È presidente onorario del Consiglio per la Politica Estera e di Difesa, un think tank che si occupa di analisi della sicurezza, fondato da Vitalij Šlykov. È preside della Facoltà di Economia Mondiale e Affari Internazionali presso la Scuola Superiore di Studi Economici dell'Università di Mosca.
Stretto collaboratore di Evgenij Primakov, è stato consigliere presidenziale sia di Boris El'cin che di Vladimir Putin. Membro della Commissione Trilaterale dal 1998, è stato parte del direttivo internazionale del Council on Foreign Relations e dal 1983 è anche vicedirettore dell'odierna Accademia russa delle scienze. Le sue teorie sono state riprese a sostegno dell'invasione russa dell'Ucraina nel febbraio 2022.
Attività Karaganov è noto per la dottrina omonima, seconda la quale Mosca dovrebbe atteggiarsi a difensore dei diritti umani degli uomini di etnia russa che vivono nei paesi vicini, allo scopo di acquisire influenza politica su tali regioni. Dopo la pubblicazione di un articolo che sosteneva questa tesi nel 1992, la politica estera russa assunse una posizione che subordinava il ritiro delle truppe russe dai Paesi baltici alla fine della “discriminazione sistemica” contro i russi residenti al loro interno.
A complemento di tale dottrina, Karaganov teorizzò l'opportunità di un'alleanza sino-russa nell'ottica di una unificazione del blocco euroasiatico, arguendo che l'Unione economica eurasiatica (EEU) e la Nuova via della seta (OBOR) avrebbero dovuto cooperare per promuovere l'integrazione economica della regione. Secondo alcuni esperti, la Cina, forte del suo primato sulla Russia, avrebbe finito semplicemente con l'imporsi come prima super-potenza, a discapito dell'aspirazione russa alla leadership globale.
In un'altra intervista rilasciata nel 2019 a Time Magazine, Karaganov affermò che il non aver permesso l'entrata della Russia nella NATO «fu uno dei più grandi errori nella storia politica, un errore che pose automaticamente la Russia e l'Occidente in rotta di collisione, eventualmente a spese dell'Ucraina».
In un articolo in lingua russa pubblicato il 17 febbraio 2022 sul sito Russia in Global Affairs, dichiarò
Nel 2024, insieme al politologo Dmitri Trenin e all'ammiraglio russo Sergej Iosifovič Avakjanc, ha pubblicato il testo in lingua russa От сдерживания к устрашению (dalla deterrenza all'intimidazione)cesarc.uniroma2.it/dmitrij-trenin-il-progetto-di-una-nuova-ucraina-e-il-parallelo-con-la-ddr/ karaganov.ru/ot-sderzhivanija-k-ustrasheniju/, pubblicato in italiano nel 2026 come «Dalla deterrenza alla coercizione: la nuova dottrina nucleare russa»."La presentazione dell’opera collettiva «Dalla deterrenza alla coercizione: la nuova dottrina nucleare russa»" 16 aprile 2026, roma.mid.ru/it/press-centre/la_presentazione_dell_opera_collettiva_dei_politologi_russi_sergej_karaganov_sergej_avakyants_e_dmit/
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