Si dedicò prevalentemente allo studio della flora del Madagascar.
È stato dedicato alla sua memoria il sifaka di Perrier (Propithecus perrieri), il genere delle Orchidaceae Neobathiea nonché numerose specie vegetali malgasce tra cui Adansonia perrieri, Erythrina perrieri, Ensete perrieri, Euphorbia perrieri, Melanophylla perrieri, Podocarpus perrieri, Takhtajania perrieri e Xerosicyos perrieri.
La sua figura è legata ad una storica controversia: quella della eradicazione del ficodindia (Opuntia ficus-indica) dal sud del Madagascar, per mezzo della introduzione nel 1925 del Cactoblastis cactorum. Le conseguenze di tale eradicazione di una pianta considerata infestante, ma che costituiva una risorsa alimentare per la popolazione povera e per il bestiame, risultarono disastrose.
Alcune opere La végétation malgache (1921) Biogéographie de plantes de Madagascar (1936) Flore de Madagascar et des Comores (1946-1952)
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