Biografia Dopo aver studiato medicina, nel 1681, all'età di 24 anni, entra nell'ordine religioso dei frati francescani, continuando a coltivare il suo interesse per le scienze naturali e la botanica e dedicandosi in particolare allo studio della flora endemica della Sicilia. Intrattiene una fitta relazione epistolare con il monaco cistercense Paolo Boccone (1633-1704), palermitano trapiantato nel granducato di Toscana nonché cultore antesignano della moderna botanica sistematica.
Nel 1692 fonda a Misilmeri un vero e proprio orto botanico nel quale pone a dimora sia specie esotiche che specie della flora siciliana, classificandoli in base al sistema tassonomico della nomenclatura binomiale, anticipando la innovazione che si diffonderà solo molti anni dopo grazie a Linneo.
Nel 1696 pubblica Hortus Catholicus, opera in cui viene illustrata la collezione di piante dell'orto di Misilmeri. Grazie a questo lavoro il Cupani acquisisce una discreta notorietà presso gli studiosi del settore di tutta Europa.
Muore a Palermo il 19 gennaio del 1710 all'età di 53 anni.
Riconoscimenti A Francesco Cupani sono dedicate alcune specie vegetali quali Anthemis cupaniana, Colchicum cupanii, Genista cupanii, Melica cupani, Plantago cupanii, Scilla cupanii e Tragopogon cupanii nonché il genere Cupania.
Opere Catalogus plantarum sicularum noviter adinventarum, Palermo, 1692. Syllabus plantarum Siciliae nuper detectarum, Palermo, 1694. Hortus Catholicus, Napoli, 1696. Pamphyton siculum, pubblicato postumo nel 1713.
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