Az indonéz–maláj határháború vagy borneói konfliktus (gyakran nevezik -nak, de ugyanez a neve Malajziában és Szingapúrban is) egy 1963 és 1966 között történt fegyveres konfliktus Indonézia és Malajzia között, amelyet főleg Borneó szigetének dzsungeljeiben vívtak, ám a harcok olykor kiterjedtek a Maláj-félszigetre és Szingapúr közelébe is.
Az akció nem vezetett nyílt háborúvá, viszont Indonézia így próbálta meg elérni Malajzia destabilizációját, illetve területszerzési célok is vezették annak a konfrontációs politikának a keretében, amelyet az állam már korábban is folytatott a térségben még jelenlevő Hollandia és a függetlenedő Brunei kárára is, előbbivel szemben így sikerült megszereznie a Holland Új-Guineát (ma Nyugat-Új-Guinea).
A konfliktusba beavatkozott Malajzia oldalán Nagy-Britannia, Ausztrália és Új-Zéland (további támogatók Brunei és Szingapúr voltak), míg Indonéziát a Szovjetunió és kommunista Kína támogatta, így az indonéz−maláj határháború egyike a hidegháború Ázsiában vívott konfliktusainak.
A háborút végig kis területen vívott, elszigetelt összecsapások és visszafogott titkos katonai akciók (főleg ejtőernyős bevetések) vagy különféle incidensek jellemezték. Egyik oldal sem vetett be egy századnál nagyobb méretű haderőt a kialakuló összecsapásokban.
A háború mutat némi hasonlóságot a vietnámi háborúval, mivel itt is az őserdei terep korlátozta a nyílt csaták levezénylését, s nagy szerep jutott a légiúton történő szállításnak (elsősorban helikopterekkel), bár az indonézek a maláj területre való behatolásokkor víziútvonalakat is igénybe vettek. A másik, amely szintén a vietnámihoz teszi hasonlóvá a konfliktust, hogy Indonézia (teljesen hasztalanul) Malajzián belül próbált konfliktust kirobbantani, ahogy azt Észak-Vietnám tette a Vietkongokon keresztül Dél-Vietnámban. A Malajziabán működő ellenállási mozgalmak, főleg Sabahban és Sarawakban jóformán nem is működtek együtt az indonéz hadsereggel.
Mindkét fél könnyűgyalogsági erőket alkalmazott a hadműveletekben, amelyek tevékenysége sokszor a járőrözés és a határellenőrzés területén merült ki, s amelyek keretében történtek a harcok. A britektől támogatott maláj hadsereg technikailag és morálisan fölényben volt az indonéz hadsereggel szemben.
Az indonézek igyekeztek a helyieket is megnyerni és sikerült néhány önkéntesre szert tenniük, ennek ellenére egy Vietkonghoz hasonló ellenállási mozgalmat nem tudtak kiépíteni, sőt nagyon hamar világossá vált, hogy a maláj oldalon levő borneói lakosság, illetve az ország többi állampolgárja is nemkívánatosnak kezeli az indonéz behatolásokat. Ennél fogva a harcokban mindvégig az indonéz csapatok harcoltak.
Az indonéz szándék nemhogy nem érte el célját, hanem a fordítottját eredményezte, s elvezetett az államot a függetlenség óta irányító Ahmed Szukarnó bukásához és Hadzsi Mohamed Szuhartó hatalomra kerüléséhez.
Előzmények Ahmed Szukarnó elnök már a függetlenséget követően nyilvánvalóvá tette országa nagyhatalmi szándékait, amelyet az el nem kötelezett országok mozgalmának megindítása is fémjelzett. Agresszív külpolitikájának részeként megszerezte a még holland kézen levő Nyugat-Új-Guineát 1962-ben, de a terület indonéz fennhatóságát csak később, Szukarnó bukása után ismerte el az ENSZ.
Eközben Indonéziát gazdasági romlás sújtotta, amelyen nem segített, sőt tovább súlyosbított az állami beavatkozás. Szukarnó egyfajta hintapolitikát folytatott a nyugati és a keleti blokk között, bár ez az irányultság idővel egyre inkább keletre tolódott, amely miatt a CIA az 1950-es évek végén szumátrai és más indonéz szigeten működő lázadó csoportoknak próbált támogatást nyújtani Szukarnó megbuktatása érdekében. Indonéziát ezalatt a Szovjetunió támogatta fegyverszállítmányokkal, amely elősegítette Nyugat-Új-Guinea bekebelezését, ahol az indonézek által kiképzett pápua ellenállók és hozzájuk csatlakozó indonéz katonák támadásaikkal aláásták a holland uralmat, valamint ellehetetlenítették a terület független állammá válását.
Nagy-Britannia eközben kezdte átértékelni távol-keleti politikáját és hozzálátott a Délkelet-Ázsiából történő kivonuláshoz, illetve itteni gyarmatai függetlenítéséhez, amelyhez stabil alapot adtak a britek azzal, hogy helyi polgári hatóságok kezébe adták a hatalmat (tették mindezt részben kényszerből), amely miatt nem történtek olyan túlkapások, mint a holland katonai közigazgatás alatt a Holland Kelet-Indiákon (a későbbi Indonéziában), illetve földosztást is sikerült végre hajtani, amellyel a kommunisták térnyerésének vették elejét.
Indonézia nem ellenezte egy független maláj állam létrejöttét (az indonéz kommunista párttal ellentétben), de nem is támogatta elkötelezetten.
Bruneiben nem volt világos, hogy III. Omár szultán támogatná-e országa csatlakozását a maláj föderációhoz, az uralkodó tartott ugyanis hatalma korlátozásától, továbbá Brunei olajbevételei biztosították volna országa fennmaradását, ha a függetlenséget választaná. Az egyik baloldali brunei politikus Azahari Mahmud ellenezte a maláj föderációt, s korábban az indonéz függetlenségi háborúban is harcolt. Indonézia ekkor nekilátott egy általa vezetett „ellenállási” mozgalom az Észak-Kalimantán Nemzeti Hadsereg kiképzéséhez (Kalimantánnak nevezik Borneót indonéz nyelven, az Észak-Kalimantán a sziget Malajziához tartozó felére utal).
1962. december 8-án az indonézek az általuk protezsált nemzeti mozgalmon keresztül felkelést próbáltak Bruneiban kirobbantani, amely alig egy nap alatt kudarcba fulladt a rossz előkészítés miatt, majd a további akciókat a Szingapúrból ide vezényelt brit alakulatok és nepáli gurkhák meghiúsították. Indonézia a részvételét tagadta a brunei akcióban, s a beavatkozás mértéke máig vita tárgya, de ekkor kiütköztek a Malajzia felé tett destabilizációs kísérletei, sőt Szubandrió indonéz külügyminiszter 1963. január 20-án nyilvánvalóvá tette, hogy Indonézia álláspontja a független Malajziát illetően megváltozott, ezért rá is kiterjeszti az addigi konfrontációs politikáját.
Etnikai és földrajzi háttér 1961-ben Borneó szigete az indonéz fennhatóság, Brunei és két brit gyarmat (Sabah és Sarawak) között oszlott meg. A sziget lakosságának fele pedig dajak volt, de Sarawakban, Bruneiben és Sabahban jelentős kisebbséget alkottak a kínaiak és malájok. A dajakoknak társadalmi helyzetük (főleg falusi közösségekben éltek) és földrajzi szétszórtságuk miatt nem volt politikai szerepe Borneón.
Sarawak gyenge infrastruktúrával bírt és belső területei is kevéssé voltak feltérképezve. Ebben a tekintetben sokkal rosszabb volt a helyzet az indonéz fenségterületen, ahol hatékonyan csak vízi vagy légi úton lehetett közlekedni. A határ mindkét oldalán számos nagy folyó húzódott és ezek voltak a közlekedés elsődleges eszközei. A számos kisebb füves terület könnyű repülőgépek számára, ejtőernyős ellátmányok ledobására, illetve helikopterek számára volt alkalmas leszálló pálya. A sarawaki Kucsingtól délre, mely az egyenlítő mentén fekszik, valamint Észak-Borneó nagy részén egész évben magas a csapadékmennyiség, a térséget sűrű trópusi esőerdők borítják, a hegyvidéki területeket számos folyó szabdalja, a hegyoldalak meredekek, a hegygerincek is gyakran csak néhány méter szélesek. A csapadékmennyiség miatt a folyók vízhozama nagy, emiatt ezek jelentik itt is a fő közlekedési útvonalakat, ugyanakkor komoly stratégiai akadályokat is.
A sarawaki helyzet Sarawak 1946-ban lett brit koronagyarmat, amikor az második világháború után rádzsája Charles Vyner Brooke, James Brooke leszármazottja átengedte Nagy-Britanniának. A brit uralom ellen azonban a helyi malájok fellázadtak és meggyilkolták Duncan Stewart kinevezett főbiztost, Sarawak első brit főbiztosát. A kibontakozó ellenállás, amely kommunista szellemű volt, Kínából kapott támogatást. Az ellenállás azonban több csoportra oszlott, így külön szervezete volt a kínai lakosokból verbuválódott ellenállásnak, amelyben erősen terjedt a maoizmus, de nem lelt támogatásra a dajak és maláj nemzetiségűek körében. Ez az ellenállás az indonéz-maláj határháborúban az indonézeket segítette.
Közös volt viszont ezen ellenállócsoportok álláspontja a brunei lázadókhoz hasonlóan, hogy egy észak-borneói kommunista államot akarnak létrehozni. A terület függetlenségét a baloldali, mérsékelt Brunei Néppárt is felvetette, de később támogatta a maláj föderációba való belépést azzal a feltétellel, hogy a terület külön szövetségi állam lesz, amelynek ügyeibe nem szól bele se a maláj adminisztráció, se a helyi kínai burzsoázia.
A Borneó területén zajló ellenállások elsősorban a sziget és más maláj területek közötti gazdasági, politikai, történelmi és kulturális különbségeken, valamint a maláj félszigetről jövő túlzott politikai befolyás elutasításán alapultak. Az ellenállás egyes személyiségei, mint Azahari Indonéziába vonultak száműzetésbe. Azahari végig ott maradt, egészen 2002-ben bekövetkezett haláláig.
A brunei felkelés kudarca után a nemzeti ellenállás maradványai Indonéziában leltek menedékre, ahogy sok sarawaki kínai kommunista és maláj ellenálló is. Szubandrió külügyminiszter találkozott a vezetők egy csoportjával, míg Abdul Naszution tábornok három kiképzőt, majd két indonéz hadnagyot küldött a sarawaki határ közelében gyülekező, körülbelül 300 főnyi ellenállóhoz, akik között egy Kínában kiképzett káder is volt. Az Indonéz Kommunista Párt ugyancsak jelen volt soraikban, akárcsak egy arab önkéntes is. A maláj csoport Sarawakban folytatta a beütéseket Sarawakba, azonban az indonéz hadsereg nem akarta őket ebben támogatni, mivel aggasztotta őket a szervezett erősen baloldali jellege.
A háború Indonéz okok a háborúra Szukarnó indítékai a háború megindítására vitatottak. Lehetségesnek tartják, hogy a Nyugat-Új-Guineában elért siker elbizakodottá tette, ám az is lehetséges, hogy a kommunista párt is nyomás alatt tartotta, továbbá az egyre súlyosabb belpolitikai és gazdasági helyzetről is el akarta terelni a figyelmet.
Az 1950-es évek végén Szukarnó már úgy látta, hogy Malajzia egy brit bábállam, az angolok újragyarmatosítási kísérlete, amely fenyegeti Indonéziát, s annak nagyhatalmi törekvései. Ezen véleményének az elnöknnyíltan hangot is adott.
Azt is felvetődött magyarázatként, hogy Szukarnó külön államokra akarta szabdalni Malajziát, Észak-Borneót, Sarawakot és Szingapúrt, így gátolva meg a brit befolyást. Az elnök közvetlenül nem támasztott igényt Észak-Borneóra, de akadálynak tekintette Malajziát egy irredenta unió létrehozásában a Indonézia, Malajzia és a Fülöp-szigetek között. A Fülöp-szigetek nem volt ellenséges Malajziával, de halogatta elismerését önálló államként, ezért Malajzia meg is szakította a diplomáciai kapcsolatokat a Fülöp-szigetekkel. Indonézia azzal érvelt, hogy Malajzia létrehozása lehetővé teszi a brit kiváltságokat a szingapúri bázis használatával kapcsolatban és szoros kapcsolatokat tart fenn a brit védelmi igényekkel Délkelet-Ázsiában, ami burkolt fenyegetést jelent. Szubandrió külügyminiszter Howard P. Jones dzsakartai amerikai nagykövetnek azzal magyarázta a lépést, hogy ez válasz a maláj és brit fellépésékre, amelyek Indonézia ellen irányultak, mert őket tartották felelősnek az 1958-as szumátrai lázadások szításában.
A Fülöp-szigetek nem állt ki Indonézia mellett a maláj lépés ellenére sem, sőt tárgyalóasztalhoz próbálta hívni a feleket.
A kezdet 1963 áprilisában történt az első feljegyzett indonéz betörés Borneó Malajzia fennhatósága alatt álló részére. 1963. április 12-én az egyik indonéz egység megtámadta és elfoglalta a Tebedúban fekvő rendőrőrsöt, 64 km-re Kucsingtól. Egy másik csoport napokkal később megtámadta Gumbang falut, Kucsingtól délnyugatra. A maláj erők mindkét támadást visszaverték, indonéz részről az akcióban résztvevők körülbelül fele odaveszett.