Promotore del Congresso mondiale per la libertà di ricerca e della campagna Eutanasia legale, è stato eurodeputato radicale eletto nella Lista Emma Bonino, iscritto al gruppo ALDE, è stato Consigliere comunale e metropolitano a Milano e presidente di Radicali Italiani. Giornalista pubblicista dal 2012, cura l'edizione domenicale della rassegna stampa di Radio Radicale "Stampa e regime" dal 2007.
Nel 2022 è stato insignito dal Comune di Milano dell'Ambrogino d'Oro.
Ha ottenuto popolarità sul piano politico e sociale soprattutto per la vicenda di DJ Fabo (al secolo Fabiano Antoniani), uomo tetraplegico in seguito ad un incidente, che Cappato ha accompagnato in Svizzera per potergli permettere il suicidio assistito.
Biografia Nato il 25 maggio 1971 a Milano e cresciuto a Monza, frequenta le scuole elementari al collegio cattolico Villoresi San Giuseppe e le scuole medie statali a Vedano al Lambro. Gioca a pallacanestro nella Forti e Liberi Monza. Nel 1982 è selezionato dal Children's International Summer Villages (UNESCO) per un soggiorno a Göteborg con ragazzi di tutto il mondo. Dopo aver conseguito la maturità classica al Liceo Ginnasio B. Zucchi di Monza nel 1989, si laurea a pieni voti in Economia all'Università Bocconi nel 1994 con una tesi sulle "strategie di internazionalizzazione delle imprese non profit".
Gli inizi nei Radicali: Monza, Bruxelles, New York Di famiglia radicale, nel 1990 si iscrive al Coordinamento radicale antiproibizionista e nel 1991 al Partito radicale. Conosce Marco Pannella in occasione della campagna per le elezioni comunali del 1992 a Monza (il fratello Massimo è candidato e poi eletto della Lista Pannella). Partecipa al Congresso del Partito radicale nel febbraio 1993 e alle raccolte firme referendarie di quegli anni. Dal 1993 ricopre gli incarichi di Consigliere generale del "Movimento dei Club Pannella", di cui diviene segretario nazionale nel 1994.
A gennaio 1995 interrompe l'attività aziendale e si trasferisce a Bruxelles per collaborare con il Gruppo dell'Alleanza Radicale Europea e gli eletti della Lista Pannella al Parlamento europeo. Diventa consigliere generale del Partito Radicale ed è impegnato nelle campagne antiproibizioniste e libertarie.
Nel 1996 a Bruxelles, in seguito ad una manifestazione non autorizzata davanti alla sede del quotidiano belga Le Soir contro la censura tenuta nei confronti del congresso del Coordinamento Radicale Antiproibizionista (di cui in quell'anno è divenuto tesoriere), Marco Cappato è arrestato dalla polizia belga insieme ad una trentina di attivisti radicali, e tenuto nel carcere di Bruxelles per alcune ore..
Nel 1997 e nel 1998 è il responsabile del Partito Radicale Transnazionale alle Nazioni Unite di New York, da dove conduce la campagna antiproibizionista (partecipa con Marco Perduca alla Sessione Speciale dell'Assemblea generale sulle droghe, , dall'8 al 10 giugno 1998) e la campagna per l'istituzione del Tribunale penale internazionale. Durante la che porterà dal 15 giugno al 17 luglio 1998 all'adozione dello Statuto di Roma, l'azione di Cappato è notata dal Washington Post. Dal gennaio 1999 (anno in cui è eletto europarlamentare) al luglio 2001 è Coordinatore del "Comitato dei Radicali per la rivoluzione liberale e gli Stati Uniti d'Europa", il soggetto di coordinamento di tutte le organizzazioni dell'area Radicale che terrà nel 2000 le prime elezioni online degli organi dirigenti di un movimento politico.
Nel 2000 si candida con la Lista Bonino Pannella alla Presidenza della Regione Veneto, ottenendo il 2,5%.
Primo mandato al Parlamento europeo
A giugno 1999 viene eletto europarlamentare della Lista Emma Bonino, carica che ricoprirà fino alle elezioni del 2004, e che tornerà a ricoprire nel maggio 2006 subentrando ad Emma Bonino, nel frattempo nominata Ministra del commercio internazionale nel Governo Prodi II.
Da deputato è attivo in particolare sulle questioni delle "libertà digitali" ed è relatore del Parlamento europeo per la Direttiva sulla "privacy nelle comunicazioni elettroniche". Il suo lavoro contro le proposte di sorveglianza generalizzata delle comunicazioni elettroniche gli vale l'attribuzione del premio "Europeo dell'anno" da parte del settimanale di affari europei European Voice. Nella motivazione per la nomination si legge: "per la sua leadership nella campagna per la protezione della privacy, in particolare per mantenere protetti i dati personali dei cittadini nel momento in cui Unione europea e Stati Uniti hanno intrapreso la guerra contro il terrorismo".
Cappato versò il premio di 5.000 euro all'"Associazione Luca Coscioni per la libertà di ricerca scientifica. Sempre per l'impegno contro leggi europee di sorveglianza riceve la nomination per il premio "politico dell'anno" da parte della rivista statunitense Wired. È anche relatore parlamentare sulla Decisione UE sugli "attacchi contro i sistemi d'informazione" e sul "riutilizzo delle informazioni detenute dalle amministrazioni pubbliche".
Nel dicembre 2001, per manifestare l'opposizione a una lunga serie d'arresti per possesso di piccole quantità di cannabis avvenuti in Gran Bretagna in quel periodo, insieme all'europarlamentare britannico Chris Davies si sottopone volontariamente all'arresto. a Manchester con un'azione nonviolenta di disobbedienza civile contro le leggi britanniche che vietano il possesso di droghe ad uso personale. Sconta per questo quattro giorni di detenzione nel carcere "Strangeways" della città britannica.
Da marzo a novembre 2002 è stato presidente della direzione del Partito Radicale Transnazionale. Dall'ottobre 2002 è Coordinatore dei Parlamentari per l'Azione Antiproibizionista, un centinaio di legislatori da tutto il mondo per la riforma delle convenzioni internazionali sulle droghe. Nel 2003, per proporre a Governi e Parlamenti la legalizzazione delle droghe e la riforma delle Convenzioni ONU visita Messico (Conferenza a Merida dell'11 marzo), Costa Rica, Colombia, Perù, Argentina, Uruguay e Brasile, insieme a Marco Perduca.
Rapporti con l'esperanto Il 12 febbraio 2004, in qualità di membro del Parlamento europeo, presenta un'interrogazione scritta (E-0537/04) alla Commissione Europea. Il titolo era "Il ruolo dell'esperanto per preservare efficacemente l'eguaglianza linguistica". Ha ricordato che durante un dibattito parlamentare il 13 gennaio dello stesso anno, l'allora commissario UE Viviane Reding aveva affermato che (tradotto dal francese) "...il multilinguismo dovrebbe includere anche quelle nostre lingue che non sono lingue ufficiali, ma in nessun caso l'esperanto, poiché abbiamo abbastanza lingue vive che sono in difficoltà per creare, oltre a ciò, lingue artificiali". Egli chiese, tra l'altro, alla Commissione di spingere gli Stati membri ad agire per assecondare l'appello della Conferenza Generale dell'Unesco (23 C/114), a " ... introdurre un programma di studio sul problema linguistico e sull'esperanto nelle proprie scuole ed istituzioni di educazione superiore".
Nella sua risposta del 19 marzo 2004 la Sig.ra Reding a nome della Commissione UE rispose in relazione all'appello dell'UNESCO affinché, secondo il trattato UE, la Comunità europea agisca “rispettando pienamente la responsabilità degli Stati membri in merito ai contenuti dell’insegnamento e all’organizzazione del sistema educativo così come la loro diversità culturale e linguistica”. Secondo la risposta però, pur restando aperta alla collaborazione con l’Unesco, la Commissione Ue rispose che non intendeva prendere iniziative particolari a favore dell'introduzione “di un programma di studio sul problema linguistico e sull'esperanto nelle scuole e negli istituti di insegnamento superiore”.
Elezioni online, l'incontro con Luca e il sostegno a Piergiorgio Welby
Dopo l'incontro dei Radicali con Luca Coscioni, il ricercatore universitario malato di sclerosi laterale amiotrofica che, in occasione delle elezioni online del 2000, investe il partito dell'urgenza di una campagna per la libertà di ricerca scientifica, anche Marco Cappato si occupa direttamente della questione. Durante il suo mandato parlamentare si impegna con successo per sbloccare i fondi europei destinati alla ricerca sulle cellule staminali da embrioni sovrannumerari. Nel 2004 viene eletto segretario dell'Associazione Luca Coscioni per la libertà di ricerca scientifica, fa parte dei Comitati promotori dei referendum abrogativi della nuova legge sulla fecondazione assistita ed è coordinatore delle iniziative elettorali e referendarie dell'area radicale e radical-liberale in occasione delle elezioni europee del 2004. Nel maggio 2004 compie un'azione di disobbedienza civile al Decreto Urbani, collegandosi a una rete di scambio peer-to-peer, da dove scarica la versione non distribuita in Italia del film Blade runner ed autodenunciandosi e viene identificato dalla Polizia Postale.
Come segretario dell'Associazione Luca Coscioni per la libertà della ricerca scientifica, Marco Cappato è tra i promotori del Congresso mondiale per la libertà di ricerca scientifica e ne rimane il coordinatore.
Nel 2005 è stato rieletto segretario dell'Associazione Luca Coscioni. È stato candidato alle politiche del 9 e 10 aprile nelle liste della Rosa nel Pugno per la camera dei deputati ed è stato conseguentemente proclamato eletto per la circoscrizione Piemonte I.
A settembre 2006, su iniziativa di Marco Pannella, sostiene il radicale Piergiorgio Welby, malato di distrofia e co-presidente dell'associazione Luca Coscioni, a chiedere il distacco del respiratore, prima attraverso un videoappello di Welby al Presidente della Repubblica Giorgio Napolitano (al quale il Presidente risponde) e poi con una serie di azioni giudiziarie e nonviolente (lo sciopero della fame di Cappato durerà 17 giorni), riscuotendo l'attenzione dell'opinione pubblica di tutto il mondo fino ad ottenere il 20 dicembre 2006 l'interruzione delle terapie sotto sedazione con l'assistenza dell'anestesista Mario Riccio e l'avvocato Giuseppe Rossodivita. L'anno successivo un altro malato Giovanni Nuvoli chiede di sospendere la ventilazione artificiale con l'aiuto dell'anestesista radicale Tommaso Ciacca, che sarà però bloccato dalle forze dell'ordine, costringendo Nuvoli a morire dopo 8 giorni di auto-sospensione della nutrizione e idratazione.
Secondo mandato e l'attivismo civile internazionale
L'8 maggio 2006 si dimette dal Parlamento italiano per tornare a ricoprire le funzioni di europarlamentare, essendo subentrato ad Emma Bonino, dimissionaria in quanto optante per la carica di deputato e ministro italiano. All'europarlamento, s'iscrive al gruppo dell'ALDE. È membro della Commissione per gli affari esteri e della Delegazione per le relazioni con i paesi del Mashrek. Il 18 marzo 2007 manifesta a L'Avana (Cuba) con i suoi compagni assieme alle Damas De Blanco, le mogli dei prigionieri politici.
Il 27 maggio 2007 è arrestato a Mosca mentre era alla testa di una delegazione radicale che, assieme a parlamentari di altri gruppi, voleva consegnare al sindaco Luzhkov una lettera firmata da 50 deputati europei e italiani che sollecitava le autorità ad autorizzare lo svolgimento del Gay pride moscovita. Mentre distribuiscono il volantino col testo della lettera, un gruppo di naziskin li aggredisce violentemente. La polizia russa, anziché proteggere gli aggrediti, provvede ad arrestarli. È scarcerato dopo qualche ora senza processo, benché abbia chiesto di esservi sottoposto al pari dei Radicali moscoviti.