Il suo pensiero filosofico intende collocarsi oltre tutta la storia della filosofia occidentale, che secondo Severino è permeata dal nichilismo causato dalla follia della fede nel divenire.

Biografia Il padre era un militare di carriera siciliano originario di Mineo (CT) trasferitosi a Brescia, mentre la madre era una bresciana di Bovegno in alta Val Trompia. Il fratello maggiore, Giuseppe, di nove anni più anziano, era uno studente alla Normale di Pisa entrato in contatto con la filosofia di Giovanni Gentile nel corso della seconda guerra mondiale.

Emanuele Severino si formò a Brescia, presso il collegio cittadino dei Gesuiti "Cesare Arici"; fin dalla prima adolescenza manifestò uno spiccato interesse per la matematica, la fisica, unito a quello per la composizione musicale. Realizzò un'opera minore per strumenti a fiato che si ispirava a Robert Schumann e a Igor Stravinskij e che fu rappresentata con un discreto successo. La lettura del saggio sul bello musicale di Eduard Hanslick segnò il suo passaggio dalla musica alla riflessione sulla musica, nonché il primo accostamento alla filosofia. In quegli anni, le voci gentiliane del fratello si accompagnarono alla predilezione per le opere di Nietzsche e Schopenhauer. (nei primi minuti)

Nel 1950 si laureò all'Università di Pavia come alunno dell'Almo Collegio Borromeo, discutendo una tesi su Heidegger e la metafisica, sotto la supervisione di Gustavo Bontadini. L'anno successivo ottenne la libera docenza in filosofia teoretica.

Nel 1951 sposò Esterina Violetta Mascialino, dalla quale ebbe due figli.

Dal 1954 al 1969 insegnò filosofia teoretica all'Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano. I libri pubblicati in quegli anni entrarono in forte conflitto con la dottrina ufficiale della Chiesa cattolica, suscitando vivaci discussioni all'interno dell'Università Cattolica e nella Congregazione per la dottrina della fede (l'ex Sant'Uffizio). Dopo un lungo e accurato esame (condotto da Cornelio Fabro) la Chiesa proclamò ufficialmente nel 1969 l'insanabile opposizione tra il pensiero di Severino e il cristianesimo. Fabro ebbe a dichiarare:

Lasciata l'Università Cattolica, Severino venne chiamato all'Università Ca' Foscari Venezia, dove fu tra i fondatori della facoltà di lettere e filosofia, nella quale hanno insegnato o insegnano alcuni dei suoi allievi . Dal 1970 fu professore ordinario di Filosofia teoretica, diresse l'Istituto di filosofia (diventato poi Dipartimento di Filosofia e Teoria delle scienze e, oggi, Dipartimento di Filosofia e Beni Culturali) fino al 1989 e insegnò anche logica, storia della filosofia moderna e contemporanea e sociologia. Tra il 1995 e il 1997 cominciò una serie di pubblici colloqui col teologo tomista Giuseppe Barzaghi in cui pareva aprirsi lo spiraglio di una riconsiderazione della possibilità cristiana.«L'esperimento di Barzaghi è importante e va seguito con attenzione. [...] Immerso nell'alienazione, il cristianesimo è come una casa invisibile di cui qualcuno dice, indicando un banco di nebbia: "Là c'è una casa". Che cosa si riuscirebbe a vedere se la nebbia (l'alienazione) diradasse? Forse una casa. Ma forse nulla. Nel primo caso, [...] il cristianesimo avrebbe ancora qualcosa da dire, e di grande» (E. Severino, Nascere. E altri problemi della coscienza religiosa).

Nel 2005 l'Università Ca' Foscari Venezia lo proclamò Professore emerito; insegnò Ontologia fondamentale presso la Facoltà di Filosofia dell'Università Vita-Salute San Raffaele di Milano; fu Accademico dei Lincei e Cavaliere di gran croce. Ha anche collaborato, , con il Corriere della Sera e con Bresciaoggi.

Il 23 dicembre 2015 il Consiglio comunale di Bovegno gli conferì la cittadinanza onoraria con la seguente motivazione: "Discendente per parte di madre da antica famiglia bovegnese, ha contribuito con la sua opera in maniera rilevante al pensiero filosofico occidentale contemporaneo, sulle orme degli antichi filosofi greci. Nella sua autobiografia ha espresso il suo legame con la terra avìta di Bòvegno che onorata, lo vuole annoverare tra i suoi concittadini più illustri".

È scomparso a Brescia il 17 gennaio 2020 dopo una lunga malattia.

Politica e società Severino ha spesso criticato sia il capitalismo sia il comunismo, fonti dell'heideggeriana "vita inautentica" in quanto espressioni di "dominio della tecnica", ma anche la sinistra in quanto "non è più socialdemocrazia", rilasciando anche dichiarazioni sul suo punto di vista sul passato e sull'avvenire dell'Italia:

e criticando "l'assolutismo cattolico e comunista", oltre che tacciando la magistratura di "ingenuità", poiché processando una classe politica a fondo ha rivelato la contiguità anche con la criminalità organizzata, figlia della guerra fredda e, secondo Severino, impossibile da debellare integralmente in pochi anni senza debellare lo Stato stesso, causando notevoli problemi.

Critiche Cornelio Fabro collocò Severino agli antipodi di Hegel, nell'ambito dell'idealismo di Giovanni Gentile che identificava pensiero ed essere. Lo accusò di essere un nichilista, pur riconoscendogli una "coerenza ferrea" e aver definito Ritornare a Parmenide come uno degli articoli più stimolanti della filosofia contemporanea. Severino riconobbe Fabro come l'autore "della comprensione più penetrante e più concreta del suo lavoro".

Oltre alle citate critiche cattoliche, Martin Heidegger parlando con Cornelio Fabro a Roma ebbe a dire a proposito di "Ritornare a Parmenide" di Severino: "Severino ha immobilizzato il mio Dasein!".

Già da molto prima, alcuni appunti di lavoro heideggeriani testimoniano come Martin Heidegger seguisse il giovanissimo Severino. Severino è stato criticato dal matematico e logico Piergiorgio Odifreddi, in risposta a un giudizio critico dello stesso Severino su un'opera di Odifreddi, ovvero l'introduzione scritta per l'edizione italiana di L'ABC della relatività di Bertrand Russell, dove venivano citati alcuni filosofi (tra cui Severino stesso, Heidegger, Croce e Deleuze), secondo Severino in maniera non congrua e "alla rinfusa"; il matematico ha accusato invece Severino di non considerare l'importanza della scienza (come già fecero i neoidealisti, come Croce e Gentile), a differenza di grandi filosofi del passato che avevano studiato a fondo alcune teorie (facendo l'esempio di Kant, Nietzsche e Cartesio, matematico lui stesso). Nel dialogo tra Severino e Alessandro Di Chiara, Oltre l'uomo e oltre Dio (2002) la filosofia della necessità si contrappone alla filosofia della libertà. Aldo Stella, autore di numerose opere di filosofia teoretica, ha rivolto rilevanti critiche al suo pensiero, che trovano espressione, in particolare, in due volumi dedicati a "La struttura originaria" (struttura che, per Stella, equivale alla "relazione"). Fra i pensatori non accademici che hanno criticato Severino vi è Marco Pellegrino, il quale gli rimprovera lo scorretto uso del principio di non contraddizione.

Marco De Paoli ("La fiamma e la lampada" in "Paradigmi", 1991, n. 26 con la risposta di Severino nel n. 28, e poi nel libro "Furor Logicus" del 2009), critica come riduttivo l'implicito presupposto empiristico e humeano da cui Severino trae la paradossale affermazione che la legna accesa nel camino (evento A) e la cenere successiva (evento B) sarebbero eventi non causalmente connessi, e nega che la presunta eternità degli enti che ne viene dedotta, anche concessa, abbia valenza salvifica.

Secondo padre Battista Mondin, Severino identificò arbitrariamente l'essere con l'ente, attribuendo a quest'ultimo le proprietà esclusive del primo, tra cui l'eternità e l'immutabilità. L'esperienza quotidiana risulta in contraddizione con tale tesi.Padre Battista Mondin, Ontologia e metafisica , ESD, 2022, p. 141

Per il filosofo Sossio Giametta, Severino si atteggiò tragicomicamente a un finto mistico che viveva in un perenne stato di estasi, descrivendo in decine di libri l'Essere gioioso e glorioso che nulla ha da temere dal suo contrario, il divenire e il nulla.

Nell'articolo "Severino e il nulla" su "la Rivista dei Libri" (giugno 1997), lo studioso di logica e storia della filosofia Massimo Mugnai sostenne che l'errore logico ed ontologico fondamentale sia stato quello di dedurre la funzione - della copula "è" - di esistenza partendo dal significato di essere come appartenenza/predicazione: pertanto, l'asserita "scoperta" severiniana che la fede nel divenire sia nichilismo è completamente errata. L'articolo suscitò un aspro confronto tra Mugnai e Severino, pubblicato dalla stampa (in particolare l’inserto Domenicale del Sole 24 Ore a cura di Armando Massarenti), a cui parteciparono alcuni filosofi italiani, a sostegno di Severino, tra cui Gianni Vattimo e l'allievo Umberto Galimberti.

In generale, i logici o gli esponenti della Filosofia analitica hanno imputato a Severino di essere rimasto fermo a una visione della logica antecedente a Gottlob Frege (il padre della logica matematica moderna) e, di conseguenza, l'hanno accusato di piegare le regole della sintassi logica pur di far tornare la sua tesi filosofica sull'eternità degli enti (conseguenza dell'assioma parmenideo e dell'antico principio di non contraddizione di Aristotele). Oggi la logica formale non è più solo quella aristotelica; esistono logiche matematiche complesse, fuzzy, o paraconsistenti che gestiscono le contraddizioni e i mutamenti di stato in modo rigoroso. Pertanto, per questi avversari filosofici (sotto questo profilo si veda, ad esempio, l'ampio saggio critico del filosofo Francesco Barone, intitolato "Il mondo dipinto. Considerazioni sulle tesi di Emanuele Severino", pubblicato sulla rivista accademica Acta Philosophica) Severino ha costruito arbitrariamente un sistema definito "iper-metafisico" basato su un errore di base: trasformare una semplice qualità linguistica (un predicato inerente un soggetto di una proposizioneAd esempio, nella frase "questo tavolo è marrone" l'essere marrone (predicato) di questo tavolo (soggetto) è un altro ente rispetto all'ente "questo tavolo" per il fatto che "è" (l'ente "essere marrone"). Nella Struttura Originaria l'esempio di Severino è "questa lampada è accesa".) in una sostanza eterna (ipostatizzazione), un'operazione considerata logicamente illegittima. Per un logico analitico l'errore fondamentale è stato quello di mischiare il linguaggio-oggetto (la proposizione sulle cose) con il meta-linguaggio (la proposizione sulla proposizione). Inoltre, dal punto di vista formale, è rimproverato che, quando un sistema filosofico stabilisce unilateralmente che le critiche esterne siano valide solo se si accettano prima i presupposti del sistema stesso, smette di essere un dialogo razionale e diventa un dogma. Questo, dal punto di vista del metodo scientifico e analitico, è dialetticamente inaccettabile perché rende la teoria non falsificabile (l'ontologia cioè assume artatamente un livello superiore e avulso dalle regole della logica novecentesca post neo-positivista).

Severino rispondeva a queste critiche sul piano semantico e sintattico che la follia dell'Occidente sta proprio nell'astrarre (= isolare, separare) l'esistenza (ontologia) dalla predicazione (logica), considerandola come oscillante tra l'essere e il nulla (cioè l'illusione nichilista del divenire). Invece, per il filosofo bresciano ogni ente è la totalità immutabile di tutte le sue determinazioni (= eternità di tutti gli enti particolari).

Secondo il critico letterario Alfonso Berardinelli, Severino si limitò a riproporre la consueta tesi dell'essere e del divenire come mera apparenza, ponendosi al di sopra di tutti i pensatori della tradizione occidentale.