Oltre a svolgere i suoi doveri pastorali, accompagnò spesso le delegazioni della Conferenza episcopale per sostenere e incoraggiare le vittime delle alluvioni in molte aree del paese. Come vescovo di Thanh Hóa, implementò programmi volti a portare benefici alle comunità come la creazione dell'Associazione dei medici del Samaritano con lo scopo di supportare i malati, le persone con disabilità e i poveri nella diocesi; l'erogazione di borse di studio a studenti svantaggiati; l'apertura di dispensari medici gratuiti; l'istituzione di progetti volti a sviluppare le possibilità economiche delle donne povere e alcuni piani di sviluppo agricolo, come la costruzione stazioni di pompaggio e di strade asfaltate nei villaggi. Invitò inoltre regolarmente le persone a sostenere le vittime delle inondazioni, i bisognosi e a visitare i lebbrosari e le case per i disabili nella diocesi. Inoltre, espresse solidarietà alle persone colpite da HIV/AIDS e si batté per la protezione della vita fetale. In seno alla Conferenza episcopale fu presidente della commissione per i laici (2004-2007), vicepresidente della Conferenza (2010-2013) e presidente del comitato per la pastorale dei migranti (2013-2016).
Biografia Origini e primi anni di formazione Joseph Nguyễn Chí Linh nacque nella parrocchia di Ba Làng, nel comune di Hải Thanh, del distretto di Tĩnh Gia, oggi divenuto quartiere della città-distretto di Nghi Sơn della provincia di Thanh Hóa, il 22 novembre 1949. In seguito con la sua famiglia, che aveva una lunga tradizione di fedeltà al cattolicesimo, emigrò nel Vietnam del Sud. I suoi genitori erano Laurent Nguyễn Xuân Hòa (1906-2017) e la signora Marthe Nguyễn Thị Thanh, sposatisi nel 1937. Fu battezzato con il nome di Giuseppe.
Dopo che la sua famiglia emigrò nel sud, studiò alla scuola elementare nella parrocchia di Thanh Hai, a Phan Thiết, dal 1955 al 1962. A causa di molte difficoltà, nel 1964 la sua famiglia decise di trasferirsi a Cam Ranh. Dopo essersi diplomato alla scuola elementare, entrò nel seminario minore di Nha Trang dove rimase fino al 1967, quando si diplomò. Nel giro di un anno i seminaristi si trasferirono a Huế e poi a Da Lat per proseguire gli studi nel locale seminario fino al 1970.
Nel 1972 la famiglia si trasferì nuovamente e si stabilì a Phan Rang-Tháp Chàm. Nel 1975 presero residenza a Thanh Hai. Nel 1970 fu ammesso al seminario "Papa Pio X" di Da Lat e vi rimase fino al 1977, quando l'istituto fu chiuso. Successivamente, a causa delle condizioni politiche che gli impedirono di essere ordinato sacerdote, visse con la sua famiglia nella parrocchia di Song My, Nha Trang, fino al 1992. Lavorò in famiglia e prestò servizio come laico nella locale parrocchia. A causa della sua fede fu anche imprigionato.
Ministero sacerdotale Il 30 dicembre 1992 fu ordinato presbitero per la diocesi di Nha Trang da monsignor Paul Nguyễn Văn Hòa. Dal 1992 al 1995 fu vicario parrocchiale per la parrocchia di Phước Thiện. Nel 1995 fu inviato in Francia per studi. Nel 2003 conseguì il dottorato in filosofia all'Institut catholique di Parigi. Poco dopo tornò in patria e l'8 novembre 2003 entrò in servizio come professore al seminario maggiore di Nha Trang. Nel 2009 ammise di non avere esperienza nella predicazione dei ritiri spirituali perché non aveva mantenuto responsabilità pastorali in parrocchia abbastanza a lungo.
Vescovo di Thanh Hóa Periodo 2004-2008 Il 21 maggio 2004 papa Giovanni Paolo II lo nominò vescovo di Thanh Hóa. Ricevette l'ordinazione episcopale il 4 agosto successivo nella cattedrale dell'Immacolata Concezione a Thanh Hóa dal vescovo di Nha Trang Paul Nguyễn Văn Hòa, co-consacranti il vescovo di Lạng Sơn e Cao Bằng Joseph Ngô Quang Kiệt e quello di Vinh Paul Marie Cao Đình Thuyên. Come motto scelse l'espressione "Ut sit unum". Nello stesso anno, la Conferenza episcopale vietnamita si riunì e lo elesse presidente della commissione per i laici.
Ricordando i primi tempi come vescovo, ammise di essere molto imbarazzato. Disse che geograficamente quella era la sua città natale, ma che non conosceva nessuno ed era confuso quando accettava un compito che non aveva mai sperimentato.
Svolse un ruolo di primo piano nella delegazione cattolica vietnamita che partecipò alla XX giornata mondiale della gioventù tenutasi a Colonia nell'agosto del 2005. La delegazione vietnamita era composta da 16 persone. Vi erano un parroco, due suore, un seminarista e alcuni parrocchiani. La delegazione pianificò di organizzare uno spettacolo culturale, ma incontrò alcune difficoltà e quindi il progetto fu cancellato. Essa collaborò con un certo numero di comunità vietnamite residenti all'estero. Quando gli fu chiesto se si fosse incontrato con papa Benedetto XVI, monsignor Nguyễn disse che aveva chiesto alle autorità tedesche di organizzare l'incontro, ma non si aspettava molto, perché il papa non poteva soddisfare tutte richieste di udienza.
Nel settembre del 2006 partecipò alla Conferenza della gioventù cattolica nel Nord. Alla sessione di domande e risposte, quando gli fu chiesto della questione della libertà religiosa in Vietnam, egli fece notare che, secondo la posizione della Chiesa cattolica, la libertà religiosa appartiene alla natura dell'uomo, dalla nascita, ha avuto quella libertà. In Vietnam, questo problema era attuale a causa del conflitto tra Chiesa e governo, generato da scontri ideologici e problemi storici. Alla domanda se i cattolici potessero unirsi al Partito Comunista del Vietnam, rispose che è diritto degli individui e della Chiesa aspettarsi che ciascuno di loro consideri da sé l'influenza sulla fede dell'adesione al partito.
Nel gennaio del 2007 il primo ministro vietnamita Nguyễn Tấn Dũng fu ricevuto in udienza da papa Benedetto XVI. Commentando l'incontro, il vescovo Linh disse che si aspettava che ciò costituisse un passo avanti nelle relazioni tra la Santa Sede e il Vietnam. Più o meno nello stesso periodo, quando fu intervistato sulla situazione religiosa nel paese, affermò di non avere l'autorità di dare una risposta ufficiale ai leader della Chiesa vietnamita. Secondo lui questo avrebbe richiesto tempo: «Sebbene sia i cattolici sia il governo siano ansiosi di cambiare la situazione religiosa, l'attuazione delle politiche richiede tempo per essere messa in pratica».
Dal 2007 al settembre del 2009 fu anche amministratore apostolico di Phát Diêm. In un'intervista concessa in occasione del 75º anniversario della fondazione della diocesi di Thanh Hóa, menzionando quali fossero le sue priorità pastorali, affermò che si trattava della formazione del personale: sacerdoti, religiosi e religiose e laici. Le difficoltà maggiori della diocesi di Thanh Hóa erano la mancanza di personale e finanziamenti. Il vescovo Linh incoraggiò il consolidamento e l'assistenza dei bisognosi, come le borse di studio agli studenti poveri, la visita i malati di lebbra bisognosi e la costruzione di case di mattoni in sostituzione delle baracche dove vivevano molti. Inoltre, creò anche un modello di gruppi collaborativi indipendente dalla gerarchia. Parlando delle attività che aveva condotto verso le persone svantaggiate, affermò di aver promosso l'istruzione tramite borse di studio, la nascita di dispensari di medicine e che vi era in progetto di istituire un'associazione di medici cattolici. Affermò che esisteva anche un progetto di sostegno al reddito delle donne povere e alcuni piani di sviluppo agricolo che prevedevano la costruzione di stazioni di pompaggio e di strade asfaltate nei villaggi. Aggiunse anche che era impossibile svolgere altre attività a causa di problemi finanziari.
Nell'ottobre del 2007 scrisse una lettera forte e commovente in cui chiedeva sostegno per le vittime di inondazioni e tifoni, che colpivano seriamente i residenti nella sua diocesi. Quello stesso mese, prima dell'apertura della plenaria della Conferenza episcopale, monsignor Nguyễn concesse un'intervista alla RFA su questo argomento. Alla domanda su quali fossero i punti all'ordine del giorno dell'analisi dei vescovi, egli affermò che il progetto della lettera generale doveva essere rivisto più e più volte, quindi rispose con cautela. Discutendo delle questioni di cui i laici devono occuparsi per soddisfare i bisogni della società, affermò che si trattava di problemi legati all'esplosione dei fenomeni migratori. Inoltre, anche i mali sociali erano fonte di preoccupazione. Alla domanda su quale fosse il problema più difficile per i giovani nella sua diocesi, rispose trattarsi del lavoro. A causa della mancanza di posti di lavoro o di redditi bassi e instabili, la maggior parte dei giovani emigrava al sud. Un'altra difficoltà indicata erano le pressoché annuali catastrofi naturali. Il vescovo Nguyễn condivise che stava guardando impotente la scomparsa della gioventù della diocesi, quindi decise di accompagnarli organizzando un congresso nel sud per incoraggiare, confortare i parrocchiani con cui convivere nello Spirito cattolico. Indipendentemente dal fatto che i cattolici vietnamiti dovessero o meno partecipare all'ambiente politico, affermò che si trattava di una questione delicata, che comprende la politica in termini di cittadinanza. Disse di ritenere che i cattolici avrebbero dovuto avere obblighi di cittadini verso la nazione e il paese, ma anche che la partecipazione a organizzazioni sociali e governative non avrebbe dovuto essere causa di problemi delicati e imbarazzanti. Nello stesso anno, i vescovi vietnamiti elessero all'unanimità monsignor Nguyễn vicepresidente della Conferenza episcopale vietnamita. Nell'ottobre del 2010 fu rieletto.
Aveva in progetto di accompagnare una delegazione di sacerdoti, religiosi, parrocchiani, in visita al lebbrosario di Thanh Hóa in occasione della festività del Tết, nel gennaio del 2008. Durante questa visita, la delegazione offrì doni e intrattenne i malati. Monsignor Nguyễn era così impegnato che non poté partecipare come previsto. Il 7 maggio successivo fondò l'"Associazione dei medici del Samaritano" con lo scopo di supportare i pazienti, i disabili e le persone sofferenti nella diocesi.
Il 9 giugno 2008 insieme ad alcuni confratelli diede il benvenuto alla delegazione della Santa Sede in visita ufficiale in Vietnam. Durante la visita, rispose a una serie di domande relative all'evento. Parlando delle questioni oggetto di discussione tra la delegazione della Santa Sede e quella del governo vietnamita, affermò che c'erano due questioni in sospeso: la nomina dei vescovi delle diocesi vacanti e l'istituzione di una nunziatura apostolica. Affermò che, secondo la sua opinione, rimuovere gradualmente i problemi sarebbe stato meglio per le relazioni tra le due parti. Rispondendo a una domanda sul rapporto tra la Santa Sede e il Vietnam, disse che le delegazioni stavano collaborando e preparando una tabella di marcia. Condividendo il contributo sociale della Chiesa cattolica vietnamita alla società, affermò che ciò è piuttosto limitato, perché era possibile solo l'apertura di asili e dispensari. Affermò anche che questo problema necessitava di negoziazione e sperava che le autorità avessero una visione più accomodante.
Nel settembre del 2008, durante una disputa sulla parrocchia di Thai Ha ad Hanoi, si recò in quella chiesa per celebrare una preghiera per la giustizia e la pace. Di fronte alle tensioni, nello stesso mese, scrisse una lettera di comunione nella quale esprimeva la sua condivisione con l'arcidiocesi di Hanoi, dichiarava di ammirare il coraggio del vescovo Joseph Ngô Quang Kiệt e gli garantì il suo sostegno e una preghiera pacifica e non violenta.