è un videogioco d'azione stealth del 2008, sviluppato da Kojima Productions e pubblicato da Konami in esclusiva per PlayStation 3. Si tratta del sesto capitolo principale della serie Metal Gear.

Trama

Anno 2014. Dopo gli eventi narrati in Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, il mondo è adesso gestito da un immenso sistema informatico chiamato Sons of the Patriots. Tutti i soldati del mondo hanno nel loro corpo nanomacchine che gestiscono le loro emozioni, i loro gesti e forniscono loro l'addestramento e le informazioni adeguate. La maggior parte di loro sono altresì arruolati non in eserciti regolari ma in schieramenti privati, denominati CMP (Compagnie Militari Private).

Atto 1-Il sole solido Solid Snake, invecchiato rapidamente, si trova in Medio Oriente per conto del colonnello in pensione Roy Campbell, ufficialmente come ispettore ONU per il controllo della situazione. La sua vera missione è scovare ed eliminare Revolver Ocelot che, dopo il trapianto di braccio subito anni prima, sembra adesso totalmente succube della personalità di Liquid Snake, tanto da farsi ormai chiamare "Liquid Ocelot". Snake sfugge faticosamente ai Gekko inviati contro il suo plotone, dopodiché incontra Otacon, che gli fornisce una pistola, un dispositivo ottico chiamato SOLID-EYE (utilizzabile come visore termico e notturno) e un piccolo Metal Gear con funzioni di supporto, denominato Mk. II. Successivamente Snake incontra un trafficante d'armi che si presenta come Drebin 893, che gli fornisce diversi armamenti e gli sostituisce le nanomacchine in lui impiantate, risalenti a nove anni prima e quindi obsolete. Lasciato Drebin, Snake entra in un palazzo dove incontra la squadra U.S.A. che gli deve consegnare dei documenti relativi a Liquid Ocelot: la Rat Patrol 01, comandata da Meryl Silverburgh, vecchia fiamma di Snake e co-protagonista del primo Metal Gear Solid. La ragazza rivela di essere la figlia di Campbell ed informa Snake del fatto che il colonnello si è ora risposato (con Rosemary, fidanzata di Raiden) ed ha una nuova vita. La squadra di Meryl e Snake viene attaccata dall'élite dell'esercito di Liquid, i soldati FROGS. Dopo aver resistito all'assalto il gruppo si divide e Snake prosegue fino ad arrivare al covo di Liquid. Lì però accade qualcosa di strano: dopo che Liquid ha ordinato via radio di attivare qualcosa, tutti, tranne Akiba della Rat Patrol, si sentono male. Snake riesce a riconoscere vicino a lui, durante le convulsioni, la dottoressa Naomi Hunter, responsabile dell'esposizione di Snake al virus FOXDIE durante gli eventi di Metal Gear Solid, che gli lascia una siringa che dovrebbe guarirlo da questo strano malessere.

Atto 2-Il sole liquido Liquid scappa e Snake viene recuperato da Hal Emmerich. Sul velivolo che hanno trasformato nella base delle loro operazioni anti-Metal Gear, i due ricevono un messaggio segreto di Naomi. Il messaggio viene craccato da Sunny (figlia di Olga Gurlukovich, perita durante gli eventi di Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty): Naomi è prigioniera di Liquid. Snake va a recuperarla in Perù, dove assiste alla cattura dei ribelli da parte delle CMP (Compagnie Militari Private) e all'apparizione della prima B&B, Laughing Octopus. Con stupore, Snake e Otacon riconoscono anche Vamp, sopravvissuto allo scontro nella Big Shell. Snake riesce, eliminando varie CMP, a liberare l'area dalle forze di Liquid e a raggiungere il laboratorio di Naomi. Durante il tragitto viene contattato da Raiden, che dice a Snake di essere molto vicino a lui. Arrivato al laboratorio, Snake trova Naomi, che gli spiega che Liquid vuole sfruttarla per impadronirsi del sistema Sons of the Patriots. Dopo un'accurata visita, Naomi spiega inoltre a Snake il motivo del suo innaturale invecchiamento: tutto dipende dalla sua naturale struttura genetica, direttamente derivante dal DNA di Big Boss: Snake non è malato, la vita gli è stata accorciata in laboratorio manipolando i suoi geni prima della sua stessa nascita. Naomi informa inoltre Snake che il FOXDIE all'interno del suo corpo è mutato, perdendo la sua capacità di colpire vittime selezionate in base ad un particolare DNA: a causa di tale mutazione, la diagnosi di Snake è che gli rimangono sei mesi di vita e dopo tre diventerà un'arma biologica vivente, e per evitare questo, dovrà suicidarsi. Inoltre gli spiega meglio come funziona il sistema "Sons of Patriots": le nanomacchine impiantante all'interno del corpo dei soldati fanno sì che gli stessi non provino, in battaglia, emozioni e dolori, in modo da ottimizzare le prestazioni ed aumentare le capacità di riuscita delle missioni. Gli rivela inoltre che Liquid intende sfruttare le conoscenze della dottoressa per impossessarsi del sistema Sons of the Patriots. Il piano, dal nome in codice Guns of the Patriots, è già in fase avanzata.

Snake e Naomi vengono improvvisamente attaccati da Laughing Octopus, che attacca Snake mimetizzandosi con l'ambiente circostante. Dopo averla sconfitta, Snake viene contattato via radio da Drebin che gli racconta la storia di Octopus, dicendogli che, uccidendola, l'ha "purificata".

Snake riesce a recuperare Naomi ed entrambi scapperanno con l'ausilio di Drebin, che riesce a farsi largo tra un plotone di Gekko con la collaborazione di Snake. Dopo essere giunti nel paesino sottostante il complesso del laboratorio, i protagonisti vengono nuovamente attaccati dai Gekko, che vengono affrontati da un redivivo Raiden, diventato un cyborg ninja, che li sconfigge tutti. Raiden ingaggia poi un combattimento all'arma bianca con Vamp: il combattimento termina in sostanziale parità ed entrambi subiscono gravi ferite. Raiden, ormai allo stremo, viene recuperato da Snake e Otacon e portato sull'elicottero.

Atto 3-Il terzo sole Il gruppo riparte alla volta di Praga, nell'Europa dell'Est, dove Raiden dice di poter essere curato. La città ceca è anche il luogo dove Liquid vuole attuare la sua prossima mossa, cioè recuperare il cadavere di Big Boss ora in possesso dell'Esercito del Paradiso Perduto, una frangia di ribelli comandati da Big Mama. Durante il viaggio Otacon incomincia a provare dei sentimenti verso Naomi, ricambiato dalla dottoressa che stringe anche un forte legame con Sunny.

Una volta giunti in Europa, Snake è testimone dell'ennesimo scontro fra le truppe di Liquid e l'esercito del Paradiso Perduto. Snake riesce ad infiltrarsi nel quartier generale di Big Mama e si trova di fronte a una sorpresa spiazzante: in realtà si tratta di EVA, colei che spalleggiò Big Boss durante l'operazione Snake Eater (narrata in Metal Gear Solid 3: Snake Eater) e che in seguito partecipò al progetto Les Enfantes Terribles diventando quindi la madre dei tre Snake. Inoltre viene a sapere chi sono i Patriots: si tratta dei compagni di Big Boss: Major Zero (capo di Big Boss nell'Operazione Snake Eater), Para-Medic (la dottoressa Clark che diede vita ai tre fratelli Snake e a Gray Fox, il quale la uccise subito dopo), Sigint (che sarebbe diventato il futuro direttore della DARPA, Donald Anderson), EVA e Ocelot che decisero di raccogliere l'eredità di The Boss e di perpetuarne gli ideali. Ben presto Big Boss e Zero divennero ostili a causa del desiderio di rimanere saldi agli ideali di The Boss del primo e dell'invece allontanamento da essi da parte del secondo. Fu proprio Major Zero a dar luogo al progetto ai danni di Big Boss (rimasto vittima di un incidente) e soprattutto a rendere immortali i Patriots tramite potenti proxy che avrebbero permesso di controllare la società negli anni a venire. Big Mama inoltre rivela qual è il piano di Liquid: accedere al sistema SOP in modo tale da poter permettere alle sue truppe di controllare la guerra su scala mondiale, ma per accedervi occorre come password il codice genetico di Big Boss che ella possiede, in quanto detentrice della salma del leggendario soldato.

Dopo essere stati scoperti ed aver frettolosamente abbandonato il quartier generale a bordo della moto di EVA, Snake viene attaccato da Raging Raven, la seconda B&B. Dopo un lungo inseguimento, Snake raggiunge il fiume Volta con la madre la quale, però, viene gravemente ferita nella corsa. Dopo aver sconfitto Raging Raven, Snake riprende l'inseguimento di Liquid. Lo ritrova sul fiume Volta, dove i due ingaggiano un combattimento impari: Snake viene facilmente sopraffatto dall'avversario, che gli rivela di essere arrivato troppo tardi: il codice genetico di Big Boss è già stato utilizzato, e Liquid è ormai padrone del sistema SOP. Prova di ciò è che un grosso distaccamento di mezzi e soldati americani guidati da Meryl accerchia Liquid e le sue truppe, ma quasi tutti vengono trucidati: nessuno di loro è infatti più in grado di usare le armi assegnate. Con grande stupore di Snake, ad assistere al trionfo di Liquid ci sono anche Naomi e Vamp, uno di fianco all'altra. Il team di Meryl si salva per miracolo. Non soddisfatto Liquid dà alle fiamme il cadavere di Big Boss e, nel tentativo di salvarlo, Big Mama si getta fra le fiamme. Snake, per salvare dall'incendio la madre, si scaglia a sua volta, ustionandosi la parte sinistra del viso. Big Mama/EVA, quindi, dopo aver parlato per l'ultima volta col figlio, muore; Snake viene invece tratto in salvo da Drebin.

Atto 4-I soli gemelli Il piano di Liquid però non è ancora concluso, poiché per avere il controllo completo del sistema deve distruggere il satellite madre dei Patriots, chiamato JD, e per farlo gli occorre il cannone a rotaia del Metal Gear REX, localizzato a Shadow Moses. Snake arriva sull'isola, piena di ricordi per l'eroe: qui si scontra con Crying Wolf, terza B&B, battuta nello stesso nevaio in cui nove anni prima aveva affrontato Sniper Wolf, dopodiché si reca negli oscuri meandri della base, con l'intento di raggiungere il REX prima di Liquid. Ma il cannone è già stato rimosso: nel sotterraneo Snake trova ed affronta Vamp. Snake intuisce che la siringa fornitagli da Naomi è in grado di bloccare le nanomacchine del nemico, portando il suo metabolismo alla normalità e rendendolo quindi incapace di rigenerare le proprie ferite. Prima della conclusione dello scontro l'area viene però invasa da un'ondata di Gekko Kamikaze, che Snake abbatte mentre il redivivo Raiden, intervenuto in extremis, riesce ad eliminare definitivamente Vamp dopo l'ennesimo duello.

Naomi ricompare sotto gli occhi stupefatti di Snake e Otacon e spiega ai due di essere ormai malata di cancro in stato terminale ed inibisce le proprie nanomacchine, che fino ad allora l'avevano tenuta in vita. Raiden le riferisce un misterioso messaggio di Sunny, poi la donna spira dicendo agli amici di perseguire nell'intento di fermare definitivamente Liquid.

Snake e Raiden si dirigono all'esterno della struttura utilizzando il redivivo Metal Gear Rex, riparato da Otacon tramite l'Mk. III. Una volta raggiunta la superficie vengono attaccati da Liquid, che guida un Metal Gear RAY. Dopo uno scontro epico (durante il quale Raiden, per coprire le spalle all'amico, rimane incastrato sotto quintali di calcinacci crollati) Snake riesce ad abbattere il Ray, ma rimane ferito alla spalla. Ciò permette a Liquid di scappare a bordo della sua corazzata, la nave Outer Haven con la quale tenta di travolgere Snake. L'eroe viene però salvato ancora una volta da Raiden, liberatosi dai calcinacci tagliandosi un braccio: il cyborg frappone il suo corpo tra Snake e la nave, venendo di conseguenza investito dopo aver opposto una strenua resistenza.

Atto 5-Il vecchio sole