La Giunta di Stato venne istituita il 15 giugno 1799 dal cardinale Fabrizio Ruffo, subito dopo la caduta della Repubblica Napoletana per opera dell'esercito sanfedista, al fine di scoprire e giudicare i rei di lesa maestà.
La storia La Giunta di Stato del 1799 riprendeva sotto diversi aspetti un precedente organo giudiziario, la Suprema Giunta di Stato, istituito nel marzo del 1794 al fine di reprimere le attività della Società Patriottica Napoletana di ispirazione giacobina.
La Giunta di Stato fu composta dal marchese Gregorio Bisogni, già caporuota della Real Camera di Santa Chiara, dai consiglieri Matteo Fragola come fiscale, Bernardo Navarro, Antonio della Rossa (o La Rossa), Angelo Di Fiore, il giudice della Gran Corte della Vicaria Carlo Pedicini come segretarioDomenico Sacchinelli, Memorie storiche sulla vita del cardinale Fabrizio Ruffo; con osservazioni sulle opere di Vincenzo Cuoco, di Carlo Botta e di Pietro Colletta, Napoli,C. Cataneo, 1836, p.233..
Il successivo 19 giugno 1799 il cardinale Ruffo concordò un armistizio di tre giorni fra il rappresentante del Governo provvisorio repubblicano Gabriele Manthoné e la Commissione esecutivaValentino Sani, 1799, Napoli: la rivoluzione, Venosa, Osanna, 1999, p. 58. ISBN 88-8167-202-2. Una immunità che si rivelerà presto l'inizio di un disastroso capovolgimento, poiché qualche mese dopo per oltre cento repubblicani sarà assunto lo status di criminali politiciJose Mottola, Giuseppe Albanese libero muratore e martire della Repubblica napoletana del 1799; prefazione di Pietro Sisto, Manduria, Lacaita, 1999., pagando con la vita la loro appartenenza politica.
Quindi, il 9 luglio, il re Ferdinando formò la Giunta di Buon Governo che diede luogo a una seconda Giunta, incaricata il 21 luglio, composta da: presidente: Felice Damiani da Palermo - già avvocato fiscale della Gran Corte e maestro razionale del Real Patrimonio del Regno di Sicilia nel 1795Francesco Maria Emanuele e Gaetani marchese di Villabianca, Opuscoli del marchese di Villabianca (o Diari palermitani), vol. XVII.Vincenzo Castelli di Torremuzza, Fasti di Sicilia, Vol. 2, Messina, presso Giuseppe Pappalardo, 1820, p.484., noto per avere redatto il processo contro l'avvocato palermitano Francesco Paolo Di Blasi, promotore di una congiura giacobina, poi giustiziato il 28 maggio dello stesso annoCfr. Giovanni De Paoli, L'azione cospirativa dei massoni palermitani nel 1795 ed il processo contro Francesco Paolo di Blasi, in «Rivista Massonica», cit., vol. LIX-III n.s., n. 9, settembre 1968.; avvocato fiscale: il barone abruzzese Giuseppe Guidobaldi o de' Guidobaldi (Nereto, 1744 - Teramo, 1814), già avvocato dei poveri della G.C. della Vicarìa (1795), consigliere della Suprema Regia Corte, direttore generale di Polizia (1798), assessore del Vicario generale del Regno Francesco Pignatelli di Laino, presidente della Vicarìa (luglio 1799); cinque giudici: di cui uno era Antonio Della Rossa (Sant'Arpino, 1748 - Napoli, 1817), neo presidente del Tribunale di Polizia e direttore generale di PoliziaMarco Corcione, Michele Dulvi Corcione, Antonio Della Rossa: note per una ricostruzione biografica, S. Arpino, Istituto di studi atellani, 2000.. E quattro aventi funzione di consiglieri: Angelo Fiore o Di Fiore, presente già nella precedente giunta nominata il 15 giugno; il siciliano Gaetano Sambuti o Sambuto o Sammuto; Vincenzo Speciale (1760-1813) da Burgio, giudice della Corte pretorianaAlfonso Sansone, Gli avvenimenti del 1799 nelle Due Sicilie: nuovi documenti, Palermo, casa ed. Era Nova, 1901, p.LXXX., uomo di fiducia del generale J. F. Acton, il membro più attivo e temuto - descritto come il più spietato e sanguinario tra gli inquisitori ne Il consiglio d'Egitto di Sciascia -, autore della strage dei primi cospiratori nell'isola di Procida ancor prima della caduta della RepubblicaMariano D'Ayala, Calendario politico di cittadini e fatti memorabili in Italia dal 1794 al 1866: strenna del capo d'anno, 1867, p.42., poi incaricato caporuota del Sacro Real Consiglio (1801); il giudice della Vicaria Salvatore Di Giovanni con funzioni di segretario; due consiglieri: Gaspare Vanvitelli e Girolamo Moles difensori dei rei; procuratore: Alessandro Nava nella qualità di procuratore dei rei.
Una terza Giunta, nel 1802, sarà composta da: caporuota Girolamo Mascaro, ultimo marchese di Acerno per acquisto sub hasta Regiae Camerae (1781), patrizio della città di Salerno, avvocato della Corona, presidente della Regia Camera della Sommaria; caporuota Michelangelo Cianciulli, giudice (1789), avvocato fiscale del Real Patrimonio (1791), caporuota della Suprema Corte (1798), consigliere della Real Camera (1798), avvocato della Corona (1800), avvocato della Corona (1800); commissario della Giunta del Monte Frumentario (1802), capo della seconda ruota della Suprema Regia Corte (1802); caporuota Giuseppe Giaquinto, consigliere della Real Camera (1802) direttore Antonio Della Rossa, direttore generale della Polizia.
Unitamente alla Giunta di Stato, fu costituita una Giunta dei Generali, voluta dall'ammiraglio Horatio Nelson e composta prevalentemente da generali tedeschi passati alle dipendenze di Ferdinando, con la funzione di giudicare la condotta dei disertori del Regno fra gli ufficiali di terra e di mare, come i casi di Salvatore Saint Caprais, Giovan Battista de Simone, Raffaele de Montemayor, Luigi de la Grenelais, Andrea Mazzitelli, condannati a morte Colletta cita pure Emmanuele Borgia, che altrove si trova attestato vivo nel 1812. Cfr. Le marine italiane di Napoleone: la marina napoletana di Murat: 1806-1815 di Virgilio Ilari, Piero Crociani, Giancarlo Boeri, Milano, Acies edizioni, 2016..
Il ruolo della Giunta Tra i compiti che la Giunta doveva rispettare c'era il mantenimento di due registri: Coscrizione de' patrioti napoletani che hanno giurato nella Sala patriotica di vivere liberi o morire, nel quale avevano registrato 416 « scellerati », e l'altro contenente l'Elenco di 471 individui della società civile,p.129..
Il 29 luglio Ferdinando IV revocherà al cardinale Ruffo il titolo di Vicario Generale del RegnoV. Sani, 1799, Napoli: la rivoluzione, cit., p.196.. Allo stesso tempo, il capitano Francesco Maria Statella e Napoli (1741-1820), VIII principe di Cassaro, verrà nominato alla guida della Giunta di Buon Governo napoletana, il 25 ottobre 1799, in qualità di Luogotenente Generale del Regno di Napoli, con il preciso indirizzo di governo di smantellare le società regaliste con l'abolizione di insegne e distintiviAnna Lisa Sannino, L'altro 1799: cultura antidemocratica e pratica politica controrivoluzionaria nel tardo Settecento napoletano, Napoli, Edizioni scientifiche italiane, 2002, pp.151-152.
Con la prima restaurazione borbonica, la Suprema Giunta di Stato avrà a disposizione un elenco ufficiale a stampa degli esiliati in Francia, a Marsiglia, di tutte le Filiazioni de' rei di Stato. Condannati dalla Suprema Giunta di Stato, e da' Visitatori Generali in vita, e a tempo ad essere asportati da' Reali Dominj (Napoli, Stamperia Reale, 1800)Il volume, che include descrizioni somatiche e fisiche, rapporti parentali, compresi nobili e uomini di Chiesa, è consultabile on line.: compresi coloro che erano stati stanati dalle divisioni di Terre di lavoro, del Principato Citra e Principato Ultra di Montefusco, dall'attiva provincia di Basilicata.
Furono puniti coloro che "avendo servito il Re, come il Caracciolo, Moliterno, Roccaromana, Federici, ecc. si trovavano con le armi alla mano combattendo contro di lui"A. Dumas, I Borboni di Napoli: questa istoria, pubblicata pe' soli lettori dell'Indipendente, è stata scritta su documenti nuovi, inediti e sconosciuti, scoperti dall'autore negli archivi segreti della polizia, Napoli, L'Indipendente, vol. 3, 1862, p.348., si erano resi rei di tradimento come nel caso di Pagano, Pimentel, Pignatelli, Cirillo, ecc., meritando anche la pena capitale, tanto sostenuta dalla regina Maria Carolina; e in tutti gli altri casi "esportandoli" all'estero, "o in America, o le difficoltà e spese essendo sovrerchie, in Francia, luogo di loro piacer, ma con l’obbligo e giudizio fatto e sottoscritto di non tornare in Regno".
Esecuzione di avversari politici Le maggiori responsabilità della Giunta di Stato riccaddero sul giudice siciliano Vincenzo Speciale: nei ventidue mesi di potere della Giunta, Speciale pare fece arrestare circa 32.000 individui, secondo CognettiBiagio Cognetti, La storia d'Italia sacra civile e letteraria dal nascimento di Gesù Cristo fino al 1870, Napoli, Stab. tip. Pansini, 1875-1876, vol.2, p.633. non supportato da alcuna fonte, sottoposti all'esilio forzato o reclusi in carcere, altri condannati al patibolo.
Secondo SaniValentino Sani, 1799, Napoli: la rivoluzione, cit. p. 199., dopo l'esecuzione di Francesco Caracciolo (portata a termine il 30 giugno 1799), la Giunta fece arrestare con l'inganno dell'indulto tutti i rivoluzionari, reintrocendo la pratica della tortura, allestendo processi-farsa che escludessero qualsiasi atto di appello da parte degli imputati.
Fra i 25 membri della Rappresentanza nazionale, nominati per decreto del 23 gennaio del 1799 dal generale Championnet, vennero perseguiti i cittadini da lui stesso scelti (tra parentesi la trascrizione dei cognomi come da proclamaRepubblica Napoletana, Championnet Generale in capo dell'Armata di Napoli: Ordina, Il Repubblicano Piemontese, n. 19, 13 febbraio 1799 (25 Piovoso Anno VII Repubblicano), p. 106., riportati il più delle volte errati; e il giorno dell'esecuzione capitale, ordinata dalla Giunta): Raimondo di Gennaro, Nicola Fasulo (il 29 agosto), Ignazio Ciaia (Ciaja) (il 29 ottobre), Carlo Lauberg (Laubert, Lambert), Melchiorre Delfico (in esilio), Girolamo Pignatelli ex principe di Moliterno ed ex Duca (Moliterno), Domenico Bisceglia (il 28 novembre), Mario Pagano, Giuseppe Abbamonte (Abbamonti) (ergastolo), Domenico Cirillo, Domenico Forges Davanzati, Vincenzo Porta, Raffaele Doria (il 7 dicembre), Gabriele Manthoné (Mandoné), Giovanni Riario, Cesare Paribelli, Giuseppe Albanese (il 28 novembre), Pasquale Bassi, Francesco Pepe, Prosdocimo Rotondo (il 30 settembre).
Secondo il commento dello storico Giovanni La CeciliaGiovanni La Cecilia, Storie segrete delle famiglie reali o Misteri della vita intima dei Borboni di Francia, di Spagna, di Napoli e Sicilia, e della famiglia Asburgo-Lorena d'Austria e di Toscana, Palermo, presso S. Di Marzo, poi Genova, a spese degli editori, 1859-1862, vol.2, p.497., subirono processi sommari perfino "gli eletti della città, nobili tutti e con le primarie famiglie del regno congiunti pei legami del sangue," [accusati] "di usurpato impero, disobbedienza al vicario del re Pignatelli, di aver inaugurato un nuovo governo sul decadimento della monarchia e della casa dei Borboni ed impedito il popolo nella difesa della città".
Tra gli uomini di Chiesa che persero la vita si ricorda il vescovo di Vico mons. Michele Natale (giustiziato il 20 agosto), il sacerdote Don Nicola Palomba, Commissario generale del dipartimento del Bradano, e diversi altri ecclesiastici, mentre tra i nobili, il principe di Aliano Giuliano Colonna (il 20 agosto), Gennaro Serra dei duchi di Cassano (il 20 agosto), il duca di Andria don Ettore Carafa (il 4 settembre), il marchese di Corleto don Giuseppe Riario Sforza (22 ottobre) e due Pignatelli dei principi di Strongoli (il 30 settembre).