San Javier è un dipartimento argentino, situato nel sud-est della provincia di Misiones, con capoluogo San Javier.
Esso confina con i dipartimenti di Concepción de la Sierra, Leandro N. Alem, Oberá, e con la repubblica del Brasile.
Secondo il censimento del 2010, su un territorio di 640 km², la popolazione ammontava a 20.906 abitanti.
Municipi del dipartimento sono: Florentino Ameghino Itacaruaré Mojón Grande San Javier
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