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La seconda stagione della serie televisiva X-Files è andata in onda negli Stati Uniti dal 16 settembre 1994 al 19 maggio 1995 su Fox.
In Italia la stagione è stata trasmessa dall'8 ottobre 1995 al 5 novembre 1996 su Italia 1. Nella sua prima trasmissione italiana non è stato seguito l'ordine cronologico originale degli episodi; in particolare l'ultimo episodio è stato trasmesso circa a metà della stagione successiva, seguito dagli episodi 3x01 e 3x02 con i quali forma una storia unica.
nºTitolo originaleTitolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia 1 Little Green Men Uomini verdi 16 settembre 1994 8 ottobre 1995 2 The Host L'ospite in corpo 23 settembre 1994 3 Blood Fobie assassine 30 settembre 1994 15 ottobre 1995 4 Sleepless Insonnia 7 ottobre 1994 5 Duane Barry Ostaggi 14 ottobre 1994 22 ottobre 1995 6 Ascension Lo scambio 21 ottobre 1994 7 3 Giochi di sangue 4 novembre 1994 29 ottobre 1995 8 One Breath L'ultimo respiro 11 novembre 1994 9 Firewalker Dentro il vulcano 18 novembre 1994 5 novembre 1995 10 Red Museum DNA sconosciuto 9 dicembre 1994 11 Excelsis Dei Excelsis dei 16 dicembre 1994 12 novembre 1995 12 Aubrey Il gene del male 6 gennaio 1995 13 Irresistible Insospettabile 13 gennaio 1995 19 novembre 1995 14 Die Hand die Verletzt La pelle del diavolo 27 gennaio 1995 7 dicembre 1995 15 Fresh Bones Misteri voodoo 3 febbraio 1995 3 dicembre 1995 16 Colony L'invasione dei cloni 10 febbraio 1995 26 novembre 1995 17 End Game L'ultimo alieno 17 febbraio 1995 18 Fearful Symmetry Voli nella luce 24 febbraio 1995 3 dicembre 1995 19 Død Kalm Calma irreale 10 marzo 1995 19 novembre 1995 20 Humbug Strane ferite 31 marzo 1995 10 dicembre 1995 21 The Calusari Il gemello dannato 14 aprile 1995 22 F. Emasculata L'insetto assassino 28 aprile 1995 17 dicembre 1995 23 Soft Light Luci diffuse 5 maggio 1995 24 Our Town La nostra città 12 maggio 1995 7 gennaio 1996 25 Anasazi Anasazi 19 maggio 1995 5 novembre 1996
Uomini verdi Titolo originale: Little Green Men Diretto da: David Nutter Scritto da: Glen Morgan e James Wong Trama Con il progetto X-Files ufficialmente chiuso, Mulder e Scully ritornano alle indagini dell'FBI. Ma gli agenti, abituati ad avere a che fare con casi straordinari che coinvolgevano extraterrestri e il paranormale, a malapena riescono a celare la loro noia. Credendo di essere sorvegliati dall'agenzia, i due si incontrano nel parcheggio del Watergate Hotel. Là Mulder confessa a Scully di essere depresso per la missione della sua vita, trovare le prove che confermino che sua sorella è stata rapita dagli alieni anni prima. Si lamenta che malgrado i numerosi incontri con degli UFO, ancora non possiede nessuna prova fisica che provi l'esistenza degli extraterrestri. Egli sta perdendo interesse nella ricerca della verità, più tardi viene mandato a chiamare al Campidoglio dal Senatore Richard Matheson, un sostenitore degli X-Files, che lo rende partecipe di un grande segreto: presso un radio telescopio abbandonato a Porto Rico c'è stato un incontro con un UFO. Mulder vola immediatamente sull'isola, sperando di battere sul tempo un gruppo di ricercatori di UFO dei Berretti Blu prima che riescano a requisire le prove dell'avvenuto contatto. Riesce a forzare e ad entrare nell'edificio, dove scopre un registratore con una bobina che sta girando. Un portoricano terrorrizzato di nome Jorge disegna a Mulder un'immagine di un extraterrestre che ha visto sul luogo. Quando quest'ultimo non si presenta al lavoro, Scully comincia ad investigare. Ispeziona il suo appartamento e scopre un pezzo di carta contenente un Wow Signal, una trasmissione radio dallo spazio profondo contenente una trasmissione codificata trenta volte più forte del rumore di fondo galattico sulla frequenza di 21 cm che non può essere utilizzata da alcun satellite artificiale. Il dottor Kip Troitsky dice a Scully che solo pochi radiotelescopi sono attivamente impegnati nella ricerca di tali segnali. Scully cerca una prenotazione nelle liste passeggeri delle compagnie aeree e ne trova una contenente lo pseudonimo di Mulder, George E. Hale. Quel volo era per Porto Rico. I progressi di Scully subiscono un rallentamento quando arriva sull'isola. Diventa più preoccupata quando si accorge che gli agenti dell'FBI la stanno seguendo. Mulder e Jorge ascoltano la bobina mentre la forza dell'uragano si intensifica. Improvvisamente, Jorge sente dei rumori che lo terrorizzano e scappa fuori dall'edificio. Mulder lo insegue, ma dopo una rapida ricerca scopre il corpo dell'uomo, l'espressione sulla sua faccia è il ritratto della paura, come se fosse stato spaventato a morte. Sentendosi più isolato che mai, Mulder registra i suoi pensieri in un nastro. Si chiede ad alta voce cosa farebbe se si trovasse davvero faccia a faccia con una forma di vita extraterrestre. Poco dopo, un'intensa, accecante forza fa dondolare l'edificio. Mulder guarda, spaventato, mentre un alieno cammina verso di lui. E viene sommerso da una luce accecante. Quando Mulder riacquista i sensi, Scully è al suo fianco. Ma si accorgono presto che i Berretti Blu sono arrivati. Certi del fatto che i Berretti Blu li uccideranno, i due salgono su una jeep li vicino e si lanciano nella foresta. I Berretti Blu aprono il fuoco, colpendo la jeep. Ma Mulder guidando meglio di loro riesce a scappare. Quando ritornano a Washington, Mulder viene ripreso da Skinner per essere mancato al lavoro. Mulder ribatte dicendo che il suo telefono era stato intercettato illegalmente. Viene concesso a Mulder di tornare al lavoro. Più tardi, lui e Scully ascoltano la bobina, solo per scoprire che è completamente vuota. Altri interpreti: Mitch Pileggi (Walter Skinner), Mike Gomez (Jorge Concepcion), Raymond J. Barry (Senator Richard Matheson), William B. Davis (L'Uomo che Fuma), Les Carlson (Dott. Troisky), Marcus Turner (Fox Mulder a 12 anni), Vanessa Morley (Samantha Mulder a 8 anni), Fulvio Cecere (Aiutante), Deryl Hayes (Agente Morris), Dwight McFee (Comandante), Lisa Anne Beley (Studente), Gary Hetherington (Lewin), Bob Wilde (Rand).
L'ospite in corpo Titolo originale: The Host Diretto da: Daniel Sackheim Scritto da: Chris Carter Trama L'equipaggio a bordo di un cargo russo diretto nel New Jersey incontra un feroce mostro umanoide appostato all'interno dei serbatoi delle fognature. Dopo che la bestia ha trascinato un membro dell'equipaggio verso la sua morte, viene dato l'ordine di svuotare i serbatoi. Un po' di tempo dopo, Mulder viene tolto dal suo lavoro di sorveglianza mondana e viene assegnato alle indagini del caso riguardante una morte misteriosa nel New Jersey. Viene condotto sotto le strade di Newark, nelle fognature, dove ispeziona il cadavere di un operaio. Offeso per essere stato assegnato ad un altro caso insignificante, che crede essere un omicidio collegato alla droga, Mulder si confronta con il vicedirettore Skinner. Quest'ultimo gli ricorda che gli X-Files sono stati chiusi. Mulder più tardi confessa a Scully l'intenzione di lasciare l'agenzia per potere perseguire i suoi interessi sul paranormale.A questo punto, Scully insiste per voler vedere il corpo e dopo le prime rimostranze di Mulder riesce a convincerlo. Mentre compie l'autopsia sul cadavere recuperato nelle fogne del New Jersey, scopre una strana creatura simile ad un verme che scivola all'interno del cadavere. Nel frattempo, un altro operaio viene attaccato dalla creatura che si nasconde nelle fogne. Questa volta la vittima sopravvive. Mulder e un medico dell'ospedale, il dottor Zenzola, ispezionano una ferita sulla schiena dell'operaio. Incerti su cosa avrebbe potuto lasciare quel segno, Mulder e il dottore dimettono l'uomo. Ma quando l'operaio torna a casa, un verme parassita si apre una strada per uscire dal suo corpo, uccidendo il suo ospite nell'operazione. Mulder va a fare visita all'impianto di depurazione delle fognature. Un anziano impiegato di nome Charlie scopre una creatura umanoide che nuota in una pozza di sedimentazione. Terrorrizzato, svuota il sistema, catturando la creatura nel processo che viene poi rinchiusa in una cella. Con la creatura in custodia, Mulder va a far visita a Skinner. Egli afferma che se il caso fosse stato trattato come un X-File fin dall'inizio, la vita del lavoratore avrebbe potuto essere salvata. Skinner dice a Mulder che la creatura sarà messa in un istituto, e conviene con lui che il caso poteva essere catalogato come un X-File. La creatura tuttavia, riesce a scappare e a rifugiarsi all'interno di un serbatoio chimico vicino a un campeggio, venendo poi accidentalmente risucchiata in un'autocisterna e portata via. Nel frattempo, Mulder riceve dei misteriosi messaggi da un ufficiale governativo altolocato che afferma che la riabilitazione degli X-Files dipende dal suo successo in questo caso. Mulder rintraccia la creatura presso un impianto per il trattamento dei rifiuti. Scully lo avverte che il parassita rinvenuto all'interno del cadavere è davvero una larva in incubazione, il che significa che la creatura sta cercando di riprodursi. L'agente e un caposquadra strisciano all'interno di un tunnel sperando di localizzare la creatura, la quale improvvisamente salta fuori dall'acqua afferrando il caposquadra e trascinandolo sotto il fango. Il caposquadra riemerge, alla ricerca di aria. A questo punto la creatura tenta di dirigersi verso un tubo per lo sfogo, che sbocca sul mare. Mulder va ad agire su una leva arrugginita nel tentativo di chiudere la fuga alla creatura, ma nell'operazione il cancello di metallo cade sulla creatura tagliandola in due parti. Più tardi, Mulder si incontra con Scully, che gli mostra una fotografia che collega la creatura all'incidente avvenuto al reattore nucleare di Černobyl' in Ucraina (allora parte dell'Unione Sovietica). La scena finale mostra la creatura, che prima era stata tagliata in due, che rinviene.
Altri interpreti: Mitch Pileggi (Walter Skinner), Darin Morgan (Flukeman), Matthew Bennett (Operaio numero 1), Freddy Andreiuci (Ispettore Norman), Don MacKay (Charlie), Marc Baur (Agente Brisentine), Gabrielle Rose (Dott. Zenzola), Ron Sauvé (Ray), Dmitri S. Boudrine (Ingegnere Russo), Raoul Ganeev (Dmitri), William MacDonald (Maresciallo Federale), Benjamin Glenday (Marinaio Russo numero 2), Hrothgar Mathews (Uomo al telefono), Steven Williams (Mister X). Note: la trama dell'episodio è ispirata alla leggenda metropolitana che vuole le fogne di New York abitate da coccodrilli.
Fobie assassine Titolo originale: Blood Diretto da: David Nutter Scritto da: Darin Morgan (soggetto); Glen Morgan e James Wong (sceneggiatura) Trama Ed Funsch è un ragazzo normale che ha un lavoro normale nell'Ufficio Postale degli Stati Uniti a Franklyn, Pennsylvania. Un giorno il suo supervisore gli dà delle brutte notizie: a causa di una riduzione di personale, Ed è stato licenziato. Anche se depresso per le sue prospettive per il futuro, Ed ritorna al suo posto presso la macchina ordinatrice dei codici postali. Mentre fissa il display digitale dell'apparecchiatura i numeri diventano lettere dell'alfabeto e formano delle parole. Invece di vedere i codici postali, Ed legge il messaggio: "Uccidili tutti".