Biografia Otto Fabricius nacque a Rudkøbing, sull'isola di Langeland, Danimarca, dove suo padre era rettore. Da giovane, ricevette un'istruzione prevalentemente a casa da precettori privati. Nel 1762 si iscrisse all'Università di Copenaghen. Nel 1765 fu ammesso al Seminario missionario della Groenlandia (in latino Seminarium Groenlandicum), dove frequentò le lezioni tenute dal teologo luterano Poul Egede. Nel 1768 si laureò in teologia.
Dal 1768 al 1773 fu inviato come missionario sulla costa sud-occidentale della Groenlandia. Durante questo periodo fece un'enorme quantità di osservazioni e raccolte di. Il suo laboratorio era una casa Inuit fatta di torba. La sua unica fonte di luce artificiale era una lampada a olio. Aveva alcuni occhiali ingrandenti e nella sua biblioteca c'era un solo libro, il Systema Naturae di Carl Linnaeus. Ciononostante, fece osservazioni zoologiche sufficienti per poter pubblicare, dopo il suo ritorno in Danimarca, Fauna Groenlandica (1780), scritta in latino. Qui descrisse 473 specie animali, principalmente marine, 130 delle quali furono proposte come nuove alla scienza. Vengono fornite descrizioni dettagliate, comprese informazioni sull'habitat e sul comportamento, il nome volgare Inuit, l'uso che gli Inuit fanno dell'animale e, non da ultimo, come lo catturano o lo intrappolano.
Nel 1774 fu nominato rettore a Drangedal, nella contea di Telemark, Norvegia, dove rimase fino al 1779 mentre completava il lavoro per un dizionario della lingua groenlandese che fu pubblicato nel 1804. Nel 1789 succedette a Poul Egede come docente nella Missione groenlandese. Nel 1818 fu nominato vescovo onorario della Chiesa di Danimarca e gli fu conferito il dottorato in teologia.
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