Questa è una lista delle città (in lingua estone linn) dell'Estonia. Il titolo di città viene assegnato ufficialmente in base a criteri storici e, quindi, indipendentemente dalla popolazione.
Molte di queste località erano conosciute con il loro nome tedesco, specialmente prima del 1918, o russo, fino alla dissoluzione dell'Unione Sovietica, talvolta abbastanza differente dalla forma estone.
Dopo l'occupazione sovietica dell'Estonia nel 1940, vennero adottati i toponimi russi (ad esempio Vilyandi, Pylva al posto del Viljandi, Põlva). I nomi estoni sono stati ripristinati con l'indipendenza dell'Estonia nel 1991.
# Città Popolazione 1979 Popolazione 1989 Popolazione 2000 Popolazione 2006 Contea (Maakond) 1. Tallinn 441800 478974 400378 396193 Harju 2. Tartu 104381 113420 101169 101740 Tartu 3. Narva 75909 81221 68680 66936 Ida-Viru 4. Kohtla-Järve 87472 62059 47679 45740 Ida-Viru 5. Pärnu 54051 52389 45500 44198 Pärnu 6. Viljandi 22368 23080 20756 20274 Viljandi 7. Rakvere 19011 19822 17097 16698 Lääne-Viru 8. Maardu ? 16052 16738 16570 Harju 9. Sillamäe 16157 20561 17199 16567 Ida-Viru 10. Kuressaare 14207 16166 14925 14919 Saare 11. Võru 16767 17496 14879 14554 Võru 12. Valga 18474 17722 14323 13930 Valga 13. Haapsalu 13035 14617 12054 11774 Lääne 14. Jõhvi ? 15607 12112 11455 Ida-Viru 15. Paide 9641 10849 9642 9751 Järva 16. Keila 7194 10072 9388 9386 Harju 17. Kiviõli 11050 10390 7405 6925 Ida-Viru 18. Tapa 10851 10439 6765 6559 Lääne-Viru 19. Põlva ? 7038 6467 6510 Põlva 20. Jõgeva 5289 7035 6420 6349 Jõgeva 21. Türi 6626 6862 6324 6137 Järva 22. Elva 6358 6325 6020 5826 Tartu 23. Rapla 5599 6271 5758 5682 Rapla 24. Saue ? 4395 4958 5067 Harju 25. Põltsamaa 4893 5207 4849 4894 Jõgeva 26. Paldiski 7311 7690 4248 4332 Harju 27. Sindi 4428 4548 4179 4049 Pärnu 28. Kunda 4828 5037 3899 3751 Lääne-Viru 29. Kärdla 3426 4139 3773 3724 Hiiu 30. Loksa ? 4315 3494 3455 Harju 31. Kehra 3679 4053 3224 3173 Harju 32. Tõrva 3157 3546 3201 3112 Valga 33. Räpina 3247 3488 2967 2884 Põlva 34. Narva-Jõesuu 3135 3754 2983 2734 Ida-Viru 35. Tamsalu ? 2978 2618 2629 Lääne-Viru 36. Kilingi-Nõmme 2507 2504 2223 2144 Pärnu 37. Otepää 2289 2424 2282 2123 Valga 38. Karksi-Nuia ? ? ? 2059 Viljandi 39. Püssi 1869 2532 1872 1837 Ida-Viru 40. Mustvee ? 1994 1753 1756 Jõgeva 41. Lihula 1624 1872 1497 1614 Lääne 42. Võhma ? 1983 1596 1544 Viljandi 43. Antsla 1952 1688 1547 1458 Võru 44. Abja-Paluoja ? ? 1417 1406 Viljandi 45. Suure-Jaani 1653 1503 1324 1242 Viljandi 46. Kallaste ? 1361 1211 1152 Tartu 47. Mõisaküla ? 1349 1165 1081 Viljandi
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