Miniatore e restauratore, fu custode dei manoscritti della Biblioteca Vaticana.
Nel 1535 fu chiamato da Papa Paolo III, uno dei più grandi mecenati del Rinascimento italiano, come trascrittore di codici greci.
Bibliografia Maria Luisa Agati, Giovanni Onorio da Maglie: caratteri a mano - caratteri a stampa (comunicazione al IV Congresso Internazionale di Paleografia Greca, Oxford, 23-29 agosto 1993), in «Scriptorium», 48 (1994), pp. 122-140 + 6 tavv. Maria Luisa Agati, Le integrazioni di Giovanni Onorio da Maglie (comunicazione al V Congresso Nazionale di Studi Bizantini), in «Byzantina Mediolanensia», Atti del V Congresso Nazionale di Studi Bizantini (Milano, 19-22 ottobre 1994), Soveria Mannelli, Rubbettino, 1996, pp. 13-26 + 6 tavv. Maria Luisa Agati, Carlo Federici, Paul Canart, Giovanni Onorio da Maglie, scriptor librorum graecorum et instaurator à la fin du Moyen Age (comunicazione al XIe Colloque du Comité International de Paleographie Latine, La conservation des manuscrits et des archives au Moyen Age, Bruxelles, 19-21 octobre 1995), in «Scriptorium», 50 (1996), pp. 363-369 + 9 tavv. Maria Luisa Agati, I manoscritti restaurati da Giovanni Onorio da Maglie, in «Bollettino dei Classici Lincei», 18 (1997), pp. 5-41 + 8 tavv. Maria Luisa Agati, Giovanni Onorio da Maglie e il problema dei suoi imitatori, in Opòra. Studi in onore di mgr Paul Canart per il LXX compleanno, I, a cura di S. Lucà e L. Perria, in «Bollettino della Badia Greca di Grottaferrata», n.s., 51, 1997, pp. 243-275 + 8 tavv. Maria Luisa Agati, "Giovanni Onorio da Maglie, copista greco (1535-1563)", Roma, 2001, (Accademia Nazionale dei Lincei, Suppl. 20 al "Bollettino dei Classici".