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La dodicesima e ultima stagione della serie televisiva Bones è stata trasmessa in prima visione assoluta negli Stati Uniti d'America da Fox dal 3 gennaio al 28 marzo 2017; in Italia è stata trasmessa in prima visione assoluta su TOP Crime dal 21 settembre al 26 ottobre 2017.

nºTitolo originaleTitolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia 1 The Hope in the Horror La speranza nell'orrore 3 gennaio 2017 21 settembre 2017 2 The Brain in the Bot Intelligenza artificiale 10 gennaio 2017 3 The New Tricks in the Old Dogs Vecchie abitudini 17 gennaio 2017 28 settembre 2017 4 The Price for the Past Il prezzo del passato 24 gennaio 2017 5 The Tutor in the Tussle Lotta per il tutor 31 gennaio 2017 5 ottobre 2017 6 The Flaw in the Saw La sega difettosa 7 febbraio 2017 7 The Scare in the Score Troppo tardi 14 febbraio 2017 12 ottobre 2017 8 The Grief and the Girl Addio, papà 21 febbraio 2017 9 The Steel in the Wheels Un tentativo disperato 7 marzo 2017 19 ottobre 2017 10 The Radioactive Panthers in the Party Pantere da party 14 marzo 2017 11 The Day in the Life Un giorno da ricordare 21 marzo 2017 26 ottobre 2017 12 The End in the End Capitolo finale 28 marzo 2017

La speranza nell'orrore Titolo originale: The Hope in the Horror Diretto da: Emily Deschanel Scritto da: Michael Peterson Trama Zack e Brennan si mettono a parlare ma vengono trovati immediatamente perché non sono mai andati via dal Jeffersonian. Zack viene interrogato da Aubrey e dice di essere innocente, che è vero che usciva dalla casa di cura ma era solo per andare in una biblioteca a leggere e spiare le mail dei suoi amici per vedere che stessero bene, e si scopre che si finge anche un dottore che addestrava la fisioterapista di Hodgins che gli sta ridando la mobilità delle gambe; quando Hodgins va a trovare Zack, quest'ultimo ammette che non ha speranze di riprendere mobilità. Brennan insieme a Brey trovano nel covo del killer burattinaio un altro corpo vecchio di più di 10 anni e questo fa capire che Zack potrebbe essere innocente. Booth sospetta dello psicologo. Il caso viene analizzato da Zack e anche lui arriva alla conclusione di essere stato lui, anche se non ricorda di averlo fatto, ma Booth crede che sia innocente. Ma alla fine si scopre che è stato il direttore della clinica dove Zack era ricoverato, che prima aveva un fratello siamese che è morto durante l'intervento di separazione e così ha creato un'altra personalità a causa del trauma, e aveva manipolato le prove per far pensare che sia stato Zack e cerca di ucciderlo ma Booth arriva in tempo, uccidendo il medico. Nel corso della colluttazione prima dell'intervento di Booth, Zack ha la possibilità di uccidere l'assassino, per difendersi, ma non ci riesce e questo, una volta che il caso è risolto, gli fornisce la conferma necessaria a dire la verità: per tutti quegli anni, aveva accettato l'accusa di omicidio perché era convinto che, se messo nella condizione di farlo, avrebbe commesso davvero l'omicidio; ora che sa che, non è così, racconta la verità a Booth e Brennan, che accettano di cercare le prove necessarie a scagionarlo.

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Intelligenza artificiale Titolo originale: The Brain in the Bot Diretto da: Ian Toynton Scritto da: Hilary Weisman Graham Trama Durante una mostra canina viene ritrovato un corpo, divorato in più parti dagli animali. La vittima è un uomo che aveva sviluppato software di intelligenza artificiale inseriti all'interno di robot, per aiutare i bambini con autismo. Inizialmente sembra che a ucciderlo sia stato il robot da lui programmato, ma esso non è consapevole di averlo fatto poiché i dati relativi al giorno dell'omicidio conservati nella sua memoria sono stati cancellati; emergerà che a cancellarli è stata proprio la vittima. L'assassino si rivelerà il suo amico, arrabbiato per un regalo. Intanto, Brennan organizza una festa per i propri 40 anni e si finge invidiosa quando Angela riceve la notizia di aver vinto il "MacArthur Fellowship" o comunemente "Premio dei geni", uno dei più prestigiosi in ambito scientifico; Daisy annuncia di aver completato il dottorato e chiede le referenze alla Brennan per un posto da Antropologa Forense Capo presso il "National Forensics Lab". Alla festa, Bones sorprende i colleghi ammettendo di aver nominato lei Angela per il premio, e di essere stata sempre lei a raccomandare Daisy, mostrando quanto abbia imparato ad apprezzare il successo degli altri. Booth, come regalo, la informa che l'udienza d'appello di Zack si terrà di lì a qualche mese. Max, il padre di Brennan, riappare al compleanno della figlia, ma lascia cadere quello che sembra un bracciale da ospedale, che indica probabilmente una malattia.

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Vecchie abitudini Titolo originale: The New Tricks in the Old Dogs Diretto da: David Grossman Scritto da: Ted Peterson Trama Tre ragazzi si introducono in una discarica e, tentando di effettuare un esperimento, si imbattono in un cadavere scaricato illegalmente in un barile, che il team identifica in un anziano di 86 anni. Le indagini si svolgono principalmente all'interno della casa di riposo in cui la vittima risiedeva e portano alla luce che egli era un truffatore; a ucciderlo è stato un altro ospite, che non sopportava le bugie che il primo raccontava sul suo passato nell'Esercito. Angela rivela a Brennan che lei e Hodgins sono pronti per avere un altro bambino, mentre quest'ultima ne parla con Booth e, pur affermando di non volere negarsi questa possibilità, gli suggerisce di sottoporsi a una vasectomia perché è comunque soddisfatta della famiglia che hanno costruito, ma poi considera la sua religione (Booth infatti è cattolico) e gli dice che non è obbligato. Il discorso sul matrimonio e i figli riguarda anche Cam e Arastoo: lei dichiara che non vede l'ora di sposarlo, ma che non crede di voler rimanere incinta subito, sebbene sappia quanto il fidanzato desideri diventare padre; lui allora le propone l'adozione, dato che ci sono tantissimi bambini rifugiati in attesa di una casa e di una vita migliore, e lei accetta.

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Il prezzo del passato Titolo originale: The Price for the Past Diretto da: Randy Zisk Scritto da: Jonathan Collier Trama A Rock Creek Park viene trovato un cadavere depredato dagli animali e con diverse lesioni da battaglia sulle ossa; al Jeffersonian Brennan ha un'intuizione e, studiando i segni, capisce che l'uomo aveva un passato militare e successivamente era diventato prete: si tratta di Aldo Clemens, ex cappellano del battaglione di Booth in guerra ed ex prete, che aveva celebrato il matrimonio di Booth e Brennan, nonché confidente di entrambi in occasioni differenti. Booth è naturalmente molto scosso e più che mai determinato a trovare l'assassino: innanzitutto lui e Aubrey si recano nel bar dove Aldo lavorava, dove vengono a sapere che aveva problemi di soldi; gli scienziati del laboratorio scovano tracce di uso di droghe nell'organismo, perciò gli agenti dell'FBI rintracciano lo spacciatore da cui Aldo si riforniva, il quale li indirizza verso una specie di magazzino abbandonato. Booth e Brennan lo ispezionano per cercare prove forensi, e in una stanza notano un tavolo con catene e strumenti di tortura e una lastra di un cranio che mostra un foro di proiettile di grosso calibro appesa al muro; Booth si accorge appena in tempo di una bomba e i due riescono a uscire prima che l'edificio esploda. Brennan scopre che Aldo è stato torturato e si è suicidato, così Booth capisce che l'ha fatto per salvarlo, perché crede che qualcuno lo voglia morto per un vecchio assassinio che lui aveva commesso in guerra. Il padre di Aubrey torna di nuovo in città e lui ne è molto scosso.

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Lotta per il tutor Titolo originale: The Tutor in the Tussle Diretto da: Dwight Little Scritto da: Eric Randall Trama Il team del Jeffersonian indaga su un cadavere e si scopre essere uno studente che per pagarsi gli studi faceva il tutor. È proprio uno dei suoi clienti ad averlo ucciso, per la rabbia di aver scoperto che voleva abbandonarlo. Il padre di Aubrey finalmente si fa vedere e Aubrey è indeciso cosa fare, ma alla fine lo fa arrestare.

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La sega difettosa Titolo originale: The Flaw in the Saw Diretto da: Denise Di Novi Scritto da: Yael Zinkow Trama Booth e Brennan stanno indagando sull'omicidio di una taglialegna, la quale prima era una giocatrice di golf. Si scopre che a ucciderla è stato il proprietario del furgoncino dei pancake. Hodgins trova delle prove per scagionare Zack, ma Cam le rifiuta perché potrebbero essere manomesse.

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Troppo tardi Titolo originale: The Scare in the Score Diretto da: Randy Zisk Scritto da: Joe Hortua Trama Si scoprono altri cadaveri che fanno parte della vecchia unità di Booth. Max confessa a Brennan di essersi operato al cuore e lei si arrabbia perché non era stata informata. Booth e Brennan, spaventati dal fatto che potrebbe succedere qualcosa ai loro figli, li affidano a Max e vengono portati in un luogo sicuro dall'FBI. Ma vengono trovati, vengono uccisi tutti gli agenti e ferito Max, mentre i bambini sono sani e salvi. Max, in gravi condizioni, viene operato d'urgenza, ma anche se sopravvive all'operazione, muore poco dopo.

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Addio, papà Titolo originale: The Grief and the Girl Diretto da: Anton Cropper Scritto da: Karine Rosenthal Trama La morte di Max crea distanza e attrito fra Booth e Brennan, poiché ognuno di loro reagisce in modo diverso al lutto. Lui vorrebbe darle il suo sostegno, ma lei lo allontana e rifiuta di aprirsi e anzi lo spinge a recarsi a Terranova, in Canada, per indagare sulla morte di una cittadina statunitense, affermando che stare qualche giorno separati farà bene a entrambi. La donna, scambiata per un animale, è stata uccisa per sbaglio durante una battuta di caccia e poi fatta precipitare da una scogliera. Al Jeffersonian, Brennan riceve la visita a sorpresa di Tim "Sully" Sullivan, ex agente dell'FBI con cui aveva avuto una relazione in passato: passano del tempo insieme andando anche a cena, e Sully le fa capire che deve condividere il suo dolore con Booth. L'episodio si chiude con il funerale di Max, a cui partecipano tutti i membri della squadra, e Brennan legge l'elogio funebre, ricordando come il padre abbia dato la propria vita per proteggere i suoi figli e di come sia riuscito, negli anni, a farsi perdonare per averla abbandonata da piccola.

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Un tentativo disperato Titolo originale: The Steel in the Wheels Diretto da: Robert Reed Altman Scritto da: Hilary Weisman Graham e Ted Peterson Trama