Dopo che la sua nomina venne avallata dal Parlamento, che gli promise lo stesso appannaggio che spettava a suo fratello e predecessore, alcuni suoi sudditi cominciarono a diffidare della sua politica religiosa apertamente permissiva nei confronti del cattolicesimo e lo sospettarono di dispotismo, arrivando a deporlo e a costringerlo all'esilio durante quella che è passata alla storia con il nome di gloriosa rivoluzione. Il Parlamento inglese lo dichiarò decaduto l'11 dicembre 1688, quello scozzese l'11 aprile 1689. Suo successore non fu il primogenito maschio Giacomo Francesco Edoardo, cattolico, ma la figlia protestante Maria II, che regnò affiancata dal marito Guglielmo III d'Orange. I due sovrani vennero riconosciuti dal Parlamento e cominciarono a regnare nel 1689.

Giacomo venne esiliato, ma tentò ben presto di recuperare il trono perduto: nel 1689 sbarcò nell'Irlanda cattolica, da dove sperava di riuscire a giungere a Londra guidando i suoi sostenitori, che presero il nome di giacobiti. Nonostante avesse raccolto attorno a sé un folto esercito, finanziato in larga parte dal cugino francese Luigi XIV, Giacomo II venne sconfitto nella battaglia del Boyne, presso Dublino, e dovette fare ritorno in Francia, dove visse fino alla fine dei suoi giorni.

Infanzia e giovinezza

Giacomo, secondo figlio maschio del re Carlo I Stuart e di sua moglie, la regina consorte Enrichetta Maria di Francia, nacque al palazzo di St. James, residenza reale londinese, nel 1633. Dopo qualche tempo venne battezzato dall'arcivescovo anglicano di Canterbury William Laud, fedele sostenitore della politica religiosa di suo padre. Giacomo venne educato da un folto gruppo di precettori assieme al fratello maggiore Carlo, principe di Galles, e ai due figli del defunto duca di Buckingham, George e Francis Villiers.. A soli tre anni gli venne conferito il titolo di "Lord High Admiral", carica esclusivamente onorifica e nominale.

La guerra civile e l'esecuzione di Carlo I

Nel 1642, a nove anni, Giacomo entrò a fare parte dell'Ordine della Giarrettiera e due anni più tardi, il 22 gennaio 1644, suo padre gli conferì il titolo di duca di York..

I rapporti sempre più tesi fra Carlo I e il Parlamento inglese portarono nel 1642 allo scoppio della Rivoluzione inglese. Quando il re dovette lasciare Londra per assoldare un esercito nelle regioni del Nord del Paese, ordinò che la famiglia reale fosse trasferita, assieme alla corte, nella città di Oxford, considerata una delle migliori piazzeforti fedeli alla causa realista. Il dilagare della guerra portò i soldati parlamentari ad assediare numerose città fedeli al sovrano, tra cui la stessa Oxford, che fu posta sotto assedio nel 1646. La regina Enrichetta Maria e l'erede al trono Carlo erano già stati mandati a Parigi, mentre Giacomo, ancora all'interno della città, venne catturato dalle truppe del Parlamento, che lo riportarono a Londra; qui fu confinato nella residenza reale di St. James's Palace. Quando, nel 1648, il Parlamento propose al re una serie di condizioni per tornare sul trono, e questi rifiutò alleandosi con gli scozzesi, alcuni, compreso Oliver Cromwell, pensarono di dichiarare decaduto Carlo I e di eleggere al suo posto il duca di York, Giacomo. Prontamente, il sedicenne Giacomo organizzò la sua fuga da Londra, che lo portò a raggiungere il fratello maggiore in esilio a L'Aia..

Nel gennaio 1649, nonostante i numerosi tentativi diplomatici effettuati da Carlo e Giacomo, il Parlamento inglese accusò il re Carlo I di tradimento e lo condannò a morte. Così, mentre il potere effettivo si concentrava nelle mani di Oliver Cromwell, i sostenitori della causa realista proclamarono re il principe di Galles con il nome di Carlo II. Carlo fu riconosciuto dal Parlamento scozzese e dal Parlamento irlandese e venne incoronato re di Scozia nella città di Scone, nel 1649. Poco dopo, non essendo riuscito a organizzare un esercito efficiente, dovette ritornare in esilio alla corte francese.

L'esilio in Francia

Come la madre e il fratello maggiore, anche Giacomo si recò in esilio presso la corte del cugino Luigi XIV, re di Francia, a Parigi. Durante questo periodo, il giovane duca di York incominciò a dedicarsi alle arti belliche, e diede dimostrazione di essere un comandante audace e coraggioso, anche se non sempre valido e brillante.. Entrò infatti a far parte dell'esercito francese, comandato dal generale Turenne, il quale ebbe parole di ammirazione nei confronti del duca.. Sotto il comando di Turenne combatté le fronde, che minacciavano l'autorità del giovane re francese, fino al 1653, quando i principi ribelli vennero definitivamente sconfitti.Si trattava di Luigi II di Borbone-Condé, Armando di Borbone-Conti e del cardinale di Retz.

Nel 1656 Carlo II entrò in contatto con la corte spagnola, instaurando un rapporto amichevole di alleanza con il re di Spagna Filippo IV d'Asburgo, tradizionale avversario della Francia di Luigi XIV e del suo primo ministro, il cardinale Giulio Mazzarino. Questo comportamento portò all'espulsione di Carlo dalla Francia, seguito dopo breve tempo dal fratello Giacomo, che lasciò così l'esercito francese.. I due fratelli, esuli e poveri, trovarono asilo presso la corte di Madrid.

La permanenza a Madrid durò pochi mesi, perché in seguito Giacomo si trasferì a Bruges, dove lo accolse la sorella Maria Enrichetta, sposa dello statolder d'Olanda Guglielmo II d'Orange, e il fratello minore Enrico, duca di Gloucester. Presso Bruges si unì alle truppe spagnole al comando del Principe di Condé e di don Giovanni d'Austria contro le truppe di Turenne; nella battaglia delle Dune, combattuta dalla Spagna contro Francia e Province Unite nel 1658, a Giacomo fu affidato il comando di un contingente di soldati inglesi fedeli alla causa realista. La battaglia, risoltasi in un disastro per le truppe iberiche, portò alla firma di un trattato di pace fra Spagna e Francia. Fu in questi anni che Giacomo fece la conoscenza di due cattolici irlandesi facenti parte del seguito reale in esilio, Peter e Richard Talbot, che contribuirono ad avvicinarlo alla fede cattolica..

In seguito alla pace fra Francia e Spagna nel 1659 Filippo IV offrì a Giacomo il titolo di ammiraglio della flotta spagnola; inizialmente il duca di York prese in considerazione seriamente la proposta, viste le scarse probabilità di un ritorno in patria, ma infine l'anno seguente la situazione a Londra mutò e Giacomo poté rifiutare l'offerta del re spagnolo: suo fratello stava per essere incoronato re d'Inghilterra.

Restaurazione: i primi anni Primo matrimonio

Dopo la morte di Oliver Cromwell, nel 1658, il potere passò a suo figlio Richard; privo dell'esperienza e del carisma che contraddistinguevano suo padre, Richard non fu in grado di gestire il potere e nel 1660 il governo del Commonwealth crollò. Richard Cromwell fuggì e Carlo II poté trionfalmente entrare a Londra, dove venne incoronato re d'Inghilterra. Giacomo, benché il fratello fosse ancora giovane e avesse dimostrato di potere avere figliDurante la permanenza a L'Aia Carlo aveva avuto una breve relazione sentimentale con Lucy Walter, dalla quale era nato un figlio, James Crofts. ()., era il successore designato.

In seguito al rientro in patria Carlo II nominò il fratello duca di Albany, titolo scozzese associato a quello precedente di duca di York, inglese. Poco dopo Giacomo causò uno scandalo annunciando il suo fidanzamento con Anna Hyde, figlia del primo ministro Edward Hyde, conte di Clarendon. Nel 1659, quando entrambi erano in esilio, Giacomo e Anna si erano promessi fedeltà reciproca e il duca le aveva promesso che si sarebbero sposati.. Nel 1660, lo stesso anno del ritorno in patria, Anna era rimasta incinta, ma nessuno a corte era favorevole all'unione tra il duca e la figlia del ministro. Lo stesso Clarendon, padre di Anna, aveva cercato di dissuadere la figlia dal proposito di sposare un membro della famiglia reale, il primo in linea di successione al trono.. Le voci che il matrimonio fosse un piano organizzato dallo stesso Clarendon per favorire la sua famiglia si diffusero rapidamente e l'autorità del conte e la sua influenza presso il re cominciarono a vacillare. Nonostante questo, la coppia si sposò, prima segretamente, poi con una cerimonia ufficiale avvenuta il 3 settembre 1660.

Il primo figlio della coppia, Carlo, nacque all'incirca due mesi dopo, ma morì durante l'infanzia, primo di cinque bambini che avrebbero avuto la medesima sorte. Le uniche a sopravvivere furono le figlie Maria (nata il 30 aprile 1662) e Anna (nata il 6 febbraio 1665).

Il cronista Samuel Pepys scrisse che Giacomo era molto legato ai suoi figli e che, abbandonando l'etichetta reale, si comportava con loro come "un padre ordinario", in contrasto con i costumi dell'epoca che imponevano, specialmente in pubblico, distacco e rigidità.. Anna Hyde, seriamente devota al duca suo marito, fu per Giacomo importante consigliera e spesso influenzò le sue decisioni. Nonostante il sentimento che legava la coppia, Giacomo ebbe diverse amanti, secondo le abitudini dell'epoca, dalle quali ebbe numerosi figli illegittimi. Tra le sue amanti più celebri, Arabella Churchill e Catherine Sedley.

Suo medico reale fu sempre Edmund Dickinson.

Incarichi politici e militari

Dopo l'incoronazione di Carlo II, Giacomo fu confermato nel suo ruolo di Lord High Admiral, incarico affiancato da quello di governatore di Portsmouth e di Lord Warden of the Cinque Ports. Durante la seconda (1665-1667) e la terza guerra anglo-olandese (1672-1674), Giacomo fu messo al comando della flotta inglese. Gli inglesi ebbero molti scontri vittoriosi, quali quello ottenuto nella battaglia di Lowestoft, in seguito alla quale Carlo II ordinò che Giacomo fosse tenuto lontano dalla gittata dei cannoni nemici, perché durante i conflitti il duca tendeva a schierarsi sempre nelle prime file. Dopo la battaglia di Medway del 1667, nella quale la flotta inglese venne intercettata e distrutta da quella olandese, Giacomo tentò di salvaguardare le fortificazioni costiere a sud del Paese, tentando di tamponare il dilagare della potenza olandese.

Nel 1664 l'esercito inglese sottrasse agli olandesi il territorio americano dei Nuovi Paesi Bassi, che venne ribattezzato Provincia di New York, in omaggio a Giacomo, duca di York. Anche la città di New Amsterdam cambiò il nome in New York, sempre per onorare Giacomo; la postazione fortificata olandese di Fort Orange, sorta vicino al fiume Hudson, venne inoltre chiamata Albany. Nel 1683 Giacomo venne nominato governatore della Compagnia della Baia di Hudson, ma non ricoprì mai incarichi in merito a tale nomina. Ebbe un ruolo di primo piano nella direzione della Royal African Company, che si occupava della tratta degli schiavi africani.

Restaurazione: gli ultimi anni La conversione al cattolicesimo e le seconde nozze

Durante il suo periodo di permanenza nei Paesi cattolici di Francia e Spagna, il duca di York si era avvicinato alla religione cattolica, partecipando, assieme alla madre Enrichetta Maria, anch'essa cattolica, a funzioni religiose. Tra il 1668 e il 1669 Giacomo aveva deciso di abbandonare l'anglicanesimo in favore di una conversione al cattolicesimo romano. Inizialmente il duca continuò a partecipare, assieme alla moglie, alle funzioni anglicane, frequentando segretamente sacerdoti cattolici. Fino al 1676 Giacomo intrattenne relazioni di stretta amicizia principalmente con membri protestanti della corte, come il giovane duca John Churchill o il barone George Legge..