Il Madrid Masters 2006 è un torneo di tennis che si è giocato sul cemento indoor. È stata la 5ª edizione del Madrid Masters,che fa parte della categoria ATP Masters Series nell'ambito dell'ATP Tour 2006. Il torneo si è giocato nella Madrid Arena di Madrid in Spagna dal 16 al 23 ottobre 2006.
Campioni Singolare
Roger Federer ha battuto in finale Fernando González con il punteggio di 7–5, 6–1, 6–0.
Doppio
Bob Bryan / Mike Bryan hanno battuto in finale Mark Knowles / Daniel Nestor con il punteggio di 7–5, 6–4
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