Il termine Guerra di Villmergen indica due conflitti di origine confessionale e legati a rivalità politiche nella Vecchia Confederazione, che opposero i cantoni riformati a quelli cattolici. Tale nome deriva dalla località di Villmergen, interessata in entrambi i conflitti da due battaglie decisive.
Prima guerra di Villmergen (1656) – conflitto risoltosi con la vittoria delle forze cattoliche nella prima battaglia di Villmergen e la conferma, con la cosiddetta terza pace nazionale del 7 marzo 1656, dello status quo definito nella seconda pace di Kappel del 1531. Seconda guerra di Villmergen o guerra del Toggenburgo (1712) – conflitto risoltosi con la vittoria delle forze riformate nella seconda battaglia di Villmergen e la stipula della quarta pace nazionale dell'11 agosto 1712.