Az I. Dávid skót király alapította a Szent Egyed-templomot 1124-ben, ekkoriban Róma és a skót egyház közötti kötelék egyre szorosabbá vált. A Szent Egyed-templom Edinburgh legkeletibb szélén épült, és az Óváros nagy részét megelőzte. Amikor I. Dávid később megalapította a holyroodi apátságot, engedélyt adott az apátnak, hogy házakat építsen a hegygerincen a Szent Egyed felé, létrehozva a Canongate városrészt, és kialakítva a ma Royal Mile néven ismert területet.
Története Szent Egyed püspökségét 1124 körül alapította, vagy I. Sándor király, aki abban az évben meghalt, vagy testvére, I. Dávid király, aki követte őt a trónon. Az energikus Malcolm Canmore király és ájtatos felesége, Szent Margit fiai voltak. Szent Egyed plébániáját a Szent Cuthbert-templom meglévő nagy plébániájából alakították ki, a papság pedig egy majorságot kapott, egy kissé délebbre fekvő földterületet, ahol a jobbágyok felügyeletük alatt termeszthettek növényeket.
A legenda szerint maga Szent Egyed egy hetedik századi görög remete volt, aki a dél-franciaországi Nîmes közelében lévő erdőkben élt, egyetlen társa pedig egy szelíd szarvas volt. Egy napon a vizigótok királya vadászat közben rálőtt a szarvasra, de azt Egyed védelmezően tartotta a karjaiban, akinek a kezét a nyíl megsebesítette. A királyt lenyűgözte a szent ember, sokszor visszatért, hogy beszéljen vele, és végül rávette, hogy legyen az általa alapított kolostor apátja. Egyedet később szentté avatták, a leprások, a szoptató anyák és a sánták védőszentje lett.
Angliában számos templomot szenteltek ennek a népszerű középkori szentnek, valamint egyet Elginben, Skócia északi részén, feltehetően azért, mert a lepra szörnyű csapás volt. I. Dávid, aki Northumbria és Skócia ura volt, az edinburghi Szent Egyed-kórház bevételeit az ottani Harehope kórháznak adományozta. A kórházat a jeruzsálemi Szent Lázár-rend szerzetesei vezették, akiknek különleges szerepe a leprások gondozása volt.
1320-ban a skótok aláírták az Arbroathi Nyilatkozatot, egy levelet a pápának, amelyben megerősítették Skócia függetlenségét Angliától. Két évvel később II. Edward angol király sereget küldött északra azzal a szándékkal, hogy széles körű károkat okozzon. A Szent Egyed-templom, akkoriban egy kis román stílusú templom, Edinburgh nagy részével együtt tűzkárt szenvedett.
1384-ben a skót-francia Auld Alliance titkos találkozójára került sor Szent Egyed-templomban, ahol egy angliai rajtaütést terveztek. A következő évben II. Richárd angol király nagy sereget küldött északra, hogy elpusztítsa a Szent Egyed-templomot és más skót templomokat. Az épület nagy része fennmaradt, de a lángok fekete nyomai még a 19. századig láthatók voltak az oszlopokon. 1390-re a Szent Egyed-templomot edinburghi kereskedők segítségével helyreállították.
A Szent Egyedet társtemplom státuszt kap
Edinburgh városi hatóságai petíciót nyújtottak be, hogy a Szent Egyed-templomot társtemplommá alakítsák, egy rangos státuszt, amelyet csak a pápa adományozhatott. Az 1419-es és 1423-as petíciók kudarcot vallottak, de 1466-ban II. Pál pápa végül társtemplomi státuszt adott a Szent Egyed-templomnak.
Az 1385-ös második rajtaütés után Szent Egyed újjáépült, és a következő 150 évben a közösség kiemelkedő tagjai, mint például Albany hercege, II. Róbert király fia, valamint a virágzó Kereskedő Céh és a kézműves egyesületek mellékkápolnákat építettek hozzá. Amikor Sir William Preston a templomnak hagyott egy karcsontot, amelyről úgy vélik, hogy Szent Egyed ereklyéje, 1455-ben egy további folyosót építettek az emlékére. Az ereklye már rég eltűnt, de Preston faragott címere, amely három unikornis fejét ábrázolja, látható a folyosóban. A tizenhatodik század közepére körülbelül 50 mellékoltár volt a templomban, a keleti végén található főoltár mellett, amelyet magának Szent Egyednek szenteltek.
Ahogy a fő részben említettük, a Szent Egyed 1466-ban kollégiumi templommá vált. A jövőben a Szent Egyed kollégiumi templom kibővítette a halottakért misézésre szolgáló létesítményeket, amelyekre akkoriban nagy volt a kereslet. A Szent Egyed vikáriusa lett a prépostja, hasonlóan a székesegyház dékánjához. Tizennégy janebendárius volt, akik a székesegyház kanonokjaihoz hasonlóan működtek. Naponta miséket mutattak be III. Jakab király és ősei lelkéért, valamint a templom számos oltáránál megemlékezett többi személyért. Egy sekrestyés volt felelős a templomi tányérokért és ruhákért, valamint azért, hogy a harangok szóljanak és az orgona szóljon. Volt egy karvezető és négy fiú karmester. Nem sokkal később egy énekiskolát alapítottak a temetőben a kórusosok képzésére.
A korai skót makar és fordító, Gavin Douglas 1508-ban lett Szent Egyed prépostja. Vergilius Aeneisének skót nyelvre fordítása volt az első jelentős klasszikus költemény fordítása modern germán nyelvre. Az Aeneist 1513-ban fejezte be, mindössze néhány nappal a katasztrofális floddeni csata előtt. Minden irodalmi művét Szent Egyed-i tartózkodása alatt komponálta, és ma is a korai skót irodalom fejlődésének kulcsfigurájának tekintik.
1558-ban a protestantizmus kezdett eluralkodni Skóciában. Egyik este Szent Egyed szobrát ellopták a gyakorlatban még katolikus templomból, és az edinburghi Nor' Loch-ba dobták, egy rothadó vízfelületbe, amely egykor a Princes Street Gardenst töltötte meg. A hagyományos Szent Egyed-napi felvonulást protestánsok is félbeszakították, akik megpróbálták összetörni a szentek képmásait.
John Knox lesz a Szent Egyed lelkésze John Knox skót pap volt, aki az 1540-es években áttért a protestáns hitre, majd bujkálni és száműzetésbe menekült. Genfben összebarátkozott a francia reformátorral, John Calvinnal. Skóciába való visszatérése után követőinek seregével vonult be a Szent Egyed-templomba, és ott prédikált először. A következő héten megválasztották a templom lelkészévé, és az épületet megfosztották katolikus díszítésétől.
A presbiteriánus vallás megalapítása Skóciában A skót parlament 1560-ban eltörölte a pápai hatalmat, és kimondta, hogy Skócia mostantól protestáns ország. Ez annak ellenére történt, hogy Skóciának még mindig volt katolikus királynője, Mária skót királynő. Szent Egyed 400 éves katolikus egyházi fennállása hivatalosan is véget ért. Az épületben eltávolították az ólomüveg ablakokat, a régi templomi ezüstöt beolvasztották és eladták, hogy pénzt gyűjtsenek az újjáépítéshez.
A középkorban Skócia Stuart-házának királyai, I. Jakabtól V. Jakabig, szoros kapcsolatban álltak Szent Egyeddel, és itt vettek részt római katolikus miséken. I. Mária skót királynő nem azért tette ezt, mert római katolikus volt, és a templom az ő uralkodása alatt protestánssá vált. Az 1560-as években azonban legalább háromszor járt az épületben, amikor megnyitotta a parlamentet a templom nyugati végén, és egyszer elküldte férjét, Lord Darnley-t egy istentiszteletre. Később panaszkodott, hogy John Knox olyan hosszú prédikációt tartott, hogy lemaradt a vacsorájáról.
Mária kényszerű lemondása után Skócia törvénytelen féltestvére, James Stewart, Moray grófja kormánya alá került. Moray régens a kongregáció egyik urának számított, és John Knox hűséges barátja volt. Miután Morayt 1570-ben Linlithgow-ban meggyilkolták, a Szent Egyed-ben temették el, és John Knox prédikált a temetésén. Moray emlékműve a későbbi átalakítások során megsemmisült, de eredeti réztáblája megmaradt, és a Szent Vér folyosón lévő másolatára illesztették, amelynek ólomüveg ablaka halálát és temetését ábrázolja.
Mária fia, VI. Jakab király rendszeresen részt vett a református Szent Egyedben tartott istentiszteleteken, gyakran félbeszakítva a prédikációt, hogy vitatkozzon a lelkésszel teológiai kérdésekről, mígnem 1603-ban Jakab örökölte Anglia trónját is, és Londonba költözött.
A skót reformáció 1560 augusztusában Skócia hivatalosan protestánssá vált, amikor parlamentje elfogadott egy sor törvényt, amelyek véget vetettek a pápa skót egyház feletti hatalmának és eltörölték a misét. A lutheránus eszmék az 1520-as évek vége óta keringtek az országban, de V. Jakab király nem volt hajlandó szakítani Rómával, és fenntartotta Skócia hagyományos szövetségét Franciaországgal. Amikor 1542-ben meghalt, a trón hatnapos lányára, Máriára, a skót királynőre szállt. Özvegye, a francia Guise-i Mária jelentős befolyással bírálta a királyt, és 1554-ben régens lett. Régóta bírálták a katolikus egyházban elkövetett visszaéléseket, de bár felismerte a reform szükségességét, a protestáns ellenállás növekvő hulláma konfliktust okozott, amikor francia szövetségesei segítségét kérte.
A Kongregáció egyre növekvő számú protestáns urainak válasza az volt, hogy angol segítséget kértek. Rávették John Knoxot, egy neves prédikátort is, hogy térjen vissza a száműzetésből, és vezesse őket. Knox prédikációiban támadni kezdte az egyházat és Guise-i Máriát, egyesítve a lordok vágyát a változásra. Skócia csatatérré vált a lordok és angol katonai szövetségeseik, valamint a régenskirálynő és francia katonái között. A küzdelem végül Guise Mária halálával ért véget 1560. június 12-én. Július 6-án a franciák és az angolok aláírták az Edinburgh-i Szerződést, amelyben megállapodtak abban, hogy minden külföldi csapatnak el kell hagynia Skóciát.
Augusztusban a reformációs parlament elfogadta törvényjavaslatát. Knoxot a Szent Egyed lelkészévé választották, és kívánságainak megfelelően Edinburgh protestáns városi tanácsa a következő évet azzal töltötte, hogy eltávolította az összes oltárt és szobrot, eladta a templomi tányérokat, ereklyetartókat és egyéb értéktárgyakat, meszelte a belső teret, és ülőhelyeket vezetett be, hogy az embereknek ne kelljen állniuk Knox órás prédikációi alatt, amelyeket a templom délkeleti végén lévő szószékéről mondott.
Jelentős számú korábbi pap áttért a protestáns hitre, és egyházközségei lelkészeként maradt, de a finanszírozási problémák lehetetlenné tették a remélt iskola létrehozását minden egyházközségben. A korábbi katolikus hierarchiát azonban egy hiányos kálvinista egyházkormányzati rendszer váltotta fel. Létrehoztak egyházi üléseket, a felügyelők egy ideig átvették a korábbi püspökök számos feladatát, és 1562-től kezdve a Skót Egyház Közgyűlése évente egyszer ülésezett.
Négy templom egyben A tizenhatodik században Edinburgh lakossága gyorsan növekedett, és 1584-ben a városi tanács úgy döntött, hogy négy egyházközségre osztja, mindegyiknek saját templommal. 1699-re a Szent Egyed belsejét ezért négy teljesen különálló templommá alakították át, számos válaszfal felépítésével. A „válaszfal” szó talán úgy hangzik, mintha valami gyenge dologra utalna, de az elválasztó falak valójában kőből készültek, és nagyrészt eltorlaszolták a meglévő boltíveket. Mind a négy templom belső falához erkélyek sorai csatlakoztak, amelyeket galériáknak neveztek.
A négy templom közül a legnagyobb a Szent Egyed szentélyében állt, amelyet akkoriban Keleti templomnak, Magas templomnak vagy Új templomnak neveztek. Az átjáró és a hajó egy része lett az Auld Kirk (Régi templom) vagy Nagy templom. A délnyugati végén állt a Tolbooth Kirk vagy West Kirk, az északnyugati végén pedig a Haddo’s Hole Kirk, amelybe egy boltíves ajtón keresztül lehetett bejutni, amelyet ma a második világháborúban elesett gyülekezet tagjainak emlékére emeltek.
A négy közül a East Kirk volt a legnagyobb, és általában a legfontosabbnak tartották, bár a királyi padsor évekig az Auld Kirkben volt. Az embereknek a városi tanács által kijelölt saját plébániatemplomukba kellett járniuk, de sokan közülük abba a templomba jártak, ahol egy lelkész az általuk preferált stílusú prédikációt tartotta.
Az épület belső felosztása megmaradt egészen addig, amíg William Chambers az 1870-es és 80-as években bele nem kezdett nagyszabású restaurációs programjába.
A négy templom sorsa A Tolbooth Kirk