Professionista dal 1936 al 1951, vinse la Sei giorni di Parigi in coppia con Achiel Bruneel nel 1947.
Carriera Naeye ottenne pochi risultati nelle corse su strada, con la vittoria in due criterium e i piazzamenti nella Anversa-Gand-Anversa del 1940, dove fu secondo, e nella Omloop van België nel 1944, dove terminò terzo nella prima tappa. La sua attività su pista fu più proficua e, oltre a vincere Sei giorni quali quelle di Parigi e di Monaco, colse numerosi podi in quelle di Gand e Bruxelles. Fu anche terzo nel 1940 nel campionato belga di inseguimento individuale.
Palmarès Strada Altri successi 1942 Criterium di Keerbergen
1944 Criterium di Nieuwerkerken Limburg
Pista 1947 Sei giorni di Parigi (con Achiel Bruneel)
1949 Sei giorni di Monaco di Baviera (con Maurice Depauw)
1950 Sei giorni di Monaco di Baviera (con René Adriaenssens)
1951 Sei giorni di Saint-Etienne (con Ernest Thyssen)
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