Il Giro dell'Emilia 2006, ottantanovesima edizione della corsa e valida come evento dell'UCI Europe Tour 2006, si svolse il 7 ottobre 2006 su un percorso di 196,6 km. La vittoria fu appannaggio dell'italiano Davide Rebellin, che completò il percorso in 4h55'15", precedendo i connazionali Danilo Di Luca e Giuseppe Di Grande.
Sul traguardo di San Luca 49 ciclisti, su 159 partiti da Cento, portarono a termine la competizione.
Ordine d'arrivo (Top 10) CorridoreSquadraTempo1 Davide RebellinGerolsteiner4h55'15"2 Danilo Di LucaLiquigass.t.3 Giuseppe Di GrandeMichea 2"4 Santo AnzàSelle Italiaa 10"5 Riccardo RiccòSaunier Duvala 15"6 Simone MasciarelliAcqua & Saponea 21"7 Ruggero MarzoliLampres.t.8 Oliver ZauggSaunier Duvals.t.9 Luca MazzantiPanariaa 30"10 Kanstancin SiŭcoŭAcqua & Saponea 33"
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