La sua notorietà a livello scientifico deriva dall'aver descritto e classificato per primo il Ginkgo biloba; estremamente significativi sotto il punto di vista etnografico risultano i suoi resoconti sulle culture asiatiche, in particolare il Giappone, con le quali ebbe modo di venire a contatto nel corso di numerosi viaggi.
Come già Thomas Hyde nel 1700, anche Kaempfer, nel suo resoconto Amoenitates Exoticae (1712), usò l'espressione "scrittura cuneiforme" a proposito delle iscrizioni copiate dai muri delle rovine di Istakhr, nell'antica città di Persepoli.Ernst Doblhofer, Le déchiffrement des Écritures, Arthaud, 1959, p. 352.
Opere Amoenitatum exoticarum politico-physico-medicarum fasciculi 5, Lemgo, 1712 The History of Japan, Londra, vol. 1 1727, vol. 2 1728 Histoire naturelle, civile, et ecclesiastique de l'empire du Japon: composée en allemand par Engelbert Kæmpfer, ... & traduite en françois sur la version angloise de Jean-Gaspar Scheuchzer, 2 voll., L'Aia, 1729
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