Fu il nipote del teologo e anatomista Caspar Bartholin il Vecchio e figlio di Thomas Bartholin. Nato perciò da illustre famiglia, si dedicò allo studio della medicina dal 1671 che aveva sedici anni. Nel 1674, quando aveva 19 anni, ottenne il dottorato dal Re. Scoprì le ghiandole che portano il suo nome nel 1677. La sua scoperta è talvolta erroneamente attribuita al nonno.
Intorno al 1696, Jacob B. Winsløw era il dissezionatore di Caspar Bartholin.
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