Il Museo della Basilica di Sant'Ambrogio è stato aperto nel 1949 per preservare, valorizzare e promuovere il patrimonio storico e artistico della basilica ambrosiana. Fino al 2001 era sito nel portale del Bramante, costruito nel XV secolo, mentre da quell'anno è posto nel capitolino interno alla chiesa.
Parte della collezione della basilica è inclusa nel Museo Diocesano.
Collezione All'interno si trovano opere come un Agnello di Dio che si trovava nell'abside, i cinque Piagnoni, o bene delle statue di cinque monaci oranti di botteghe della Borgogna, il monumento funerario del Della Croce del Jacopino da Tradate, un trittico della Madonna con il Bambino tra Sant'Ambrogio e San Girolamo di Bernardino Zenale, la disputa di Gesù ai tempio della scuola di Bergognone, Sant'Ambrogio che ferma Teodosio del Camillo Procaccini e un ritratto dell'arcivescovo Arnolfo Castiglione.
A livello di oggetti liturgici, si trovano una transenna di marmo, scene di caccia fatte in Persia, un cofanetto in avorio fatto a Palermo, arazzi fiamminghi e un reliquario a cassetta della strage degli innocenti.
Bibliografia Erminia Giacomini Miari, Paola Mariani, Musei religiosi in Italia, Touring, Milano, 2005, p. 140, ISBN 9788836536535 Touring Club Italiano (a cura di), Milano, con "Guide Rosse", Touring, Milano, 2005, pp. 394–395, ISBN 9770390107016
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