è un videogioco per Nintendo DS in cui si impersona un chocobo con lo scopo di salvare la sua isola dai piani del malvagio signore Bebuzzu, che, con l'aiuto di Irma, una ragazza dall'oscuro passato, vuole tornare alla massima potenza.

Trama La trama inizia alla fattoria Chocobo dove Shirma, l'allevatrice nonché maga bianca, sta leggendo un libro ad alcuni choboco, tra cui vi è il protagonista. A un certo punto arriva Croma, un mago nero che gestisce una libreria mobile con il suo choboco blu Blues, con un libro proveniente da lontano. Il libro ha un sigillo che il protagonista riesce ad aprire, ma questo si rivela essere Bebuzzu, il signore dell'oscurità, che ha atteso per secoli sotto forma di libro qualcuno lo liberasse. Bebuzzu risucchia dentro di esso tutti quelli che vivono nella fattoria e nel villaggio adiacente, tranne il protagonista, Shirma e Croma, poi dice di attendere l'arrivo della "donna con il sangue oscuro" e di mirare al potere dei cristalli, ed infine se ne va volando.

I tre non sanno più cosa fare, arrivando alla piazza nord del villaggio, adiacente alla fattoria, notano un palloncino a cui è legata una carta, ma troppo alto per riuscire a prenderlo, ed un libro illustrato per terra, che Shirma afferma essere uno dei suoi. Esaminando il libro (il primo volume de "L'adamantaruga e il kyactus") il protagonista ne viene risucchiato dentro, dove prende parte ad un minigioco ispirato alla storia del libro. Finendolo rivela uno dei tre epiloghi, la cui trama fa accadere qualcosa nel mondo reale: il palloncino scoppia e il protagonista riesce a prendere la carta, su cui vi è uno dei chocobo della fattoria, Ciccio. Ma prendendolo la carta scompare e Ciccio ritorna nel mondo reale, dove spiega che era intrappolato dal potere di Bebuzzu. Shirma capisce che tutti i chocobo sono dentro le carte, e anche che i libri illustrati devono aver reagito in qualche modo alla magia di Bebuzzu.

Ritornando nella piazza nord, Shirma e il protagonista (Croma e Ciccio rimangono nella fattoria) vedono due Gazze Ladre (chocobo travestiti da gazze ladre) bloccare l'accesso al libro e subito dopo arriva Irma, una ragazza dal carattere freddo, distaccato e crudele, che sfida il protagonista in una gara contro una sua gazza ladra nel libro illustrato. Il protagonista vince la sfida, e la ragazza se ne va, accennando di essere alleata di Bebuzzu. Shirma intuisce che dev'essere la donna con il sangue oscuro.

Andando nella piazza principale, il protagonista nota Irma con due chocobo suoi scagnozzi: il chocobo rosa grassoccio Peekaaboo e il choboco blu con occhiali da aviatore Greeble, dirigersi a nord, dove è situato il Monte Magma. Il protagonista li segue, ma i due chocobo bloccano il cancello che conduce al monte. Ritornando nota Ciccio che avanza con furia verso il monte e sfonda il cancello, ed inoltre dà al protagonista la Lente d'Ingrandimento Magica, che permette di sapere come sbloccare i segreti contenuti nei libri illustrati. Il protagonista arriva al monte, ma per avanzare deve entrare nel primo volume de "Titano e il Fagiolo Magico", col quale riesce a far crescere una pianta che sale per il monte. Intanto vede i due chocobo di Irma parlare con quello che parrebbe il loro capo: Volg, un chocobo nero e rosso con un'aria da veterano. Viene raggiunto da Shirma, ma i due vengono bloccati in una grotta da Behemoth, controllato da Irma, che impedisce loro di avanzare. I due fanno marcia indietro, ma all'uscita della grotta vengono fermati da Duellante X, un improbabile supereroe moguri di cui Shirma capisce subito l'identità, quella del moguri Mog. Duellante X, venuto a sapere della situazione, decide di mettere il protagonista sotto la sua ala protettrice, gli spiega il gioco di carte del videogioco e gli regala il Mazzo da Principiante (un mazzo precostruito formato da tre carte) col quale sconfigge Behemoth che rinsavisce, lasciandoli passare. All'uscita della grotta vengono di nuovo fermati da Duellante X, che spiega al protagonista le regole avanzate del gioco e scambia il Mazzo da Principiante con il Mazzo d'Allenamento (da otto carte, che però dev'essere riempito dal protagonista), e poi se ne va. Arrivati quasi alla fine del monte, i due incontrano Irma, che col potere fornitogli da Bebuzzu riesce a evocare un getto di lava che blocca il passaggio. Il protagonista riesce ad eliminarlo entrando nel primo volume de "Il brutto chocobroccolo". Arrivati in cima, i due scoprono il Cristallo del Fuoco, il quale però pare spento dal suo potere (e nel frattempo arriva Croma). Il protagonista riesce a ridare potere al Cristallo grazie al secondo volume de "Il brutto chocobroccolo", e ai tre appare Fenice, guardiano del Cristallo, che gli dice che devono proteggere i quattro cristalli (Fuoco, Terra, Acqua e Luce) da Bebuzzu. Subito dopo viene assorbito proprio da quest'ultimo, e nel frattempo arrivano Irma con Peekaaboo e Greeble. Il protagonista si vede costretto a combattere contro Bebuzzu, e temporaneamente lo sconfigge. Irma e i due chocobo se ne vanno, dicendogli che hanno avuto solo fortuna.

I tre ritornano alla fattoria, e Croma dice di aver sentito dire che il Cristallo della Terra si trova nella foresta ad est. La via è bloccata da un tronco, che però viene bruciato da Fenice. Così il protagonista arriva nella foresta, dove trova Croma che lo ha preceduto. Tuttavia arrivano Peekaaboo e Gritzle che trasformano con la magia Croma in una statua di pietra e distruggono il ponte che collega la zona dove c'è il protagonista e la zona dov'è Croma, che è anche quella per avanzare. Trovando il primo volume de "L'unicorno e i musicanti", il protagonista sblocca il passaggio di un albero dove trova il secondo volume de "Titano e il Fagiolo Magico", con il quale riesce a chiudere il dirupo che separa le due zone. Arriva anche Shirma, che con la magia bianca libera Croma dall'incantesimo. Avanzando, vengono bloccati da Irma e da Golem, posseduto da quest'ultima. Il Mazzo da Allenamento non è abbastanza potente per il Golem, così il protagonista ritorna nella piazza principale dove Duellante X ha aperto una bancarella. Spiegandogli la situazione, Duellante X scambia il Mazzo d'Allenamento con un Set di Mazzi Professionisti(ora si possono costruire fino a 6 mazzi di 15 carte). Così il protagonista batte il Golem e lo risanvisce, mentre Irma se ne va come al solito. Usando il primo volume de "Shiva e Ifrit" riesce a riempire un lago che nutre delle radici. Queste ultime permettono di andare in una radura in cui vi è il Cristallo della Terra, che viene riattivato con il secondo volume de "L'unicorno e i musicanti". Appare Unicorno, guardiano del Cristallo, che dice che devono assolutamente proteggere i cristalli da Bebuzzu, altrimenti il mondo piomberà nell'oscurità come si era rischiato 400 anni prima, quando Bebuzzu tentò di prenderne il potere ma venne fermato da alcuni eroi. Giusto quest'ultimo assorbe il Cristallo, Irma arriva con la sua compagnia (tra cui vi è anche Volg), e il protagonista si fronteggia di nuovo con Bebuzzu, sconfiggendolo di nuovo.

Di ritorno alla fattoria, Shirma afferma che mancano due punti cardinali: il sud e l'est. A sud c'è un Santuario sommerso, mentre ad est, oltre la scogliera, vi è una torre chiamata Tecnolite, purtroppo irraggiungibile. A Shirma viene l'idea di Cid, un ingegnere aeronavale che si è trasferito in una città lontana. Per farlo utilizza un congegno lasciato da Cid, ma mentre tentano di farlo funzionare il protagonista preme per errore il pulsante dell'autodistruzione. Dato che non si capisce se Cid abbia o meno recepito il messaggio, il protagonista va al Santuario sommerso grazie ad Unicorno, che gli permette di suonare sott'acqua. La sala principale ha due scalinate di cui una bloccata (non necessaria ai fini della trama) e una porta bloccata. Costretto ad andare nell'unica scala disponibile, trova il secondo volume de "Shiva e Ifrit", col quale riesce a congelare un tratto di mare per raggiungere un'altra zona del Santuario. Arrivano anche Shirma e Croma, ma la strada viene bloccata da Peekaaboo e Gritzle, e quest'ultimo tenta di spaccare il ghiaccio. Per i tre sembra essere la fine, quando arriva Cid a bordo della sua aeronave che riesce a salvarli in tempo. Purtroppo l'aeronave è ha corto di carburante, così fanno un atterraggio d'emergenza a nord della piazza principale. Cid afferma che per farla ripartire servono tre conchiglie energetiche, che il protagonista trova nel Santuario. Ma prima deve avanzare in esso. Il ghiaccio non è stato rotto, così avanza e trova il primo volume di "Al leviatano, al leviatano!", col quale compie due miracoli: blocca un vortice che impedisce il passaggio e sblocca l'accesso ad una delle tre conchiglie. Arriva in una sala piena di teletrasporti, nella quale vede Irma e Volg discutere sull'utilità di Peekaaboo e Gritzle: la prima dice che sono completamente inutili, mentre il secondo afferma che fanno il meglio che possono. Comunque i due bloccano l'accesso ad un teletrasporto. Avanzando tra i teletrasporti il protagonista arriva in un'altra stanza, dove trova Sahagin che si rivela cortese ed affabile, ma è tuttavia una messa in scena poiché è controllato da Irma. Il protagonista lo sconfigge e lo fa rinsavire, e così riesce a sbloccare l'accesso al primo volume de "I tre porcellini", col quale compie due miracoli: sblocca il passaggio al teletrasporto e rende accessibile una delle tre conchiglie (la terza è già accessibile senza miracoli). Con il nuovo teletrasporto arriva nella zona dove si trova il Cristallo dell'Acqua, e qui trova Volg che rivela di essere il guerriero supremo e di voler combattere contro il protagonista, ma non lo fa poiché Peekaaboo e riuscito a sbloccare la porta della sala principale, che è quella che collega alla sala del Cristallo, ma è rimasto bloccato tra di esse e Volg deve aiutarlo. Così arrivano Shirma, Croma e Cid, e con il secondo volume di "Al leviatano, al leviatano!" il Cristallo dell'Acqua ritorna attivo ed appare Leviatano, guardiano del Cristallo, che racconta di come quattro eroi - un chocobo con il potere del Fuoco, un ingegnere con il potere della Terra, una maga bianca con il potere dell'Acqua e un mago nero con il potere della Luce - siano riusciti a sconfiggere Bebuzzu 400 anni fa, e i loro discendenti (il protagonista, Cid, Shirma e Croma) devono fare lo stesso: se solo uno di essi cederà le tenebre avranno il sopravvento. Poi arriva Bebuzzu e solita storia: assorbe il Cristallo, arrivano Irma e compagnia, il protagonista fronteggia Bebuzzu e lo sconfigge.