Carriera Cresciuto nel Partizan di Belgrado, nel 1993 si trasferisce in Grecia a causa delle guerre jugoslave. Lì il PAOK di Salonicco gli offre un contratto mentre Nesterovič ottiene anche la nazionalità greca. Nel 1995 torna in Slovenia, dove viene ingaggiato dall'Olimpia Lubiana.

Nel 1997-98 è ingaggiato dalla Kinder Bologna con la quale vince Campionato ed Eurolega. Nel draft NBA 1998 viene invece scelto dai Minnesota Timberwolves, ma rimane anche per la stagione 1998-99 in Italia. Con la squadra di Ettore Messina Nesterovič vince tre trofei: nel 1998 la Virtus vince sia il campionato italiano che l'Eurolega, nel 1999 si accontenta della Coppa Italia.

Approda negli Stati Uniti nel 1999-2000. Rimane a Minnesota fino al 2002-2003, quando viene ceduto ai San Antonio Spurs. Con la franchigia texana vince un titolo NBA nel 2005. Nel 2006-2007 viene ceduto ai Toronto Raptors in cambio di Matt Bonner ed Eric Williams.

Nel 2008 viene ceduto agli Indiana Pacers.

Nel 2009 torna, da free agent, ai Toronto Raptors, ed alla fine della stagione torna in Europa, nel campionato greco, nelle file dell'Olympiacos.

Il 2 settembre 2011 annuncia il suo ritiro dal basket all'età di 35 anni.

È stato capitano della nazionale slovena.

Statistiche NBA Regular Season

| align="left"|1998-1999 | align="left"| | 2 || 0 || 15,0 || 25,0 || - || 100 || 4,0 || 0,5 || 0,0 || 0,0 || 4,0 |- | align="left"|1999-2000 | align="left"| | 82 || 55 || 21,0 || 47,6 || 0,0 || 57,3 || 4,6 || 1,1 || 0,3 || 1,0 || 5,7 |- | align="left"|2000-2001 | align="left"| | 73 || 39 || 16,9 || 46,1 || 0,0 || 52,3 || 3,9 || 0,6 || 0,3 || 0,9 || 4,5 |- | align="left"|2001-2002 | align="left"| | 82 || 82 || 27,0 || 49,3 || 0,0 || 54,9 || 6,5 || 0,9 || 0,5 || 1,3 || 8,4 |- | align="left"|2002-2003 | align="left"| | 77 || 77 || 30,4 || 52,5 || 0,0 || 64,2 || 6,5 || 1,5 || 0,5 || 1,5 || 11,2 |- | align="left"|2003-2004 | align="left"| | 82 || 82 || 28,7 || 46,9 || - || 47,4 || 7,7 || 1,4 || 0,6 || 2,0 || 8,7 |- | style="text-align:left;background:#afe6ba;"|2004-2005† | align="left"| | 70 || 70 || 25,5 || 46,0 || - || 46,7 || 6,6 || 1,0 || 0,4 || 1,7 || 5,9 |- | align="left"|2005-2006 | align="left"| | 80 || 51 || 18,9 || 51,5 || 0,0 || 60,0 || 3,9 || 0,4 || 0,3 || 1,1 || 4,5 |- | align="left"|2006-2007 | align="left"| | 80 || 73 || 21,0 || 54,6 || 0,0 || 68,0 || 4,5 || 0,9 || 0,5 || 1,1 || 6,2 |- | align="left"|2007-2008 | align="left"| | 71 || 39 || 20,9 || 55,0 || 33,3 || 75,5 || 4,8 || 1,2 || 0,3 || 0,7 || 7,8 |- | align="left"|2008-2009 | align="left"| | 70 || 19 || 17,3 || 51,3 || 0,0 || 78,1 || 3,4 || 1,6 || 0,4 || 0,5 || 6,8 |- | align="left"|2009-2010 | align="left"| | 42 || 8 || 9,8 || 54,4 || - || 20,0 || 2,1 || 0,6 || 0,2 || 0,4 || 3,9 |- class="sortbottom" | style="text-align:center;" colspan="2"|Carriera | 811 || 595 || 22,2 || 50,2 || 7,7 || 58,5 || 5,1 || 1,0 || 0,4 || 1,2 || 6,8

Playoffs

| align="left"|1999 | align="left"| | 3 || 0 || 9,7 || 50,0 || - || - || 2,3 || 1,0 || 0,0 || 0,0 || 2,7 |- | align="left"|2000 | align="left"| | 4 || 4 || 31,5 || 44,0 || - || 50,0 || 3,3 || 1,5 || 0,8 || 1,8 || 6,3 |- | align="left"|2001 | align="left"| | 4 || 2 || 12,3 || 38,5 || - || - || 3,0 || 0,8 || 0,3 || 0,8 || 2,5 |- | align="left"|2002 | align="left"| | 3 || 3 || 30,7 || 48,4 || - || 44,4 || 6,7 || 1,0 || 0,3 || 0,0 || 11,3 |- | align="left"|2003 | align="left"| | 6 || 6 || 28,2 || 50,0 || - || 66,7 || 5,0 || 0,7 || 0,2 || 0,7 || 7,0 |- | align="left"|2004 | align="left"| | 10 || 10 || 26,1 || 43,3 || 0,0 || 16,7 || 5,5 || 1,0 || 0,3 || 1,1 || 5,9 |- | style="text-align:left;background:#afe6ba;"|2005† | align="left"| | 15 || 0 || 7,6 || 41,7 || - || 0,0 || 1,7 || 0,1 || 0,1 || 0,3 || 0,7 |- | align="left"|2006 | align="left"| | 9 || 1 || 12,7 || 57,9 || 100 || 100 || 3,3 || 0,1 || 0,2 || 0,6 || 2,8 |- | align="left"|2007 | align="left"| | 5 || 4 || 14,2 || 46,7 || - || 100 || 4,6 || 0,6 || 0,0 || 0,4 || 3,4 |- | align="left"|2008 | align="left"| | 5 || 2 || 15,4 || 50,0 || - || 50,0 || 2,6 || 0,6 || 0,2 || 0,4 || 4,6 |- class="sortbottom" | style="text-align:center;" colspan="2"|Carriera | 64 || 32 || 17,2 || 46,8 || 50,0 || 50,0 || 3,6 || 0,6 || 0,2 || 0,6 || 4,0

Palmarès

Union Olimpija Lubiana: 1995-96, 1996-97

Virtus Bologna: 1997-98

San Antonio Spurs: 2005 NBA Western Conference: 1 San Antonio Spurs: 2005

Union Olimpija Lubiana: 1996, 1997

Virtus Bologna: 1999

Olympiacos Pireo: 2010-11

Virtus Bologna: 1997-98

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Collegamenti esterni

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