Fu autore di molti lavori sulla classificazione sistematica dei protisti e dei procarioti. Nel 2004 vinse l'International Prize for Biology.The Committee on the International Prize for Biology of Japan Society for the Promotion of Science awards the 2004 International Prize for Biology in the field of "Systematic Biology and Taxonomy" to Prof. Thomas Cavalier-Smith, Department of Zoology, University of Oxford, UK . Nel 2007 la Linnean Society of London conferì la Medaglia Linneana a lui e a Phil Cribb.Recipients of the Linnean Medal www.linnean.org

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