L'E3 Prijs Vlaanderen 1999, quarantaduesima edizione della corsa, fu disputato il 27 marzo 1999 per un percorso di 206 km. Fu vinto dal belga Peter Van Petegem, giunto al traguardo con in 4h39'10" alla media di 44,301 km/h, precedendo i connazionali Andrei Tchmil e Frank Vandenbroucke.
Dei 188 ciclisti partiti da Harelbeke furono in 58 a portare a termine la gara.
Ordine d'arrivo (Top 10) CorridoreSquadraTempo1 Peter Van PetegemTVM 4h39'10"2 Andrei TchmilLottos.t.3 Frank VandenbrouckeCofidiss.t.4 Michele BartoliMapeis.t.5 Tom SteelsMapeia 18"6 Lars MichaelsenFDJs.t.7 Michel VanhaeckeTönissteiners.t.8 Gabriele BalducciNavigares.t.9 Bert DietzNürnbergers.t.10 Juris SilovsHome-J&Js.t.
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Categoria:Ciclismo nel 1999 1999