Lindice sistematico dei nudibranchia ha subito nel tempo notevoli evoluzioni, in quanto gli studi morfologici e le analisi di sequenziamento del DNA hanno portato a sostanziali modifiche nei rapporti filogenetici delle varie famiglie e generi.

Ordinamento secondo Thiele (1931) In passato molti tassonomisti considerarono i Nudibranchia come ordine, basandosi sui lavori di Johannes Thiele (1931), che sviluppò quanto espresso precedentemente da Henri Milne-Edwards (1848).

Ordine Nudibranchia Infraordine Anthobranchia Superfamiglia Doridoidea Superfamiglia Doridoxoidea Superfamiglia Onchidoridoidea Superfamiglia Polyceroidea Infraordine Cladobranchia Superfamiglia Aeolidioidea Superfamiglia Arminoidea Superfamiglia Dendronotoidea Superfamiglia Metarminoidea

I doridi (infraordine Anthobranchia) hanno le seguenti caratteristiche: il ciuffo branchiale forma un pennacchio sulla parte posteriore del collo, vicino agli occhi. Le frange sul mantello non contengono alcun dotto intestinale.

Gli eolidi (infraordine Cladobranchia) hanno le seguenti caratteristiche: invece del ciuffo branchiale presentano cerata. Solo le specie dei Cladobranchia sono caratterizzate dalla presenza di zooxantelle.

Traité de Zoologie di Grassé (1959) Quello fornito di seguito è la classificazione basata sul Traité de zoologie, anatomie, systématique, biologie che riporta un ordinamento classico e superato dagli studi più recenti. o └─o Nudibranchia (ordine) ├─o Doridacea (sottordine) │ ├─o Gnathodoridoidea (superfamiglia) │ │ ├─o Doridoxidae │ │ │ └───o Doridoxa │ │ └─o Bathydorididae │ │ ├──o Bathydoris │ │ └──o Prodoris │ ├─o Anadoridoidea (superfamiglia) │ │ ├──o Corambidae (famiglia) │ │ │ ├──o Corambinae (sottofamiglia) │ │ │ │ ├──o Corambe │ │ │ │ ├──o Corambella │ │ │ │ ├──o Doridella │ │ │ │ ├──o Hypobranchiaea │ │ │ │ ├──o Neocorambe │ │ │ │ ├──o Paracorambe │ │ │ │ └──o Quasicorambe │ │ │ └──o Loyinae │ │ │ ├──o Loy │ │ │ ├──o Proloy │ │ │ └──o Psammodoris │ │ ├──o Goniodorididae (famiglia) │ │ │ ├─────o Murphydoris │ │ │ ├─────o Sakishimaia │ │ │ ├─────o Teshia │ │ │ ├──o Goniodoridinae (sottofamiglia) │ │ │ │ ├──o Goniodoris │ │ │ │ ├──o Goniodoridella │ │ │ │ ├──o Lophodoris │ │ │ │ └──o Pelagella │ │ │ ├──o Okeniinae (sottofamiglia) │ │ │ │ ├──o Cargoa │ │ │ │ ├──o Okenia │ │ │ │ ├──o Idaliella │ │ │ │ ├──o Idalina │ │ │ │ └──o Okenia │ │ │ ├──o Anculinae (sottofamiglia) │ │ │ │ ├──o Ancula │ │ │ │ ├──o Bermudella │ │ │ │ ├──o Drepania │ │ │ │ ├──o Drepanida │ │ │ │ ├──o Drepaniella │ │ │ │ ├──o Eucrairia │ │ │ │ ├──o Miranda │ │ │ │ ├──o Spahria │ │ │ │ └──o Trapania │ │ │ └──o Hopkinsiinae (sottofamiglia) │ │ │ ├──o Hopkinsia │ │ │ └──o Hopkinsiella │ │ ├──o Akiodorididae (famiglia) │ │ │ ├─────o Akiodoris │ │ │ ├─────o Armodoris │ │ │ ├─────o Doridunculus │ │ │ ├─────o Echinocorambe │ │ │ └─────o Prodoridunculus │ │ ├──o Onchidorididae (famiglia) │ │ │ ├─────o Acanthodoris │ │ │ ├─────o Adalaria │ │ │ ├─────o Ancylodoris │ │ │ ├─────o Arctadalaria │ │ │ ├─────o Atalodoris │ │ │ ├─────o Calycidoris │ │ │ ├─────o Diaphorodoris │ │ │ ├─────o Lamellidoris │ │ │ ├─────o Onchidoris │ │ │ ├─────o Proctaporia │ │ │ └─────o Villiersia │ │ ├──o Triophidae (famiglia) │ │ │ ├──o Triophinae (sottofamiglia) │ │ │ │ ├──o Cabrilla │ │ │ │ ├──o Crimora │ │ │ │ ├──o Euplocamus │ │ │ │ ├──o Heteroplocamus │ │ │ │ ├──o Histiophorus │ │ │ │ ├──o Holoplocamus │ │ │ │ ├──o Joubiniopsis │ │ │ │ ├──o Kaloplocamus │ │ │ │ ├──o Peplidia │ │ │ │ ├──o Plocamopherus │ │ │ │ └──o Triopha │ │ │ └──o Kalinginae (sottofamiglia) │ │ │ ├──o Brachychlanis │ │ │ └──o Kalinga │ │ ├──o Aegiridae (famiglia) │ │ │ ├─────o Aegires │ │ │ ├─────o Notodoris │ │ │ ├─────o Serigea │ │ │ └─────o Triopella │ │ ├──o Polyceridae (famiglia) │ │ │ ├─────o Cladophora │ │ │ ├─────o Colga │ │ │ ├─────o Cufaea │ │ │ ├─────o Esuriospinax │ │ │ ├─────o Euphurus │ │ │ ├─────o Folietta │ │ │ ├─────o Galacera │ │ │ ├─────o Greilada │ │ │ ├─────o Issa │ │ │ ├─────o Issena │ │ │ ├─────o Kankelibranchus │ │ │ ├─────o Laila │ │ │ ├─────o Limacia │ │ │ ├─────o Ohola │ │ │ ├─────o Palio │ │ │ ├─────o Phanerobranchus │ │ │ ├─────o Polycera │ │ │ ├─────o Polycerella │ │ │ ├─────o Thecacera │ │ │ ├─────o Themisto │ │ │ └─────o Triopa │ │ ├──o Gymnodorididae (famiglia) │ │ │ ├─────o Analogium │ │ │ ├─────o Gymnodoris │ │ │ ├─────o Kentiella │ │ │ ├─────o Lamellana │ │ │ ├─────o Lecithophorus │ │ │ ├─────o Nembrotha │ │ │ ├─────o Paliolla │ │ │ ├─────o Rhodigina │ │ │ ├─────o Roboastra │ │ │ ├─────o Stenodoris │ │ │ ├─────o Tambja │ │ │ └─────o Trevelyana │ │ ├──o Fucolidae (famiglia) │ │ │ └─────o Fucola │ │ ├──o Vayssiereidae (famiglia) │ │ │ ├─────o Okadaia │ │ │ ├─────o Pellibranchus │ │ │ └─────o Vayssierea │ │ └──o Rhodopidae (famiglia) │ │ ├─────o Helminthope │ │ ├─────o Rhodope │ │ └─────o Rhodoplana │ ├─o Eudoridoidea (superfamiglia) │ │ ├────────o Goslineria │ │ ├────────o Pharodoris │ │ ├──o Hexabranchidae (famiglia) │ │ │ ├─────o Aethedoris │ │ │ ├─────o Heptabranchus │ │ │ └─────o Hexabranchus │ │ ├──o Cadlinidae (famiglia) │ │ │ ├──o Cadlininae (sottofamiglia) │ │ │ │ ├──o Cadlina │ │ │ │ ├──o Cadlinella │ │ │ │ ├──o Jeanrisbecia │ │ │ │ └──o Juanella │ │ │ └──o Lissodoridinae (sottofamiglia) │ │ │ └──o Lissodoris │ │ ├──o Chromodorididae (famiglia) │ │ │ ├─────o Albania │ │ │ ├─────o Ardeadoris │ │ │ ├─────o Babaina │ │ │ ├─────o Berlanguella │ │ │ ├─────o Casella │ │ │ ├─────o Ceratodoris │ │ │ ├─────o Chromodoridella │ │ │ ├─────o Chromodoris │ │ │ ├─────o Chromolaichma │ │ │ ├─────o Crepidoris │ │ │ ├─────o Digidentis │ │ │ ├─────o Diversidoris │ │ │ ├─────o Doriprismatica │ │ │ ├─────o Durvilledoris │ │ │ ├─────o Echinodoris │ │ │ ├─────o Felimare │ │ │ ├─────o Felimida │ │ │ ├─────o Glossodoris │ │ │ ├─────o Goniobranchus │ │ │ ├─────o Gruvelia │ │ │ ├─────o Hemidoris │ │ │ ├─────o Hypselodoris │ │ │ ├─────o Mexichromis │ │ │ ├─────o Noumea │ │ │ ├─────o Otinodoris │ │ │ ├─────o Pectenodoris │ │ │ ├─────o Risbecia │ │ │ ├─────o Rosodoris │ │ │ ├─────o Thorunna │ │ │ ├─────o Tyrinna │ │ │ └─────o Verconia │ │ ├──o Actinocyclidae (famiglia) │ │ │ ├─────o Actinocyclus │ │ │ ├─────o Halla │ │ │ ├─────o Hallaxa │ │ │ └─────o Sphaerodoris │ │ ├──o Miamiridae (famiglia) │ │ │ ├─────o Ceratosoma │ │ │ ├─────o Gravieria │ │ │ ├─────o Miamira │ │ │ └─────o Orodoris │ │ ├──o Conualeviidae (famiglia) │ │ │ ├──o Conualeviinae (sottofamiglia) │ │ │ │ └──o Conualevia │ │ │ └──o Inudinae (sottofamiglia) │ │ │ └──o Inuda │ │ ├──o Aldisidae (famiglia) │ │ │ └─────o Aldisa │ │ ├──o Rostangidae (famiglia) │ │ │ ├─────o Boreodoris │ │ │ ├─────o Rhabdochila │ │ │ └─────o Rostanga │ │ ├──o Dorididae (famiglia) │ │ │ ├─────o Nophodoris │ │ │ ├──o Doridinae (sottofamiglia) │ │ │ │ ├──o Austrodoris │ │ │ │ ├──o Doridigitata │ │ │ │ ├──o Doriorbis │ │ │ │ ├──o Doris │ │ │ │ ├──o Percunas │ │ │ │ ├──o Pupsikus │ │ │ │ ├──o Siraius │ │ │ │ └──o Thorybopus │ │ │ └──o Artachaeinae (sottofamiglia) │ │ │ ├──o Alloiodoris │ │ │ ├──o Artachaea │ │ │ └──o Staurodoris │ │ ├──o Archidorididae (famiglia) │ │ │ ├─────o Anoplodoris │ │ │ ├─────o Archidoris │ │ │ ├─────o Atagema │ │ │ ├─────o Ctenodoris │ │ │ ├─────o Etidoris │ │ │ ├─────o Glossodoridiformia │ │ │ ├─────o Guyonia │ │ │ ├─────o Peronodoris │ │ │ ├─────o Petelodoris │ │ │ ├─────o Phlegmodoris │ │ │ └─────o Trippa │ │ ├──o Geitodorididae (famiglia) │ │ │ ├─────o Carryodoris │ │ │ └─────o Geitodoris │ │ ├──o Homoeodorididae (famiglia) │ │ │ └─────o Homoeodoris │ │ ├──o Baptodorididae (famiglia) │ │ │ ├─────o Baptodoris │ │ │ ├─────o Carminodoris │ │ │ ├─────o Dystylodoris │ │ │ └─────o Paradoris │ │ ├──o Discodorididae (famiglia) │ │ │ ├──o Taringinae (sottofamiglia) │ │ │ │ ├──o Taringa │ │ │ │ └──o Tayuva │ │ │ ├──o Neodoridinae (sottofamiglia) │ │ │ │ └──o Neodoris │ │ │ └──o Discodoridinae (sottofamiglia) │ │ │ ├──o Anisodoris │ │ │ ├──o Aporodoris │ │ │ ├──o Diaulula │ │ │ ├──o Discodoris │ │ │ ├──o Erythrodoris │ │ │ ├──o Fracassa │ │ │ ├──o Montereina │ │ │ ├──o Nirva │ │ │ ├──o Nuvuca │ │ │ ├──o Peltodoris │ │ │ ├──o Phialodoris │ │ │ ├──o Sebadoris │ │ │ └──o Thordisa │ │ ├──o Kentrodorididae (famiglia) │ │ │ ├─────o Audura │ │ │ ├─────o Awuka │ │ │ ├─────o Jorunna │ │ │ └─────o Kentrodoris │ │ ├──o Asteronotidae (famiglia) │ │ │ ├─────o Aphelodoris │ │ │ ├─────o Asteronotus │ │ │ ├─────o Dictyodoris │ │ │ ├─────o Halgerda │ │ │ └─────o Sclerodoris │ │ └──o Platydorididae (famiglia) │ │ ├──o Platydoridinae (sottofamiglia) │ │ │ ├──o Argus │ │ │ ├──o Gargamella │ │ │ └──o Platydoris │ │ └──o Hoplodoridinae (sottofamiglia) │ │ ├──o Hoplodoris │ │ └──o Xenodoris │ └─o Porodoridoidea (superfamiglia) │ ├──o Phyllidiidae (famiglia) │ │ ├─────o Ceratophyllidia │ │ ├─────o Fryeria │ │ ├─────o Phyllidia │ │ ├─────o Phyllidiella │ │ ├─────o Phyllidiopsis │ │ ├─────o Reticulidia │ │ └─────o Reyfria │ ├──o Dendrodorididae (famiglia) │ │ ├─────o Dendrodoris │ │ ├─────o Doridopsis │ │ ├─────o Doriopsilla │ │ ├─────o Doriopsis │ │ └─────o Rhacodoris │ └──o Mandeliidae (famiglia) │ └─────o Mandelia ├─o Dendronotacea (sottordine) │ ├────o Tritoniidae (famiglia) │ │ ├─────o Candiella │ │ ├─────o Candellista │ │ ├─────o Duvaucelia │ │ ├─────o Lateribranchiaea │ │ ├─────o Marionia │ │ ├─────o Marioniopsis │ │ ├─────o Microlophus │ │ ├─────o Myrella │ │ ├─────o Nemocephala │ │ ├─────o Paratritonia │ │ ├─────o Sphaerostoma │ │ ├─────o Tochuina │ │ ├─────o Tritonia │ │ ├─────o Tritonidoxa │ │ ├─────o Tritoniella │ │ ├─────o Tritoniopsilla │ │ └─────o Tritoniopsis │ ├────o Marianinidae (famiglia) │ │ ├─────o Aranucus │ │ ├─────o Diplopelycia │ │ ├─────o Mariana │ │ └─────o Marianina │ ├────o Lomanotidae (famiglia) │ │ ├─────o Eumenis │ │ └─────o Lomanotus │ ├────o Scyllaeidae (famiglia) │ │ ├─────o Crosslandia │ │ ├─────o Nerea │ │ ├─────o Notobryon │ │ ├─────o Scyllaea │ │ └─────o Zoopterygius │ ├────o Hancockiidae (famiglia) │ │ ├─────o Govia │ │ ├─────o Hancockia │ │ └─────o Iduliana │ ├────o Dendronotidae (famiglia) │ │ ├─────o Amphitrite │ │ ├─────o Amphitritidea │ │ ├─────o Campaspe │ │ └─────o Dendronotus │ ├────o Bornellidae (famiglia) │ │ ├─────o Bornella │ │ ├─────o Bornellopsis │ │ └─────o Pseudobornella │ ├────o Tethydidae Rafinesque, 1815 (famiglia) │ │ ├─────o Chioraera Gould, 1852 │ │ ├─────o Fimbria Bohadsch, 1761 │ │ ├─────o Jacunia Philippi, 1867 │ │ ├─────o Melibaea Rang, Forbes, 1838 │ │ ├─────o Melibe Rang, 1829 │ │ ├─────o Phoenicurum Rudolphi, 1819 │ │ ├─────o Propemelibe Allan, 1932 │ │ └─────o Tethys Linnaeus, 1767 │ ├────o Dotidae Gray, 1853 (famiglia) │ │ ├─────o Caecinella Bergh, 1870 │ │ ├─────o Dotilla Bergh, 1879 │ │ ├─────o Doto Oken, 1815 │ │ ├─────o Dotona Iredale, 1918 │ │ ├─────o Gellina Gray, 1850 │ │ ├─────o Heromorpha Bergh, 1873 │ │ ├─────o Idulia Leach, 1852 │ │ ├─────o Iduliella Thiele, 1931 │ │ └─────o Miesea Marcus, 1961 │ └────o Phylliroidae Férussac, 1821 (famiglia) │ ├─────o Acura H. & A. Adams, 1855 │ ├─────o Boopsis Pierantoni, 1923 │ ├─────o Cephalopyge Hanel, 1905 │ ├─────o Ctilopsis André, 1906 │ ├─────o Dactylopus Bonnevie, 1921 │ ├─────o Eurydice Eschscholtz, 1825 │ ├─────o Nectophylliroe Hoffmann, 1922 │ └─────o Phylliroe Péron & Lesueur, 1810 ├─o Arminacea Odhner, 1934 (sottordine) │ ├─o Euarminoidea Odhner in Franc, 1968 (superfamiglia) │ │ ├──o Heterodorididae Fischer, 1883 (famiglia) │ │ │ ├─────o Atthila Bergh, 1900 │ │ │ └─────o Heterodoris Verrill & Emerton, 1882 │ │ ├──o Doridomorphidae Odhner in Franc, 1968 (famiglia) │ │ │ ├─────o Doridoeides Eliot & Evans, 1908 │ │ │ └─────o Doridomorpha Eliot, 1906 │ │ ├──o Arminidae Iredale & O'Donoghue, 1923 (famiglia)