A ChEMBL vagy ChEMBLdb egy kézzel karban tartott, a bioaktív, gyógyszerszerű molekulákat felölelő kémiai adatbázis. Karbantartásáról az Egyesült Királyságban, Hinxtonban a Wellcome Trust Genome Campusban az Európai Molekuláris Biológiai Laboratóriumhoz tartozó Európai Bioinformatikai Intézet foglalkozik.
Az eredetileg StARlite néven ismert adatbázist egy Inpharmatica Ltd kezdte el fejleszteni, amit felvásárolt a Galapagos NV. Az adatbázist az EMBL a The Wellcome Trust finanszírozásával szerezte meg 2009-ben. így az EMBL.EBI keretei között létrejött a ChEMBL csoport, amit John Overington vezetett.
Fókusz és elérhetőség
A ChEMBL gyógyszer hatóanyagok bioaktivitási adatait tartalmazza. A bioaktivitást Ki, Kd, IC50, és EC50 szerint jelzik. Az adatokat lehet szűrni és elemezni, hogy átkutassák vele a könyvtárakat az adott anyaggal kapcsolatban, mikor egy gyógyszert fejlesztenek ki.
A ChEMBL 2. verzióját (ChEMBL_02) 2010. januárban adták ki, melyben 2,4 millió biológiai teszt eredménye található 622.824 komponensnek, köztük 24.000 természetes terméknek. Ezeket a megfigyeléseket 12 orvosi szaklapban megjelent mintegy 34.000 publikáció minősítése közben gyűjtötték össze. A ChEMBL olyan mértékben dolgozza fel az elérhető bioaktivitási adatokat,hogy ez lett „a legteljesebb, valaha látott nyilvános adatbázis.” 2010. októberben a ChEMBL 8. verziója (ChEMBL_08) jelent meg, melyben 636.269 hatóanyag több mint 2,97 millió biológiai teszteredménye szerepelt.
A ChEMBL_10-ben megjelentek a PubChem által jóváhagyott vizsgálatok is, hogy integráltan jelenjenek meg az adatok, és összehasonlíthatóak legyenek a ChEMBL adatbázisában addig tároltakkal.
A ChEMBLdb internetes interface-en keresztül érhető el vagy letölthető File Transfer Protocolon keresztül. Úgy van megszerkesztve, hogy az adatbányászat során könnyen kezelhető legyen, és megpróbálják standardizálni a különféle kiadványok között a tevékenységeket, hogy összehasonlítható elemzések születhessenek. A ChEMBL be van integrálva más nagy kémiai forrásokba is, mint a PubChem vagy a Royal Society of Chemistry ChemSpider rendszere.
Kapcsolódó források Az adatbázis mellett a ChEMBL csoportja az adatbázis bányászathoz használható eszközöket és forrásokat is kifejlesztett. Ezek egyike a Kinase SARfari, egy integrált kemogenomikus munkarész, mely a kinázokra fókuszál. A rendszerbe be van integrálva és hivatkozásként felhasznál szekvenciális, strukturális, elemi adatokat is.
A GPCR SARfari is egy hasonló rendszer, melynek központjában a GPCR.ek állnak. A ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) pedig egy olyan nyílt hozzáférésű rendszer, melyen keresztül orvoskémiai adatok, szűrések érhetőek el, melyek az endemikus, afrikai amerikai, ázsiai trópusi betegségekkel foglalkoznak. A ChEMBL-NTD elsődleges célja, hogy egy szabadon hozzáférhető, időtálló archívum legyen, és ez legyen az itt tárolt adatok legfőbb elosztó központja.
2012. júliusban jelent meg egy új malária adatközpont , melyet a Medicines for Malaria Venture (MMV) támogatott, mely a Föld több pontján is támogatta a kutatókat. Itt olyan adatokat tárolnak, melyek forrása a Malaria Box szűrőcsomag, valamint a ChEMBL-NTD adatbázisában megtalálható, támogatott tartalmak.
A myChEMBL, a ChEMBL virtuális gépe 2013. októberben indult el, hogy a felhasználóknak hozzáférésük legyen egy ingyenes és teljes, könnyen telepíthető kémiainformatikai infrastruktúrához.
2013. decemberben a SureChem szabadalmi informatikai adatbázis átkerült a EMBL-EBI-be. Ennek hatására a SureChem-et átnevezték, új neve SureChEMBL lett.
2014-ben új forrást vezettek be,ADME SARfari ami egy olyan eszköz, mely előrejelzi és összehasonlítja a különféle fajok közötti ADME célokat.
Lásd még ChEBI DrugBank
Jegyzetek
Külső hivatkozások
ChEMBLdb Kinase SARfari ChEMBL-Neglected Tropical Disease Archive GPCR SARfari The ChEMBL-og A ChEMBL csapata által üzemeltetett, ingyenes, adatok és gyógyszerek megjelenéséről tudósító blog. team. ChEMBL: Gyors betekintő a EBI Train OnLine-ba
Kategória:Online adatbázisok