Evangelizzatore del Giappone, in qualità di visitatore plenipotenziario vicario del Preposito generale della Compagnia di Gesù per l'Asia sotto il patronato regio del Portogallo coordinò e sovrintese tutte le missioni gesuite in Oriente e ne istituì di nuove tra gli ultimi decenni del XVI secolo e l'inizio del XVII. Affidò la missione in Cina al suo ex allievo Matteo Ricci. Promosse il metodo catechistico dell'inculturazione nel continente asiatico.
Biografia Figlio di Giambattista Valignano membro di una delle più illustri famiglie teatine, quella dei Valignani, e di Isabella de' Sangro (o di Sangro), nobildonna napoletana. Venne inviato presso l'università di Padova a studiare diritto. La sua impronta aristotelica Valignano la formò «nell'ambiente filosofico dell'immanentismo materialistico patavino di cui era stato antesignano il filosofo Pietro Pomponazzi e che al suo tempo era stato illustrato da esponenti di notevole rilievo come lo Zabarella e il Cardano.»Sergio Zoli, L'Europa libertina (secc. XVI-XVIII): bibliografia generale, Nardini, 1997, p. 83.
Laureatosi, nel 1557, nello stesso anno, ricevuti i primi voti e la tonsura, ottenne il beneficio dell'abbazia di Santo Stefano del Casale e nel 1559, grazie a papa Paolo IV, già vescovo di Chieti e amico di famiglia, ricevette un canonicato del capitolo cattedrale di Chieti; nel 1561 ebbe anche il beneficio dell'abbazia di Sant'Antonio.
Fallì il tentativo di impiegarsi presso la curia romana a causa della morte di papa Paolo IV. Tornò quindi a Padova.
Nel 1562 venne accusato (probabilmente ingiustamente) di aver pugnalato una donna, Franceschina Trona, e venne rinchiuso in un carcere a Venezia dal novembre 1562 al marzo 1564: venne liberato dalla Quarantia al Criminal della Repubblica solo grazie all'intercessione dell'arcivescovo di Milano, Carlo Borromeo e del nunzio apostolico di Venezia, Ippolito Capilupi, e comunque solo dopo essere stato condannato al risarcimento della presunta vittima con 200 ducati ed essere stato bandito per quattro anni dalla Repubblica di Venezia.
Nel 1565 si trasferì a Roma e divenne "uditore" del Cardinale austriaco Mark Sittich von Hohenems, cugino dell'arcivescovo Carlo Borromeo. Lì ebbe modo di conoscere da vicino la Compagnia di Gesù e rimase fortemente colpito dai racconti sulle missioni: il 29 maggio 1566 entrò nel noviziato di Sant'Andrea al Quirinale e, dal 18 maggio 1567, passato al Collegio Romano (ora Pontificia Università Gregoriana), iniziò a studiare filosofia, metafisica oltre a fisica e matematica con Cristoforo Clavio. Lì scoprirà gli Annales Ecclesiastici di Cesare Baronio sull'interpretazione dei quali poggiò gran parte dei suoi futuri metodi missionari.
Nominato amministratore della casa di noviziato, continuò comunque gli studi e frequentò il corso di teologia (1569 - 1571), nel corso del quale venne ordinato sacerdote in Laterano (25 marzo 1570). In seguito, ebbe diversi incarichi nella Compagnia, visitò Loreto e l'Abruzzo, ove caldeggiò l'edificazione di un collegio gesuita a Chieti, governata dalla sua famiglia, che però fu istituito nel luglio 1628, ventidue anni dopo la sua morte, grazie ai buoni uffici di Giovanni Andrea ed Ascanio, fratelli di padre Alessandro. Dal 1572 poi fu maestro dei novizi e rettore del Collegio dei Gesuiti di Macerata, dando altresì la sua disponibilità a partire missionario per le Indie. Nell'estate del 1573, dopo che Valignano ebbe compiuta la professione del "quarto voto" (8 settembre 1573), il Preposito generale della Compagnia di Gesù Everardo Mercuriano lo ritenne profilo idoneo al delicato e difficile incarico di visitatore generale delle missioni delle Indie Orientali con facoltà di mandato in tutto l'ambito di competenza coloniale del Portogallo (patronato regio), cioè tutte le terre ad est di Capo di Buona Speranza fino all'arcipelago filippino, escluso perché di competenza spagnola. Il ruolo del Visitatore implicava poteri vastissimi di ispezione, organizzazione e gestione di tutte le missioni in Asia dei Gesuiti, con responsabilità di vicario del Preposito generale medesimo.
L'attività missionaria: il ruolo di visitatore Valignano partì da Roma il 20 settembre 1573 per il Portogallo, da dove salpò a bordo di nave Costantina, il 21 marzo 1574, sotto l'egida del regno lusitano e con al seguito 41 gesuiti, per la sede della, al tempo, unica arcidiocesi metropolitana dell'Asia, la colonia portoghese di Goa, in India, ove giunse il 6 settembre 1574, dopo una infruttuosa breve sosta in Mozambico dal 14 luglio al 9 agosto 1574, ed ove, nominato responsabile provinciale, restò quattro anni. Creò una scuola di Tamil, fondò una tipografia ove stampò la Dottrina Cristiana in Tamil, riorganizzò modernamente le missioni indiane creando seminari, parrocchie e confraternite ed edificò nuove residenze gesuite; pur essendo figlio del suo tempo, (seppur in modo lieve, Valignano non era esente, come all'epoca tutti in occidente ed in oriente, di stimare i popoli in base alle "razze") adottò una strategia fondamentale per il proselitismo cattolico, ladattamento, facendo un compromesso con le usanze locali, e ciò pur non reputando gli indiani una popolazione idonea ad esercitare il cattolicesimo e ancor meno i ministeri cattolici; fu la prima sua applicazione di una metodologia che evolse nel futuro. Lasciata Goa, visitò le missioni dei gesuiti in India, Malaysia, Molucche e Macao, piccola colonia portoghese in terra cinese, dove giunse il 6 settembre 1578 e dove successivamente fondò, nel 1594, il Collegio dei gesuiti di San Paolo, prima università nell'estremo oriente e punto di riferimento per la Compagnia di Gesù in Asia.
La missione in Cina: Matteo Ricci
Stabilitosi a Macao, Valignano subito notò che nessun missionario era riuscito ad insediarsi nell'impero cinese. Al fine di intraprendere una missione in Cina, dopo aver dovuto rinunciare a padre Bernardino de Ferraris, già impegnato come rettore a Cochin, in India, convocò per quello scopo uno studioso gesuita, il sinologo Michele Ruggieri e, su richiesta di questi, vista l'immane impresa, convocò anche Matteo Ricci, matematico, anch'egli sinologo e suo ex allievo in Italia, che si unì a Ruggieri nel 1582.
Valignano supervisionò sempre la missione in Cina né fece mai mancare il suo sostegno: subito, nel 1582, dovette opporsi, con successo, al gesuita Alonso Sanchez che sosteneva gli spagnoli e li invitava ad invadere militarmente la Cina partendo dalle Filippine, nonostante la Cina fosse zona d'influenza portoghese, approfittando della temporanea unificazione delle corone di Spagna e Portogallo; nel 1588, scontento dell'impostazione di Ruggieri, lo allontanò lasciando la missione all'operato di Ricci; nel 1592 convocò Ricci a Macao, discusse per due mesi con lui sull"adattamento" da applicare in Cina e gli consegnò la direttiva missionaria; nel 1593 approvò le metodologie catechistiche di Ricci spronandolo a recarsi a Pechino; nel 1597 nominò Ricci Superiore della missione e, dopo che riuscì a presentarsi a corte nel 1601, nel 1604 lo nominò Superiore provinciale della nuova Provincia di Cina, che aveva appena scorporato dalla Provincia di Macao.
La missione in Giappone
Aspetti economici e amministrativi Giunto in Giappone il 25 luglio 1579, nel 1580 Valignano riuscì a farsi assegnare, dal daimyō convertito Ōmura "Bartolomeo" Sumitada, la gestione del porto di Nagasaki (già utilizzato da anni dai portoghesi). Sumitada, isolato dai suoi stessi parenti, era pressato dai clan Matsuura e Arima e, militarmente, dalla crescente potenza di Ryūzōji Takanobu, daimyō di Hizen. Pur cosciente che avrebbe comunque perso poteri e privilegi feudali, cedendo ufficialmente sia l'abitato che la gestione del porto ai gesuiti si assicurò la protezione dell'impero portoghese e sottrasse la struttura a Takanobu, consapevole che questi, non conoscendo la potenza effettiva degli europei, non avrebbe osato attaccarli. Valignano trasformò il porto di pescatori in porto commerciale, sviluppando enormemente il traffico merci con Macao, anch'essa gestita dai gesuiti per concessione portoghese, e con i cui proventi finanziò le missioni in Asia. Rapidamente Valignano riuscì ad imbastire linee navali di interscambio di merci tra Cina e Giappone, soprattutto per l'interscambio tra la seta cinese e l'argento giapponese, con un profitto, per i commercianti, del 70% del valore, il 5% del quale veniva riconosciuto ai gesuiti, che ottennero anche la salvaguardia del risarcimento delle loro quota in caso di merci perdute. Il tutto oltre, ovviamente, ai diritti portuali ed ai dazi di importazione che Valignano incrementò notevolmente. Malgrado reiterati divieti formali delle autorità giapponesi, si incrementò anche la tratta degli schiavi, tollerata dai Gesuiti (Bolle dei papi Niccolò V, Callisto III e Sisto IV), e pratica all'epoca normale per i portoghesi e per i giapponesi. Nonostante il riconoscimento dell'importo dei dazi a Sumitada, fino alla fine del '500 la missione in Giappone fu considerata, economicamente, la più importante in assoluto per la Compagnia di Gesù (L'attività mercantile portuale, così sfacciatamente gestita in modo diretto dai gesuiti, non fu gradita dalla Santa Sede, fomentata dalle altre congregazioni e dai commercianti esclusi dall'affare; tuttavia i proventi di tale attività, e nonostante i fondi garantiti comunque dal patronato regio portoghese, mantenevano di fatto l'intero impianto missionario in Giappone, in forte sviluppo, ed aiutavano nel resto dell'Asia, per cui Valignano, con molto tatto, ignorò le raccomandazioni e gli ordini da Roma rassicurando sull'assoluta transitorietà e necessità contingente dell'impresa).
Sempre nel 1580, grazie agli ottimi rapporti con il potentissimo daimyо̄ Oda Nobunaga, Valignano si fece donare un terreno per la fondazione di un seminario ad Azuchi presso il lago Biwa, poi affidato al confratello Organtino Gnecchi Soldo (Nobunaga chiese a Valignano di cedergli il suo cameriere-guardia del corpo africano Yasuke in qualità di bushi, cioè guardia personale, e che poi, tramite il daimyō, fu forse promosso hatamoto nell'accezione ante seicentesca, cioè servitore degno di impugnare due spade). Per emulazione altri signori convertiti, con altre loro donazioni, permisero la creazione di un seminario ad Arima (zona Shimabara, un ex monastero buddista che Valignano lasciò inalterato anche negli arredi per integrare meglio i seminaristi), un noviziato a Usuki e un collegio intitolato a San Paolo a Funay (entrambi nei pressi dell'attuale Ōita). I seminari furono attentamente progettati in adattamento culturale per fondere la sensibilità giapponese con l'impianto ideologico e filosofico europeo cercando di replicare l'istituzione giapponese del "dojuku", il noviziato monastico buddista.
A fine 1581 padre Valignano poté già creare la vice Provincia gesuita del Giappone.
Valignano, che organizzò personalmente la missione in Giappone, vi si recò in tre occasioni, nel 1579 fino al 1583, nel 1590 fino al 1592 e nel 1598 fino a tutto il 1603; il ruolo di Visitatore, infatti, lo costringeva a viaggi per ispezioni e gestione dei problemi nelle varie missioni gesuitiche in tutta l'Asia.
I frutti della missione Valignano aveva intuito l'importanza di mantenere saldo il rispetto della cultura locale, verso la quale nutriva un'altissima considerazione, e raccomandò con insistenza i propri confratelli ad apprendere usi e costumi dei paesi che li ospitavano.