Milita nei della Philippine Basketball Association (PBA). È noto anche con il soprannome di "The Kraken" per la sua straordinaria stazza e abilità nel confronto con i lunghi avversari.

Nato a Compostela, si trasferì con i genitori in giovane età a Pinamungajan, dove trascorse gran parte dell’infanzia e dell’adolescenza. Giocò nel ruolo di centro per gli University of Cebu Webmasters nella CESAFI e per i nella ASEAN Basketball League prima di essere scelto con la prima selezione assoluta al PBA Draft 2012 dai . Nonostante la giovane età, Fajardo mostrò fin da subito un grande potenziale e fu definito dagli analisti sportivi locali come il futuro della pallacanestro filippina. Durante la sua stagione da rookie giocò anche con la nazionale, conquistando la medaglia d’argento al Campionato asiatico FIBA 2013 con la Gilas Pilipinas. Nel suo primo anno nella PBA fu inserito nell’All-Rookie Team e nel Second Mythical Team.

Successivamente divenne il primo giocatore nella storia della lega a vincere il premio di Most Valuable Player della PBA per sei stagioni consecutive, dal 2014 al 2019. Dopo aver subito un grave infortunio nel 2020 che mise a rischio la sua carriera, tornò a dominare la lega vincendo altri tre MVP consecutivi tra il 2023 e il 2025, portando a nove il suo record di premi di MVP della PBA.

È inoltre membro fisso della Gilas Pilipinas nelle competizioni internazionali dal 2013.

Carriera professionistica

(2012–presente)

Anno da rookie (2012–2013)

Debuttò nel basket professionistico nella PBA Philippine Cup 2012-2013 in una sconfitta per 102–86 contro i Rain or Shine Elasto Painters, partita nella quale concluse con nove punti e 13 rimbalzi realizzando solo 5 dei suoi 11 tiri liberi.Fajardo, Abueva top 2012 PBA draft 19 agosto 2012, consultato il 20 agosto 2012

Fajardo ebbe difficoltà nelle prime due conference della sua stagione da rookie, ma migliorò notevolmente nella terza. Nelle semifinali della PBA Governors' Cup 2013 contro i Rain or Shine, segnò 26 punti in gara 2 riuscendo a tenere testa ai lunghi avversari Beau Belga e J.R. Quiñahan. Il Petron sconfisse poi gli Elasto Painters per 3–1.

Fece il suo debutto nelle PBA Finals contro i San Mig Super Coffee Mixers nelle PBA Governors' Cup Finals 2013. In gara 4 Fajardo realizzò 20 punti e 26 rimbalzi nella sconfitta per 88–86, diventando il primo giocatore locale a registrare una partita da 20 punti e 20 rimbalzi dai tempi di Eric Menk. I Boosters persero infine la serie in sette partite.

Fajardo terminò al secondo posto nelle votazioni per il premio di Rookie of the Year, vinto dalla seconda scelta assoluta Calvin Abueva. Fu inoltre inserito nel Mythical Second Team insieme al compagno di squadra Alex Cabagnot, Sonny Thoss, Cyrus Baguio e Marc Pingris. Seconda stagione (2013–2014)

Come previsto da molti, Fajardo migliorò sensibilmente all'inizio della PBA Philippine Cup 2013-2014. Fece registrare medie di 16,3 punti, 14,9 rimbalzi e 2,5 stoppate, vincendo il suo primo premio di Best Player of the Conference.

Quando la franchigia Petron tornò al nome di , Fajardo cambiò il numero di maglia da 22 a 15. I Beermen furono eliminati nei quarti di finale della Commissioner's Cup dopo aver perso contro Air21 nonostante il vantaggio del twice-to-beat.

Nella terza conference Fajardo fu protagonista assoluto. Segnò 26 punti e catturò 27 rimbalzi, registrando la sua terza partita in carriera da 20 punti e 20 rimbalzi e arrivando a due rimbalzi dal record della lega. Guidò la corsa al premio di Best Player of the Conference con medie di 21,8 punti, 16 rimbalzi, 1,4 assist e 1,4 stoppate, ma la sua squadra fu eliminata nei quarti di finale dai futuri campioni dei San Mig Super Coffee. Di conseguenza Fajardo perse il premio di BPC a favore di Ranidel de Ocampo.

Nonostante il limitato successo di squadra nella stagione da sophomore, Fajardo ottenne numerosi riconoscimenti ai Leo Awards di fine stagione. Fu nominato Most Improved Player della PBA 2014 e venne selezionato per la prima volta nell'All-Defensive Team e nel Mythical First Team. Alla sua seconda stagione nella lega fu inoltre nominato MVP della PBA 2014.

Stagione 2014–2015 Dopo aver conquistato il suo primo premio di MVP della PBA, Fajardo dominò la PBA Philippine Cup 2014-2015 con medie di 17,8 punti, 12,3 rimbalzi e 2,0 stoppate, includendo una prestazione da 36 punti e 17 rimbalzi nella vittoria contro i Columbian Dyip.

Vinse il suo secondo premio consecutivo di Best Player of the Conference nella Philippine Cup. I conclusero la stagione regolare con un record di 9–2, a pari merito con i Rain or Shine Elasto Painters per il primo posto, ottenendo così il pass diretto per le semifinali. In semifinale superarono TNT con un netto 4–0 prima di battere gli Alaska in sette partite e conquistare il suo primo titolo PBA.

Dominò ancora nella terza conference, la PBA Governors' Cup 2015, vincendo il suo secondo premio stagionale di Best Player of the Conference e il primo in una conference con giocatori stranieri, con medie di 15,6 punti, 12,8 rimbalzi e 1,4 stoppate. I Beermen, secondi classificati nella stagione regolare, sconfissero Rain or Shine in cinque partite in semifinale prima di imporsi sugli Alaska con uno sweep nelle Finals, conquistando la Governors Cup e il 21º titolo nella storia della franchigia. Fajardo vinse anche il suo primo premio di Finals MVP insieme al suo secondo titolo con i .

A fine stagione conquistò il suo secondo premio consecutivo di MVP della PBA e il premio di Defensive Player of the Year, oltre alla selezione nel Mythical First Team e nell'All-Defensive Team e al suo primo Samboy Lim Sportsmanship Award.

Stagione 2015–2016 Fajardo continuò il suo dominio anche nella stagione successiva dopo aver conquistato i suoi primi due titoli. Ottenne un altro premio di Best Player of the Conference nella PBA Philippine Cup 2015-2016, dove fece registrare medie di 23,1 punti, 14,4 rimbalzi, 1,8 stoppate e 1,6 assist durante la fase eliminatoria, includendo anche il massimo in carriera di 43 punti nella sconfitta contro Alaska. Fajardo contribuì a far terminare la fase eliminatoria ai al secondo posto con un record di 9–2.

Nella vittoria decisiva di gara 6 delle semifinali contro i Rain or Shine, Fajardo subì un infortunio al ginocchio sinistro con sette minuti ancora da giocare nel terzo quarto durante un rimbalzo contro Jireh Ibanes. In sua assenza diversi giocatori, inclusi quelli della panchina, riuscirono a farsi avanti e a ottenere una rimonta clamorosa in gara 4 delle Finals contro gli Alaska dopo essere stati sotto 0–3 nella serie. Fajardo tornò sorprendentemente in gara 5, contribuendo con 13 punti e 4 rimbalzi in soli 16 minuti di gioco. Con il suo contributo, seppur limitato, i Beermen portarono la serie a gara 7. San Miguel completò la rimonta vincendo gara 7: Fajardo giocò 29 minuti segnando 21 punti e catturando 15 rimbalzi, migliori della squadra. I Beermen fecero così la storia diventando la prima squadra di basket professionistico al mondo a rimontare da uno svantaggio di 0–3 in una serie, evento soprannominato il BEERacle. Fajardo definì poi il suo infortunio una “benedizione sotto mentite spoglie”.

Fajardo vinse il suo terzo premio di Most Valuable Player della PBA, eguagliando il record della leggenda della lega Bogs Adornado. Fu il primo giocatore a vincere il premio per tre stagioni consecutive. Fu inoltre inserito nel Mythical First Team e ricevette il suo secondo Sportsmanship Award.

Stagione 2016–2017

Nella PBA Philippine Cup 2016-2017 Fajardo fu il perno di una campagna quasi perfetta nella fase eliminatoria, aiutando i campioni in carica a ottenere la prima testa di serie con un record di 10–1. Fece registrare medie di 19,9 punti, 16 rimbalzi (miglior dato della lega) e 1,8 stoppate a partita, conquistando il suo quinto premio complessivo di Best Player of the Conference e il terzo consecutivo nella conference di apertura della stagione. Con questo risultato eguagliò l’ex compagno di squadra e mentore Danny Ildefonso come unici giocatori nella storia della PBA con cinque premi BPC.

In semifinale i superarono i rivali dei TNT in sette partite prima di sconfiggere la squadra “sorella” dei Barangay Ginebra in cinque gare conquistando il loro terzo titolo consecutivo della Philippine Cup. Nella gara decisiva Fajardo segnò 21 punti insieme all’ex MVP Arwind Santos.

Con l’aiuto del Best Import Charles Rhodes e del Best Player of the Conference Chris Ross, Fajardo contribuì a portare i Beermen alla seconda testa di serie e successivamente alla vittoria del PBA Commissioner's Cup 2017, conquistato dopo aver battuto i TNT in sei partite. Fajardo fu determinante nelle semifinali contro gli Star Hotshots, dove affrontò l’import Ricardo Ratliffe. Ratliffe definì Fajardo “il miglior giocatore contro cui abbia mai giocato in Asia” dopo la serie vinta dai Beermen per 3–1.

Dopo aver conquistato i primi due titoli stagionali, il San Miguel ebbe l’opportunità di realizzare il secondo Grand Slam della propria storia, impresa riuscita l’ultima volta nel 1989. All’inizio della PBA Governors' Cup 2017, nella vittoria contro i TNT in cui segnò 27 punti e catturò 6 rimbalzi, Fajardo subì uno stiramento al polpaccio che lo costrinse a saltare diverse partite e a rinunciare anche alla convocazione con la nazionale per la FIBA Asia Cup. Nonostante l’infortunio guidò comunque la classifica del Best Player of the Conference con medie di 18,5 punti, 10,6 rimbalzi, 1,7 assist e 2 stoppate.

A causa di problemi con l’import, i Beermen terminarono la fase eliminatoria solo al sesto posto dopo una sconfitta per 101–104 contro i Meralco Bolts nell’ultima partita, trovandosi con lo svantaggio del twice-to-win nei quarti di finale contro i futuri campioni del Barangay Ginebra, che pose fine al sogno del Grand Slam. Con la squadra fuori dalla corsa al titolo, Fajardo perse il premio BPC a favore del rivale Greg Slaughter nonostante fosse leader nelle statistiche.

Grazie al suo dominio durante la stagione, Fajardo conquistò il suo quarto premio di MVP della PBA, eguagliando i grandi della storia Ramon Fernandez e Alvin Patrimonio con quattro premi. Fu il giocatore più rapido a raggiungere il quarto MVP e l’unico a vincerlo per quattro stagioni consecutive. Fu inoltre selezionato nel Mythical First Team e nell’All-Defensive Team.

Stagione 2017–2018 Fajardo rimase dominante nella PBA Philippine Cup 2017-2018, con medie di 22,8 punti (miglior dato della lega), 13,3 rimbalzi, 1,8 assist e 2,1 stoppate, guidando ancora una volta i Beermen al primo posto. Stabilì nuovi record estendendo a quattro stagioni consecutive il suo regno come Best Player of the Conference della Philippine Cup, il suo sesto complessivo, il massimo nella storia della lega.

I si vendicarono della dolorosa sconfitta subita contro i Barangay Ginebra nella conference precedente, che aveva interrotto il loro tentativo di Grand Slam, eliminandoli con un gentleman sweep in semifinale. Nella partita decisiva delle Finals contro i Magnolia, Fajardo trascinò i Beermen a uno storico quarto titolo consecutivo della PBA Philippine Cup segnando 42 punti e catturando 20 rimbalzi, record personale nei playoff, rimontando uno svantaggio di 23 punti in gara 5. Fu nominato Finals MVP con medie di 24,4 punti e 16,2 rimbalzi.

Continuando la sua grande stagione, vinse il suo settimo premio di Best Player of the Conference nella PBA Commissioner's Cup 2018 con medie di 19,6 punti, 11,4 rimbalzi e 1,6 assist. Nonostante il sesto posto al termine della fase eliminatoria, i campioni in carica raggiunsero le Finals con l’aiuto dell’import Renaldo Balkman affrontando i Barangay Ginebra. I Gin Kings riuscirono però a detronizzare i San Miguel in sei partite grazie all’import Justin Brownlee. Fu la prima sconfitta nelle Finals per i Beermen sotto la guida dell’allenatore Leo Austria.