Nell'universo fantascientifico di Star Trek, la guerra del Dominio è il conflitto combattuto fra il Dominio (maggiore potenza del Quadrante Gamma) e l'alleanza del Quadrante Alfa (composta in via speciale da Federazione dei pianeti uniti, Impero Klingon e Impero Romulano)Gli imperi klingon e romulano sono siti nel Quadrante Beta, mentre la Federazione si divide esattamente fra i due quadranti. Breen, Bajor, Cardassia e il tunnel spaziale collegato al Quadrante Gamma, territorio del Dominio, sono nel Quadrante Alfa. tra il 2373 e il 2375. Le vicende della guerra sono narrate nelle ultime due stagioni della serie televisiva Star Trek: Deep Space Nine.
Premesse Nel 2369 l'occupazione cardassiana del pianeta Bajor finì: i Cardassiani furono cacciati dal pianeta dalle varie fazioni della Resistenza bajoriana. I Bajoriani non inflissero una seria sconfitta militare alle forze occupanti, ma i loro continui attacchi terroristici resero l'occupazione indesiderabile da parte dei cardassiani; fu così presa la "decisione politica" di ritirarsi. I vari gruppi della resistenza bajoriana formarono quindi un governo provvisorio per sovrintendere alla ricostruzione del pianeta, che era stato ecologicamente, culturalmente ed economicamente devastato dall'occupazione. Uno dei primi atti da parte di questo governo fu quello di chiedere aiuto alla Federazione dei pianeti uniti.
La Federazione rispose inviando il comandante Benjamin Sisko a prendere il comando della stazione spaziale Terok Nor, una stazione mineraria abbandonata dai Cardassiani. Questa stazione fu rinominata Deep Space Nine e divenne uno dei maggiori centri diplomatici e commerciali per Bajor. Sisko ebbe il compito di sostenere la ricostruzione di Bajor al fine di accelerare il suo processo di adesione alla Federazione.
Poco dopo l'arrivo di Sisko su Deep Space Nine, venne scoperto nei paraggi un tunnel spaziale stabile che collegava il territorio bajoriano del Quadrante Alfa con il Quadrante Gamma, in un punto a circa sessantamila anni luce da Bajor: una distanza impossibile da coprire dalle ordinarie tecnologie di propulsione astronautica. Per usufruire meglio di questa scoperta, la stazione spaziale fu spostata dall'orbita di Bajor fino a un punto all'imbocco del tunnel spaziale.
Si scoprì anche che il tunnel era la casa degli alieni conosciuti dai Bajoriani come i Profeti, i quali esistono in un solo punto dello spazio (il tunnel spaziale) ma in tutti i punti del tempo, cosa che permette loro di avere una visione non-lineare dell'universo, dove gli effetti possono precedere le cause. Essi, per ragioni sconosciute, fecero di Sisko il loro Emissario presso il popolo bajoriano. Sisko non apprezzò questo ruolo da icona (né lo fece il Comando di Flotta), specialmente da quando cominciò a essere trattato dai Bajoriani con religiosa riverenza, ma imparò ad accettarlo e lo usò per favorire l'aiuto della Federazione verso Bajor.
Primo contatto con il Dominio L'esplorazione del Quadrante Gamma si avviò senza eventi particolari per circa un anno. Poi, durante una missione economica di routine da parte dei Ferengi, Quark sentì delle voci sul Dominio, che apparentemente era un'unione di civiltà simile alla Federazione con lo scopo di difendersi e commerciare. Quark, sotto il regno del Gran Nagus Zek, fu autorizzato a negoziare un trattato fra Ferengi e Dominio; questi negoziati furono ultimati con successo.
Tempo dopo cominciò una vera e propria "corsa alla colonizzazione" del Quadrante Gamma da parte delle potenze del Quadrante Alfa, facendo conoscere queste ultime alle specie autoctone, e attraverso queste al Dominio. Preoccupanti rapporti attestarono che il Dominio cominciava a emergere come la potenza dominante nel Quadrante Gamma: i rapporti sembravano indicare che ciò che il Dominio non riusciva a ottenere tramite accordi, lo otteneva con la forza. Questi rapporti cominciarono nel 2370 quando un'enorme flotta di vascelli Skrreea apparve nel Quadrante Alfa, con l'intento di cercare un nuovo pianeta natale dopo che il loro precedente mondo era stato completamente distrutto dalle forze del Dominio.
Verso la fine del 2370, Sisko, suo figlio Jake, Quark e suo nipote Nog visitarono un pianeta disabitato del Quadrante Gamma per una ricerca di scienze promosso dalla scuola di Jake e Nog. Fu qui che incontrarono per la prima volta i Jem'Hadar, la forza militare del Dominio. Sisko e Quark vennero catturati insieme a un alieno misterioso (poi identificato come un Vorta, uno dei leader militari del Dominio) di nome Eris. Quindi i Jem'Hadar mandarono una nave di rappresentanza a Deep Space Nine per informare il Quadrante Alfa che non sarebbero più state tollerate intrusioni nello spazio del Dominio: dettero anche al maggiore Kira Nerys una lista con le colonie e le astronavi già distrutte per aver violato il loro spazio. La Federazione rispose inviando una squadra di salvataggio composta dal vascello di classe Galaxy USS Odyssey e tutti i tre runabout di Deep Space Nine. La task force avrebbe dovuto portare in salvo i prigionieri (incluso Eris), ma si trovò poi a combattere contro tre navi d'attacco Jem'Hadar. Una di queste, con un'azione kamikaze, distrusse il nucleo della Odyssey, provocando la perdita dell'astronave. In seguito alla sua distruzione, le altre navi della Flotta Stellare dovettero fuggire verso il Quadrante Alfa subito dopo aver recuperato Sisko e gli altri prigionieri. Una volta ritornati su Deep Space Nine, si scoprì che Eris era una spia e che la cattura di Sisko era stata architettata dai Fondatori, i misteriosi alieni che governano il Dominio. Dopo essere stata scoperta, Eris usò una sorta di teletrasporto per defilarsi, facendo intendere una tecnologia molto più avanzata di quelle messe a punto dalle specie del Quadrante Alfa.
Primo contatto fra la Federazione e i Fondatori All'inizio del 2371 Sisko ritornò su Deep Space Nine, dopo essere stato sulla Terra per un incontro col Comando della Flotta Stellare, ottenendo il comando della USS Defiant, un prototipo di vascello da battaglia sviluppato originariamente per combattere i Borg, ma modificato con un dispositivo di occultamento romulano per entrare nel Quadrante Gamma e trovare e incontrare i Fondatori pacificamente, evitando battaglie.
L'equipaggio della Defiant trovò così i Fondatori, scoprendo che erano mutaforma della stessa razza di Odo, il capo della sicurezza della stazione Deep Space Nine. Malgrado avesse un forte desiderio di ritornare nel suo pianeta natale, Odo trovò la filosofia dei Fondatori, esemplificata nella frase «tutto ciò che puoi controllare non può nuocerti», ripugnante. Odo chiese quindi di tornare al Quadrante Alfa con tutto lo schieramento delle forze federali intatto. I Fondatori, guidati da un personaggio identificato soltanto come "la cambiante femmina", acconsentirono alla richiesta di Odo, sperando che esso volesse un giorno tornare fra loro nel Dominio. Questo episodio segnò l'inizio di una guerra fredda fra il Dominio e la Federazione dei pianeti uniti, con piccole schermaglie fra le due parti e una costante costituzione di forze militari.
Attacco dei servizi segreti cardassiani/romulani Nel frattempo, le altre potenze del Quadrante Alfa non stettero ad aspettare le mosse del Dominio. L'Ordine ossidiano, i servizi segreti cardassiani, si alleò con il Tal Shiar, la controparte romulana. Insieme, essi costituirono segretamente una modesta flotta di 20 vascelli nascosta nel settore Orrias dello spazio cardassiano e progettata per inoltrarsi nel Quadrante Gamma e distruggere il pianeta natale dei Fondatori, sperando che il Dominio sarebbe collassato senza di essi.
Ma i Fondatori, usando le loro abilità di mutaforma, si infiltrarono nel Tal Shiar così da conoscerne i piani e poter bloccare l'offensiva: la flotta cardassiano-romulana scoprì troppo tardi che il pianeta natale dei Fondatori, nella nebulosa di Omarion, era stato opportunamente abbandonato, e mentre erano occupati a bombardarlo vanamente una flotta di 150 navi da attacco Jem'Hadar emerse dietro il pianeta attaccando e distruggendo tutte le navi nemiche. Il Dominio sconvolse il Quadrante Alfa con questo attacco (che fu considerato simile alla Battaglia di Wolf 359), lasciando soltanto la Federazione e l'Impero Klingon come potenze rimaste a difendere il proprio Quadrante dal Dominio. Per il fatto che sia l'Ordine Ossidiano che il Tal Shiar non avrebbero dovuto avere una flotta di navi, la battaglia non causò danni alla flotta ufficiale cardassiana né a quella romulana, ma la sconfitta ebbe un effetto psicologico significativo: l'Unione Cardassiana successivamente si unì al Dominio e l'Impero Romulano firmò un patto di non-aggressione con esso. Dopo quella battaglia, l'Ordine Ossidiano venne distrutto, la Tal Shiar sopravvisse, anche se in uno stato pietoso: si sarebbe fatto sentire tardi nella guerra.
Infiltrazione dei Fondatori e destabilizzazione politica Verso la fine del 2371 si venne a sapere che i Fondatori si erano infiltrati in ognuna delle maggiori potenze del Quadrante Alfa. Un mutaforma tentò, pur senza successo, di provocare una nuova guerra tra la Federazione e gli Tzenkethi, così da destabilizzare il quadrante. Il piano fu sventato da Sisko e dai suoi uomini, ma la conseguente paranoia su chi potesse o non potesse essere un Cambiante contagiò pressoché tutti. Nel 2372 le forze dell'Impero Klingon assaltarono l'Unione Cardassiana, convinti che fosse caduta in mano ai Fondatori. Infatti, con la caduta dell'Ordine Ossidiano i cittadini cardassiani avevano rovesciato il Comando Centrale, il potere militare di Cardassia, eleggendo un governatore civile e restaurando il Consiglio Detapa, l'antico centro di governo politico. I Klingon sospettarono che il Dominio si fosse infiltrato nel governo cardassiano e avesse gestito il colpo di Stato. Nonostante il duro monito contrario della Federazione, i Klingon rifiutarono di porre fine alla loro invasione, se non allorquando scoprirono (ben più tardi) che il Dominio non si era infiltrato fra i Cardassiani, ma fra i Klingon stessi, nelle sembianze del generale Martok. Ma nel frattempo l'invasione portò a una destabilizzazione politica nell'Impero Klingon, che si ritirò dagli Accordi di KhitomerSi veda Rotta verso l'ignoto., facendo così cadere la pace con la Federazione. Sembrò così che i Fondatori fossero riusciti nel loro piano di destabilizzazione del Quadrante Alfa come preludio di una loro invasione.
La paranoia causata dai Cambianti continuò durante il 2372. Convinti che il governo della Federazione non prendesse adeguatamente sul serio la minaccia, alcuni ufficiali della Flotta Stellare decisero di organizzare un colpo di Stato nella Federazione in seguito alla scoperta che alcuni cambianti (almeno quattro) erano giunti sulla Terra, persino nel quartier generale della Flotta a San Francisco. Un atto terroristico sulla Terra, il primo dopo secoli, provocò la morte di decine di diplomatici federali e romulani nel corso di un summit. Il tentativo di colpo di Stato dell'ammiraglio Leyton portò a un conflitto armato fra le navi della Flotta, per la prima volta da quando Khan Noonien Singh dirottò la USS Reliant e combatté la USS Enterprise: infatti la USS Defiant, in rotta verso la Terra, allertata dal capitano Sisko, fu costretta a scontrarsi con la USS Lakota provocando diverse vittime. Ciò consentì tuttavia a Sisko di sventare il complotto, obbligando l'ammiraglio Leyton a rinunciare ai suoi tentativi di imporre la legge marziale nella Federazione e a consegnarsi alle autorità.