Professore di filosofia all'Università di Padova, è autore del trattato De maximo et minimo in cui contesta le teorie di Guglielmo Heytesbury. Dopo essere stato a Ferrara e a Mantova, dal 1512 è all'università di Bologna dove scriverà le sue opere maggiori, il De fato e il De naturalium effectuum causis sive de incantationibus, oltre a commenti delle opere di Aristotele. Di questo periodo è anche il trattato De immortalitate animae (1516), che gli valse aspre critiche e condanne per aver sostenuto che l'immortalità dell'anima non può essere dimostrata razionalmente. Morirà nel 1525, per suicidio secondo un suo studente.
La vita e l'opera Di famiglia agiata, nasce a Mantova nel 1462. A ventidue anni si iscrive (1484) all'Università di Padova, dove frequenta le lezioni di metafisica del domenicano Francesco Securo da Nardò, le lezioni di medicina di Pietro Riccobonella e quelle di filosofia naturale di Pietro Trapolino, laureandosi come Magister artium nel 1487. Dal 1488 al 1496 è professore di filosofia nello stesso ateneo e ottiene la cattedra di filosofia naturale dopo la morte del suo maestro Nicoletto Vernia (1420-1499), massimo esponente dell'averroismo locale, di spirito laico e spregiudicato sino alla miscredenza.
A Padova pubblica il trattato De maximo et minimo, in polemica con le teorie di Guglielmo Heytesbury. Passa poi a Carpi (nel 1496) per insegnare logica alla corte di Alberto III Pio, principe di Carpi, seguendolo nel 1498 nel suo esilio a Ferrara e restandovi fino al 1499. Nel frattempo, nel 1497, sposa a Mantova Cornelia Dondi, dalla quale ha due figlie.
Morto Vernia, e succeduto a lui nel 1499, il Pomponazzi rimane poi vedovo nel 1507 e si risposa con Ludovica di Montagnana. Chiude lo studio di Padova nel 1509 e si trasferisce a Ferrara dove redige un commento al De anima aristotelico. Questo avviene in seguito all'occupazione di Padova nel giugno 1509 da parte della Lega di Cambrai nella guerra con la Repubblica veneziana. Quando Venezia rioccupa la città il mese dopo, le lezioni universitarie vengono sospese ed egli, con altri insegnanti, lascia la città trasferendosi, come si è visto, a Ferrara su invito di Alfonso I d'Este per insegnare nella locale università. Chiusa anche questa nel 1510, si trasferisce fino al 1511 a Mantova e dal 1512 all'università di Bologna. Nuovamente vedovo, si risposa con Adriana della Scrofa.
A Bologna scrive le opere maggiori, il Tractatus de immortalitate animae, il De fato e il De incantationibus, oltre a commenti delle opere di Aristotele, conservati grazie agli appunti dei suoi studenti.
Il Tractatus de immortalitate animae, del 1516, in cui sostiene che l'immortalità dell'anima non può essere dimostrata razionalmente, fece scandalo: attaccato da più parti, il libro è pubblicamente bruciato a Venezia. Denunciato dall'agostiniano Ambrogio Fiandino per eresia, la difesa del cardinale Pietro Bembo gli permette di evitare terribili conseguenze ma nel 1518 è condannato da papa Leone X a ritrattare le sue tesi. Pomponazzi non ritratta ma si difende con la sua Apologia del 1518 e con il Defensorium adversus Augustinum Niphum del 1519, una risposta al De immortalitate animae libellus di Agostino Nifo, in cui sostiene la distinzione tra verità di fede e verità di ragione, idea ripresa dal filosofo Roberto Ardigò.
Queste controversie gli impediscono di pubblicare due opere che aveva completato nel 1520: il De naturalium effectuum causis sive de incantationibus e i Libri quinque de fato, de libero arbitrio et de praedestinatione, pubblicati postumi rispettivamente nel 1556 e 1557, con alcune modifiche, a Basilea, da Guglielmo Grataroli. Evita ogni problema teologico pubblicando nel 1521 il De nutritione et augmentatione, il De partibus animalium nel 1521 e il De sensu nel 1524.
Malato di calcoli renali, stende il proprio testamento nel 1524 e muore l'anno dopo. Secondo il suo allievo Antonio Brocardo egli si sarebbe suicidato.
Il De immortalitate animae
Per Aristotele l'anima è l'atto (entelechia) primo di un corpo che ha la vita in potenza, è la sostanza che realizza le funzioni vitali del corpo. Tre sono le funzioni dell'anima: 1- la vegetativa per la quale gli esseri vegetali, animali e umani si nutrono e si riproducono; 2- la sensitiva per la quale gli esseri animali e umani hanno sensazioni e immagini; la 3- intellettiva, per la quale gli esseri umani comprendono.
L'intelletto è la capacità di giudicare le immagini fornite dai sensi. L'atto dell'intendere si identifica con l'oggetto intelligibile, cioè con la sostanza dell'oggetto, ossia con la verità.
Aristotele distingue lintelletto potenziale o possibile o passivo, che è la capacità umana di intendere, dallintelletto attuale o attivo o agente, che è la luce intellettuale. Quest'ultimo contiene in atto tutti gli intelligibili, e agisce sull'intelletto potenziale come — l'esempio è di Aristotele — la luce mostra, mette in atto i colori che al buio non sono visibili ma pure esistono e dunque sono in potenza: l'intelletto agente mette in atto le verità che nell'intelletto potenziale sono soltanto in potenza. L'intelletto agente è separato, non composto, impassibile, per sua essenza atto…separato, esso è solo quel che è realmente, e questo solo è immortale ed eterno.
Che ne è dunque dell'anima? Nella Metafisica Aristotele dice solo che "Bisogna esaminare se la forma esista anche dopo la dissoluzione del composto; per alcune cose nulla lo impedisce, come, ad esempio nel caso dell'anima, ma non dell'anima nella sua interezza, bensì dell'intelletto, poiché è forse impossibile l'esistenza separata dell'anima intera".Aristotele, Metafisica, XII, 1070a, 2-27.
L'aristotelismo a Padova si era diviso in due correnti fondamentali, gli averroisti e gli alessandrini, seguaci questi delle interpretazioni aristoteliche di Alessandro di Afrodisia.
Averroè, secondo una concezione influenzata dal platonismo, sosteneva l'unicità e la trascendenza non solo dell'intelletto agente, ma anche dell'intelletto potenziale, che per lui non appartiene ai singoli uomini ma è unico e comune all'intera specie umana.
La dottrina di Alessandro mantiene l'unicità dell'intelletto agente, che egli fa coincidere con Dio, ma attribuisce a ciascun uomo un intelletto potenziale individuale, mortale insieme con il corpo.
Infine, va ricordato che, secondo Pomponazzi, per Tommaso d'Aquino nell'uomo è presente un'unica anima per sua natura (simpliciter) immortale (divisa nei tre livelli vegetativo, sensitivo e razionale), ma per un certo aspetto (secundum quid) mortale, in quanto anche legata alle funzioni più materiali dell'essere umano. Con il maestro domenicano condivide l'idea che l'anima sia forma del corpo e forma sostanziale e, viceversa, che il corpo sia il principio materiale di un'anima immateriale, sostenendo che l'Aquinate entri in contraddizione con se stesso. Pomponazzi rigettava la possibilità di incontro e armonia fra fede e ragione, affermando la libertà della filosofia rispetto a una fede vincolata alla divina Rivelazione. A suo parere, la conoscenza parte da ciò che è empiricamente rilevabile per sottoporlo al vaglio della ragione. In questo senso, la sua separazione fra filosofia, scienza e fede anticipò Galilei nelle sue parole: "ciò è l’intenzione dello Spirito Santo essere d’insegnarci come si vadia al cielo, e non come vadia il cielo”.
Il Trattato dell'immortalità dell'anima, terminato il 24 settembre 1516 e edito a Bologna il 6 novembre 1516, trae spunto da una discussione con il domenicano Girolamo Raguseo, il quale, avendo il Pomponazzi sostenuto che la teoria di Tommaso sull'anima non si accorda con quella aristotelica, lo aveva pregato di provare le sue affermazioni mediante prove puramente razionali.
"Fecero bene gli antichi a porre l'uomo tra le cose eterne e quelle temporali, cosicché egli, né puramente eterno né semplicemente temporale, partecipa delle due nature e stando a metà fra loro, può vivere quella che vuole. Così, alcuni uomini sembrano dei perché, dominando il proprio essere vegetativo e sensitivo, sono quasi completamente razionali. Altri, sommersi nei sensi, sembrano bestie. Altri ancora, uomini nel vero senso della parola, vivono mediamente secondo la virtù, senza concedersi completamente né all'intelletto e né ai piaceri del corpo."Pietro Pomponazzi, Trattato sull'immortalità dell'anima, Capitolo I, 3-4.
L'uomo, dunque, "è di natura non semplice ma molteplice, non determinata ma bifronte (ancipitis), media fra il mortale e l'immortale"Pietro Pomponazzi, Trattato sull'immortalità dell'anima, Capitolo I, 5. e questa medietà non è il provvisorio incontro di due nature, una corporea e l'altra spirituale, che si divideranno con la morte, ma è la dimostrazione della reale unità dell'uomo: "La natura procede per gradi: i vegetali hanno un poco di anima, gli animali hanno i sensi e una certa immaginazione…alcuni animali arrivano a costruirsi case e a organizzarsi civilmente tanto che molti uomini sembrano avere un'intelligenza molto inferiore alla loro…vi sono animali intermedi fra la pianta e la bestia, come la spugna…della scimmia non sai se sia uomo o bruto, analogamente l'anima intellettiva è media fra il temporale e l'eterno."Pietro Pomponazzi, Trattato sull'immortalità dell'anima, Capitolo IX.
Polemizza con Averroè che ha scisso dalla naturale unità umana il principio razionale da quello sensitivo e con Tommaso d'Aquino, rilevando che l'anima, essendo unica, non può avere due modi di intendere, uno dipendente e un altro indipendente dalle funzioni del corpo; la dipendenza dell'intelligenza dalla fantasia, che dipende a sua volta dai sensi, lega l'anima indissolubilmente al corpo e ne fa seguire lo stesso destino di morte. È capovolta la tesi fondamentale di Tommaso: per Pomponazzi l'anima è per sé mortale e secundum quid, in un certo senso, immortale, e non il contrario, perché "nobilissima fra le cose materiali e al confine con le immateriali, profuma di immortalità ma non in senso assoluto" (aliquid immortalitatis odorat, sed non simpliciter).Pietro Pomponazzi, Trattato sull'immortalità dell'anima, Capitolo IX, 20.E ricorda che per Aristotele l'anima non è creata da Dio: "Un uomo infatti è generato da un uomo e anche dal sole".Aristotele, Fisica, II, 194b 11-15; Pietro Pomponazzi, Trattato sull'immortalità dell'anima, Capitolo VII.
Riguardo al problema del rapporto fra ragione e fede, per Pomponazzi solo la fede, non le ragioni naturali, può affermare l'immortalità dell'anima e "coloro che camminano per le vie dei credenti sono fermi e saldi",Pietro Pomponazzi, Trattato sull'immortalità dell'anima, Capitolo XV. mentre per quanto attiene ai problemi etici che la mortalità dell'anima potrebbe suscitare, afferma che per comportarsi virtuosamente non è affatto necessario credere all'immortalità dell'anima e alle ricompense ultraterrene, perché la virtù è premio a sé stessa e chi afferma che l'anima è mortale salva il principio della virtù meglio di chi la considera immortale, perché la speranza di un premio e il terrore della pena provoca comportamenti servili contrari alla virtù.
Il Tractatus provocò clamore e polemiche alle quali rispose nel 1518, ribadendo le sue tesi con l'Apologia, dove nel primo libro risponde alle critiche amichevoli del suo allievo e futuro cardinale Gaspare Contarini e negli altri due al domenicano Vincenzo Colzade e all'agostiniano Ambrogio Fiandino. Nel 1519 replica con il Defensorium adversus Agostinum Niphum alle critiche di Agostino Nifo, professore di filosofia nell'università di Padova.
La critica dei miracoli Nel 1520 il medico mantovano Ludovico Panizza avrebbe chiesto a Pomponazzi se possono esserci cause soprannaturali di eventi naturali, in contrasto con le affermazioni di Aristotele, e se si debba ammettere l'esistenza di demoni, come sostiene la Chiesa, anche per spiegare molti fenomeni che si sono verificati.