Gran parte della storia degli ebrei nei Paesi Bassi è compresa tra la fine del XVI secolo e la seconda guerra mondiale.
L'area oggi nota col nome di Paesi Bassi era un tempo parte dell'Impero spagnolo ma nel 1581, le province olandesi del nord dichiararono la loro indipendenza. Uno dei motivi principali fu la volontà di aderire al protestantesimo che gli spagnoli proibivano con ogni mezzo e pertanto la tolleranza religiosa fu effettivamente un elemento costituzionale importante nel nuovo stato proclamatosi indipendente. Questo inevitabilmente attrasse l'attenzione degli ebrei che erano oppressi a livello religioso in molte parti del mondo.
Storia I primi anni I primi ebrei giunsero nei Paesi Bassi nella zona dell'attuale Belgio già all'epoca della conquista romana. Poco si sa di questi primi insediamenti, oltre al fatto che non erano particolarmente numerosi. Per qualche tempo, la presenza ebrea nell'area consisteva di poche famiglie sparute. Una presenza documentata risale al XII secolo dove però si precisa come nei secoli precedenti anche nell'area gli ebrei fossero stati perseguitati ed espulsi. I registri del XII-XIII secolo riportano dibattiti e dispute tra cristiani ed ebrei anche nell'area dei Paesi Bassi, e la presenza quindi di una comunità sempre crescente, in particolare a seguito dell'espulsione degli stessi dalla Francia nel 1321 e la persecuzione nelle province dell'Hainaut e del Reno. La presenza dei primi ebrei in Gheldria risale al 1325. Gli ebrei si insediarono a Nimega, poi a Doesburg, a Zutphen ed infine ad Arnhem nel 1404. Nel XIII secolo si erano già insediati nel Brabante e nel Limburgo e in altre città come Bruxelles, Lovanio, Tienen e Maastricht. Fonti del XIV secolo riportano la presenza di ebrei anche nelle città di Anversa e Malines e nella regione della Gheldria settentrionale.
Tra il 1347 e il 1351, l'Europa conobbe la piaga della Peste Nera e questo portò inevitabilmente ad una ripresa della retorica antisemita medievale. Gli ebrei vennero ritenuti responsabili dello scoppio del morbo e della sua rapidità di diffusione tramite l'avvelenamento delle acque nei pozzi utilizzati dai cristiani. Varie cronache medievali ad esempio riportano ad esempio lo scritto di Rodolfo de Rivo (c. 1403) di Tongeren, che riportò come gli ebrei della regione fossero stati uccisi come pure nella città di Zwolle perché erano accusati di essere degli untori. L'accusa andò ad aggiungersi al fatto ordinario di essere degli ebrei, oltre ad altre accuse (reali o supposte) come l'aver rubato delle ostie da una pisside per farne dei riti magici o di utilizzare i figli dei cristiani per dei sacrifici. Per questa ragione le locali comunità ebraiche vennero quasi completamente sterminate o esiliate. Nel maggio del 1370, sei ebrei vennero bruciati al rogo nella città di Bruxelles perché accusati di aver rubato oggetti sacri.
Oltre a queste misure drastiche, tracce di abusi ed insulti a danni di ebrei si ritrovano anche in altre città come Zutphen, Deventer e Utrecht nel medesimo periodo. Delle rivolte locali massacrarono la maggior parte degli ebrei della regione ed i sopravvissuti vennero espulsi. Nel 1349 il duca di Gheldria venne autorizzato dall'imperatore Ludovico IV del Sacro Romano Impero a ricevere degli ebrei nel suo ducato dove sarebbero stati protetti dalla legge se avessero pagato regolarmente le tasse. Ad Arnhem, dove è menzionata la presenza di un medico ebreo, il magistrato locale si trovò a doverlo difendere dagli abitanti del posto. Quando gli ebrei si insediarono nella diocesi di Utrecht non è noto alle cronache, ma i primi registri rabbinici rimandano le prime riunioni locali all'epoca dei romani. Nel 1444, gli ebrei vennero espulsi dalla città di Utrecht e venne loro negato l'accesso in città sino al 1789. Vennero invece tollerati nel villaggio di Maarssen, a sole due ore di distanza, anche se la loro condizione non poteva ad ogni modo dirsi fortunata. La comunità di Maarssen fu ad ogni modo una delle più importanti e fiorenti dei Paesi Bassi. Gli ebrei vennero ammessi in Zelanda dal duca Alberto di Baviera.
Nel 1477, col matrimonio di Maria di Borgogna con l'arciduca Massimiliano, figlio dell'imperatore Federico III, i Paesi Bassi entrarono tra i possedimenti della corona d'Austria e quindi dell'Impero spagnolo. Nel XVI secolo, con le persecuzioni di Carlo V e Filippo II di Spagna, i Paesi Bassi vennero coinvolti in una serie di lotte disperate ed eroiche per l'egemonia. Nel 1522, Carlo V emise un proclama in Gheldria e ad Utrecht contro il lassismo di certi cristiani e contro gli ebrei non battezzati; tale editto venne riproposto nuovamente nel 1545 e nel 1549 col crescere dei protestanti nell'area. Nel 1571 il duca d'Alba notificò alle autorità di Arnhem che tutti gli ebrei che vivevano in città dovessero essere tenuti in custodia sino a nuove disposizioni. Su richiesta degli olandesi, l'arciduca Mattia riportò la pace in gran parte delle province locali, grazie all'art. 13 dell'Unione di Utrecht del 1579. Nel 1581, i deputati delle Province Unite dichiararono l'indipendenza con l'Atto di abiura che depose Filippo da loro sovrano. Come conseguenza di questi due eventi, gli ebrei perseguitati in Spagna e Portogallo si riversarono per la maggior parte nella Repubblica olandese dove trovarono rifugio.
I sefarditi Col termine di sefarditi o ebrei sefarditi, si indicano quegli ebrei originari di Spagna e Portogallo espulsi o costretti forzosamente a convertirsi al cattolicesimo alla fine del XV secolo. Molti rimasero nella penisola iberica convertendosi alla nuova religione in pubblico e praticando il giudaismo in segreto (si vedano a tal proposito le voci anusim, cripto-ebrei o marrani). Ad ogni modo, la nuova Repubblica olandese offriva condizioni di vita più favorevoli per gli ebrei osservanti che potevano ivi praticare la loro religione apertamente. Molti dunque migrarono in massa ad Amsterdam, stabilendovisi con le loro famiglie e portando con sé le loro esperienze commerciali e le loro conoscenze finanziarie e commerciali. In particolare furono gli ebrei portoghesi a portare nei Paesi Bassi i metodi di costruzione di nuove navi che consentirono ai Paesi Bassi di emergere come potenza coloniale in competizione ad esempio con gli imperi coloniali iberici.
Dopo essere stati rifiutati a Middelburg e a Haarlem, gli anusim giunsero ad Amsterdam nel 1593. Tra di loro vi erano molti mercanti e persone con grandi capacità commerciali che lavorarono assiduamente per far prosperare il paese. Divennero degli strenui sostenitori della casa di Orange e vennero in cambio protetti dagli statolder. Nel corso della Tregua dei dodici anni il commercio della Repubblica olandese incrementò notevolmente, in particolare ad Amsterdam dove i marranos avevano spostato tutti i loro beni e dove avevano costituito le basi per le loro operazioni e relazioni commerciali con l'estero, tra cui il mantenimento dei contatti commerciali con il Levante e con il Marocco. Il re del Marocco aveva un proprio ambasciatore all'Aia di nome Samuel Pallache, attraverso la mediazione del quale, nel 1620, gli ebrei olandesi poterono concludere i primi contratti commerciali con gli stati barbareschi.
Il commercio dell'Olanda con gli stati spagnoli del Sudamerica venne gestito in particolare tramite gli ebrei spagnoli. Questi contribuirono anche alla fondazione della Compagnia olandese delle Indie occidentali nel 1621 e molti di loro sedettero nel suo direttorio. L'ambizioso schema degli olandesi per la conquista del Brasile venne condotto personalmente da Francisco Ribeiro, un capitano portoghese che aveva dei legami con gli ebrei in Olanda. Alcuni anni dopo gli olandesi in Brasile richiedevano più manodopera e pertanto molti furono gli ebrei olandesi che emigrarono in Sudamerica per tale scopo. Nel 1642 circa 600 ebrei lasciarono Amsterdam, accompagnati da Isaac Aboab da Fonseca e da Moses Raphael de Aguilar. Gli ebrei olandesi supportarono largamente la Repubblica olandese nella sua lotta contro il Portogallo per il possesso del Brasile, ma dopo la loro sconfitta trovarono rifugio in altri possedimenti olandesi come ad esempio sull'isola di Curaçao nei Caraibi o a New Amsterdam (odierna Manhattan, New York).
Gli ebrei sefarditi olandesi inoltre intesserono relazioni commerciali anche con altri paesi in Europa, e già dall'inizio del XVII secolo, un gran numero di loro migrò dall'Olanda nella regione del basso Elba.Jonathan I. Israel, European Jewry in the Age of Mercantilism 1550–1750, p.92 In una lettera datata 25 novembre 1622, re Cristiano IV di Danimarca invitava gli ebrei di Amsterdam ad insediarsi a Glückstadt dove, tra gli altri privilegi, avrebbero ottenuto il permesso di esercitare liberamente la loro religione.
Oltre ai mercanti, tra gli ebrei olandesi si trovavano diversi medici come Samuel Abravanel, David Nieto, Elijah Montalto, e la famiglia Bueno, dei quali Joseph Bueno venne chiamato come consultore durante la malattia del principe Maurizio nell'aprile del 1623. Gli ebrei vennero ammessi come studenti all'università dove si applicarono perlopiù nei campi della medicina e delle scienze, ma non venne loro permessi di laurearsi in legge né di occupare cattedre universitarie. La stessa città di Amsterdam nel 1632 li escluse inoltre con una risoluzione dalla presenza nelle gilde commerciali della città. Vennero fatte ad ogni modo delle eccezioni particolari nel caso in cui la loro professione fosse in diretta relazione con la religione da loro praticata: stampatori, venditori di libri, macellai, droghieri, banchieri, ecc. Al 1655 risale la prima raffineria di zucchero della città di proprietà di un ebreo. Alcune figure chiave dell'ebraismo sefardita nell'area furono ad esempio in quest'epoca Menasseh Ben Israel, il quale fu corrispondente con diversi capi cristiani ed aiutò a promuovere il reinsediamento degli ebrei in Inghilterra; un altro fu Benedictus de Spinoza (Baruch Spinoza), che venne scomunicato dalla comunità ebraica locale nel 1656 dopo aver parlato pubblicamente della sua idea di Dio nella sua opera più famosa Etica.
Aschenaziti Molti ebrei tedeschi vennero attratti dalle province olandesi così tolleranti, in particolare dopo la seconda metà del XVII secolo. A differenza dei più acculturati marrani, molti di questi risiedevano nei ghetti per sfuggire alle persecuzioni, ed in particolare alle violenze della Guerra dei Trent'anni (1618–1648) in altre parti del nord Europa, e alle espulsioni che localmente li colpirono dopo la Rivolta di Chmel'nyc'kyj del 1648 in Polonia. Dal momento che molti di questi immigrati erano poveri, ovviamente vennero accolti meno volentieri in Olanda. Il loro arrivo minacciava infatti lo status economico di Amsterdam e molti di loro vi rimasero per breve tempo, salvo alcune eccezioni. Si insediarono invece più volentieri nelle aree rurali come colportori o venditori ambulanti. Questo portò alla fondazione di diverse comunità ebraiche anche nelle province olandesi.