek a dánokhoz Revalban és tanácskoztak velük. A rigaiak követeket küldtek a svédekhez, hogy elmondják, hogy ezt a tartományt embereik térítették meg a keresztény hitre. Arra is figyelmeztették a svédeket, hogy ne bízzanak túlságosan az észtek áruló szavaiban, és vigyázzanak magukra. A király, miután embereit a Leal erődbe helyezte, Károly herceggel és a püspökkel [Károly linkopingi püspök, Károly kelet-gotlandi herceg unokaöccse] visszamentek Svédországba. Mivel a svédek középen álltak, egyik oldalon a livóniaiak, a másikon a dánok, kezdett félni a pogányoktól. Történt egy napon az első hajnali fénykor, hogy az oeseliek nagy sereggel jöttek a tenger felől. Megostromolták a svédek állásait, harcoltak velük, és felgyújtották erődítményüket [1220. augusztuis 8.]. A svédek kimentek és küzdöttek velük, de képtelenek voltak ellenállni egy ekkora tömegnek. A svédek elestek, meggyilkolták őket az oeseliek. Az erődöt elfoglalták, a herceg elesett, a püspököt pedig tűzzel és karddal megölték, (hitünk szerint) a mártírok társaságába került. Nem sokkal később jöttek a dánok, összeszedték holttesteiket, és bánattal sírba tették. A rigaiak is, hallva a svédek lemészárlását, sok napon át gyászolták és siratták őket. Körülbelül ötszázan haltak meg, bár néhányan közülük megszökött, és egy dán erődhöz igyekezett. A többiek mind kard által pusztultak el. Emlékük legyen áldott, és lelkük Krisztussal nyugodjon. A szigeteken és a nyugati partvidéken nagyobb számban élő svédek csak a második világháború végén, a szovjet megszállással hagyták el az országot.