Il nome Francesco II viene usato per riferirsi a diversi personaggi storici:
Francesco II d'Asburgo-Lorena (1768-1835) – Imperatore dei Romani (come Francesco II) dal 1792 al 1806, quando il titolo fu abolito, e Imperatore d'Austria (con il nome di Francesco I) dal 1804 (anno di istituzione del nuovo titolo) fino alla morte Francesco II di Francia (1544-1560) – re di Francia dal 1559 al 1560 Francesco II delle Due Sicilie (1836-1894) – re del Regno delle Due Sicilie dal 1859 al 1861 Francesco II Gonzaga (1466-1519) – marchese di Mantova dal 1484 al 1519 Francesco II d'Este (1660-1694) – duca di Modena e Reggio dal 1662 al 1694 Francesco II di Bretagna (1433-1488) – duca di Bretagna dal 1458 fino alla morte Francesco II Rákóczi (1676-1735) – militare, condottiero e patriota ungherese