Az ión felkelés alatt az i. e. 499–493 közötti, a perzsa uralom elleni görög lázadásokat kell érteni, melyek Iónia, Aiolisz, Dórisz, Kária és Küprosz (Ciprus) területén törtek ki. Ezek egyik fő oka az volt, hogy a városokban Arisztagorasz és Hisztiaiosz türannoszok uralma perzsa támogatásra épült. Iónia városait még i. e. 540-ben elfoglalták a perzsák, és a térség a birodalom egyik szatrapiájának része lett. I. e. 499-ben Arisztagorasz a király hatalmát kívánta megerősíteni, ezért Artaphernésszel hadjáratba indult Naxosz megerősített erődje ellen, de végül elbuktak. Arisztagorasz attól félve, hogy elveszti türannoszi pozícióját, felkelést szított korábbi ura, I. Dárajavaus perzsa király ellen.
I. e. 498-ban az iónok, Athén és Eretria segítségével a lüdiai Szardeisz ellen indultak, amelyet elfoglaltak, majd megsemmisítettek. Az iónok visszatértekor azonban a perzsák Epheszosznál megtámadták és legyőzték őket. Ez volt az egyetlen ión offenzíva a felkelés alatt, amely a következő években a perzsa hadsereggel való szembeszállást megalapozta. A perzsa válasz i. e. 497-ben érkezett három ütközet során, amelyekben a külső területeket támadták. Ekkor kapcsolódott be a felkelésbe Kária perzsa terület. A kezdeti sikerek után Dauriszesz perzsa tábornokot a pédaszoszi ütközetben legyőzték, és i. e. 496-ra patthelyzet alakult ki.
I. e. 495-ben a perzsa hadsereg és tengerészet Milétosz ellen vonult. Az ión tengerészet Ladé szigeténél szállt velük szembe, de vereséget szenvedtek itt, majd Szamoszban is, és Milétosz elpusztult. E kettős ión vereség megpecsételte a lázadást, és a következő évben az iónok békét kötöttek.
Mivel Athén is támogatta a felkelést, így ez a lázadás robbantotta ki a görög–perzsa háborúkat. Az első perzsa hajók i. e. 492-ben indultak el a görögök ellen.
Történelmi források A kutatók által leginkább elfogadott történelmi forrás a témában Hérodotosz görög történetíró műve. Hérodotoszt a történetírás atyjának is nevezik,Marcus Tullius Cicero: De Legibus I, 5 aki Kária szatrapijából származott, és a görög–perzsa háborúk csatáit is ő jegyezte le.Holland, 16.-17. o.
Sokkal később, az ókori történetírók folytatták Hérodotosz munkáját, köztük Thuküdidész.Finley, 15. o. Tanulmányozva elődje írásait, munkáját ő is ugyanott kezdte. Plutarkhosz kritizálta Hérodotoszt a Hérodotosz rosszindulata című művében, és az ő negatív látásmódját tanították még a reneszánsz korban is, annak ellenére, hogy Hérodotosz műve nagyon népszerű volt. A modern álláspont szerint Hérodotosz alapvető munkát végzett, bár kronológiája és az adatai nem mindig reálisak. Több történész szerint az akkori hatalom kívánalmai szerint írta ezeket a műveket és történeteket.Fehling, 1-277. o.
Előzmények bélyegkép|200px|Dareiosz alakja a Dareiosz-vázán A mükénéi korban számos görög telepedett le Kis-Ázsiában. Három törzsi közösséget alkottak: aiolok, iónok és dórok.- Az iónok Lüdia és Kária partjainál tizenkét nagyobb városban telepedtek le, amelyek egy része már korábban létező hettita település volt: Milétosz (főváros), Priéné és Müosz Káriában; Epheszosz, Kolophón, Lebedosz, Teósz, Klazomenai, Phókaia és Erüthrai Lüdiában; Szamosz és Khiosz szigetek. Az ión városok függetlenek voltak mind területileg, mind kulturálisan. Függetlenek voltak mindaddig, amíg II. Alüattész lüd király elfoglalta Milétoszt, de a konfliktus egyezménnyel zárult, amelyben a város belső autonómiát kapott. Ugyanabban az időben a lüdök a médekkel voltak hadban, amely végül szintén egyezménnyel ért véget. Ebben meghatározták, hogy a Halüsz folyó lesz a határ a két állam között.
Évtizedekkel az ión felkelés előtt Peiszisztratosz athéni türannosz Naxosz szigetén pártfogoltját, Lügdamiszt juttatta hatalomra, akit Spárta korábban elűzött. Az új uralkodó egy arisztokratikus rendszert épített ki, ami az i. e. 6. század végéig fennmaradt.
A lüdök elleni háború idején II. Kurus perzsa király (Nagy Kürosz) levelet küldött az iónoknak, hogy lázadjanak fel a lüd uralom ellen. Miután II. Kurus legyőzte a lüdöket, az ión városok a korábbi státuszukat kívánták megtartani, amit Kroiszosz alatt élveztek, de ezt a perzsa király megtagadta, mivel korábban nem kapott tőlük segítséget. Az iónok ekkor lázadni kezdtek, így II. Kurus a méd parancsnokot, Harpagoszt küldte ellenük. Mazarész és Harpagosz parancsnokok egész Kis-Ázsiát el tudták foglalni, mivel olyan új haditervet alkalmaztak, amit a görögök nem ismertek ki. Harpagosz először Phókaia városát foglalta el, amelynek lakosai Szicíliába menekültek, de később visszatértek. Teósz város lakóinak egy része is elmenekült, de az iónok maradtak.
Az iónok legyőzése után a perzsák rájöttek, hogy Ióniát bonyolult kormányozni. II. Kurus ezért egy szövetségi rendszert dolgozott ki, amivel könnyebb volt az adminisztráció, ahogy például Júdeában.Holland, 147.-151. o. Innen származik az oszd meg és uralkodj kifejezés is, ezzel az ión belső harcokat is megszüntette. Az ión poliszok vezetőinek nehéz volt közvetíteni a perzsák és a lakosok között, ami nem is volt mindig sikeres, ennek is köszönhető az ión felkelés.Holland, 155.-157. o.
Negyven évvel Iónia elfoglalása után, I. Dárajavaus (I. Dareiosz) uralkodása idején, Arisztagorasz Milétosz türannosza bizonytalan helyzetbe került.Holland, 153–154. o. Hisztiaiosz, Arisztagorasz nagybátyja i. e. 513-ban segített a perzsa királynak európai hadjárataiban, ezért tanácsadó lett a királyi udvarban, Szúzában. Amikor elfoglalta új pozícióját, a milétoszi trónra Arisztagorasz került. A Milétoszba menekült naxosziak kérték a türannoszt, hogy foglalja el a szigetet, amely fellázadt a király ellen. Ezzel meg tudta erősíteni pozícióját Milétoszban, de a hadjárat végrehajtásához Arisztagorasz Lüdia perzsa satrapájának, Artaphernésznek a segítségét kérte, aki az uralkodó, Dareiosz testvére volt. I. e. 500-ban Artaphernész flottát bocsátott Arisztagorasz rendelkezésére a tekintélyes perzsa főparancsnok, Megabatész vezetése alatt. A perzsa király is támogatta a hadjáratot, és a milétoszi türannosz össze tudott gyűjteni 200 triérészt.
Naxoszi hadjárat bélyegkép|200px|Naxosz elhelyezkedése I. e. 499 tavaszán Artaphernész kinevezte Megabatészt a hadak vezetőjévé, és ezt követően elindult a flotta Milétoszból Naxosz szigetére.
A lüdiai–ión hadjárat gyorsan kudarcba fulladt, Arisztagorasz és Megabatész ellenállásba ütközött. Hérodotosz megemlíti, hogy Megabatész küldötteket indított a szigetre, akik elárulták az invázió tervét. Lehetséges, hogy ez a történet csak kitalált, amivel Arisztagorasz a vereségét magyarázta. Az biztos, hogy a naxosziak felkészültek voltak. A milétoszi türannosz négy hónapon keresztül ostromolta a szigetet, de ezután elfogyott a pénze, ezért hazatért.
Az ión felkelés kezdete Arisztagorasz a Naxosz elleni hadjárat bukása után nehéz helyzetbe került, mivel nem tudta kifizetni Artaphernészt és hadseregét, valamint magára haragította a perzsa kormányzatot is. Elkeseredett kísérletként, hogy mentse magát, felbujtotta a neki alávetett iónokat, hogy keljenek fel a perzsák ellen. Segítette őt apósa, Milétosz volt türannosza, Hisztiaiosz is, aki ekkor Dareiosz tanácsadója volt.
I. e. 499 őszén Arisztagorasz összehívta a milétoszi tanácsot, amely előterjesztett egy tervet a lázadásra. Ekkor Milétosz városába érkezett Hisztiaiosz, aki követelte, hogy támadást indítsanak a perzsa hatalom ellen. Hérodotosz leírja, hogy Hisztiaiosz vissza akart térni Ióniába, mivel korábban Dareiosz elűzte onnan. Arisztagorasz azonnal megindította csapatait az Óperzsa Birodalom ellen, így meg tudta tartani a hatalmat. A satrapa hadseregéhez, amelyet Artaphernész hozott létre még Káriában, további görög városok is csatlakoztak: Kümosz, Mülasza, Termera és Mütiléné, (Dórisz és Aiolisz szatrapiákban). A milétoszi türannosz ekkor képviselőket küldött a városokba, hogy ott megdöntsék a helyi türannosz hatalmát, és a nép kezébe adja az irányítást. Néhány türannoszt megöltek, másokat elűztek.
Ezzel sikerült a görög poliszokat rábírni a felkelésre, és ezután az európai görögökhöz fordult támogatásért.Holland, 157–159. o. I. e. 499 telén először hajózott el Spártába, hogy I. Kleomenésztől támogatást kérjen, de ő ezt megtagadta. Ezután Athénban próbálkozott.
Athénból nem sokkal korábban elűzték Hippiasz türannoszt, és a népgyűlés nagyon félt a visszatértétől. Ezért annak ellenére, hogy i. e. 508-tól hivatalos szövetségesei voltak a Perzsa Birodalomnak, a demokrácia megvédése miatt elvben csatlakoztak az iónokhoz.Holland, 142. o. Néhány évvel később Hippiasz spártai segítséggel vissza akart térni Athénba, de a terve végül nem sikerült. Emiatt a volt türannosz elutazott Artaphernész satrapához Szardeiszba, és a segítségét kérte. Az athéniak elküldtek egy diplomatát, hogy lebeszélje az ión vezért Athén megtámadásáról, különben két erővel kellene harcolnia. Másik érvük az volt, hogy Athénnak is ellensége az Óperzsa Birodalom, hiszen Iónia valamikor Athén kolóniája volt.
Arisztagorasz is sikereket ért el Eretria vezetőjével történő tárgyalása során, bár nem tudni, miért egyezett bele a szatrapia a felkelésbe. Valószínűleg kereskedelmi előnyöket remélt. Hérodotosz szerint azért vállalta a támogatást, mert korábban Milétosz is segítette a Halkida ellen.
Ión offenzíva 300px|thumb|Az ión felkelés főbb eseményei A tél folyamán Arisztagorasz folytatta a felkelés terjesztését. Vissza kívánta telepíteni a paiónokat ősi hazájukba, Phrügioszba, mert onnan még I. Dárajavaus perzsa király telepítette ki őket. Hérodotosz szerint ez provokáció volt. Szardeisz A balkáni görögség reguláris segítsége jelképes volt, Athén ugyanis félt a perzsa-athéni viszony megromlásától, végül I. e. 498 tavaszán a húsz athéni és öt eretriai triérész athéni csapatokat vitt Epheszoszba.Holland, 160–162. o. Itt ión, phókaiai és irreguláris csapatok csatlakoztak hozzájuk, és Artaphernész székhelye, Szardeisz ellen vonultak. Artaphernészt – aki csapatainak többségét Milétosz ostromára küldte – ez váratlanul érte. Hátrányos helyzete ellenére azonban vissza tudott vonulni a fellegvárba, és tartotta azt. Bár a görögöknek nem sikerült elfoglalniuk a fellegvárat, de a várost kifosztották. A fosztogatás alatt gyújtott tüzek elharapóztak, és Szardeisz porig égett.
Egyes források szerint, amikor I. Dárajavaus perzsa király meghallotta, hogy mi történt, bosszút esküdött, és megbízott egy szolgát, hogy naponta háromszor emlékeztesse esküjére: „Felség, emlékezzen az athéniakra!”.
Részleges sikerük után, a közeledő perzsa erősítés miatt a görögök kénytelenek voltak visszatérni Epheszoszba. Útközben azonban meglepte őket a perzsa hadsereg és katasztrofális vereséget mért rájuk. Az athéniek gyorsan hajóra szálltak, és visszatértek Görögországba.
Epheszosz ostroma Hérodotosz szerint a perzsa hadsereg – miután értesült Szardeisz elestéről – megindult Artaphernész megsegítésére. Amikor megérkeztek, megtudták, hogy a görögök továbbvonultak Epheszoszba. Tom Holland történész megerősíti, hogy a főleg lovasságból álló perzsa hadsereg, annak gyorsasága miatt, hamar utolérte a görög hoplitákat. A perzsa lovasság jellemzően dárdákkal és pajzzsal harcolt, és a szinkronizált mozgások megbénították az ellenséget.Lazenby, 232. o.
A demoralizált és fáradt görög harcosoknak nem volt esélyük a perzsákkal szemben. Az Epheszosztól nem messze lezajló csatában végleg vereséget szenvedtek. A görögök többségét megölték, és elfogták Eualküdoszt, az eretriai parancsnokot is. Az ión túlélők a városaikért indított küzdelmet otthagyták, a tengerentúli görögök pedig hazautaztak Európába.
A felkelés terjedése