Egli era il secondo figlio di Giovanni Guglielmo di Sassonia-Weimar (1530 – 1573) e di Dorotea Susanna di Simmern (1544 – 1592).
Biografia Suo padre morì nel 1573, quando Giovanni aveva solo tre anni. Dal momento che il suo fratello maggiore Federico Guglielmo non aveva ancora raggiunto la maggiore età, il Ducato di Sassonia-Weimar (il ducato di Weimar era stato originariamente destinato a Giovanni) venne governato da una reggenza. Nel 1586 suo fratello raggiunse la maggiore età e poté governare il ducato da solo, inclusa Weimar. In ogni caso, egli morì nel 1602 e l'intero ducato venne ereditato da Giovanni, perché i suoi nipoti (figli di suo fratello) non avevano ancora raggiunto la maggiore età.
Giovanni era molto più interessato alle scienze naturali ed all'arte che non alla politica, e vi si dedicò solo prendendo parte alla reggenza per i nipoti Giovanni Filippo e Federico Guglielmo. Ma quando questi ultimi avanzarono delle pretese sulla loro eredità nel 1603, egli respinse la loro richiesta. Alla fine Giovanni concluse con i nipoti un trattato di divisione del ducato: il Ducato di Altenburg venne ceduto ai discendenti di Federico Guglielmo I e quello di Weimar-Jena venne mantenuto per Giovanni ed i suoi discendenti.
La linea di Sassonia-Altenburg si estinse nel 1672, e tutta l'eredità passò per matrimonio ai Sassonia-Weimar, discendenti di Giovanni.
Matrimonio e successioni Ad Altenburg, il 7 gennaio 1593, Giovanni sposò Dorotea Maria di Anhalt (Dessau, 2 luglio 1574 – Weimar, 18 luglio 1617) dalla quale ebbe dodici figli:
Giovanni Ernesto (1594 – 1626), duca di Sassonia-Weimar Giovanni Guglielmo (1595), deceduto poco dopo la nascita; Federico (1596 – 1622), duca di Sassonia-Weimar; Giovanni (31 marzo 1597 – 6 ottobre 1604); Guglielmo (1598 – 1662), duca di Sassonia-Weimar; Gemello del precedente (1598), nato morto; Alberto (1599 – 1644), duca di Sassonia-Eisenach; Giovanni Federico di Sassonia-Weimar (1600 – 1628), duca di Sassonia-Weimar; Ernesto (1601 – 1675), duca di Sassonia-Gotha; Federico Guglielmo di Sassonia-Weimar (1603 – 1619), duca di Sassonia-Weimar; Bernardo (1604 – 1639), duca di Sassonia-Weimar; Giovanna (14 aprile 1606 – 3 luglio 1609).
Ascendenza
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