Della vecchia nobiltà francese, la sua famiglia ha una tradizione militare importante, avendo numerosi antenati che erano dell'ordine dei Cavalieri di Malta C. B. Hammond C. B. (1912). Comte de Montessus de Ballore. Bull. Seismo. Soc. Am., 2, pp 217-223.. Ma soprattutto, la sua famiglia ha anche una ricca tradizione scientifica. Suo nonno per esempio non è altro che Philibert Commerson Hobbs W. H. (1924). de Montessus de Ballore. Bull. Seismo. Soc. Am., 14, pp 177-180.. Suo fratello, Robert, fu un matematico.
Fernand de Montessus segue dunque le tradizioni familiari e fa i suoi studi all'École polytechnique. Frequenta anche la Scuola di equitazione Le Cadre Noir.
Comincia ad interessarsi alla geologia durante il suo soggiorno a Clermont-Ferrand. Nel 1881, è responsabile della missione militare inviata nello stato di El Salvador. Durante il suo soggiorno in America centrale fa le sue prime esperienze con i terremoti e s'interessa anche all'archeologia. Di ritorno in Francia, ottiene un posto all'École Polytechnique. Intraprende allora un lavoro minuzioso di classificazione dei terremoti.
Nel 1907, diviene direttore del Servizio dei Terremoti Cileno a Santiago. Sotto la sua direzione, le osservazioni sismologiche nel Cile diventano numerose. Resta molto attivo nel campo scientifico fino al 1923, anno della sua morte.
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