Nel 1903 formò un'organizzazione rivoluzionaria chiamata "Società della Riforma" (Duy Tân hội). Dal 1905 al 1908, visse in Giappone, dove scrisse trattati politici con i quali chiedeva la liberazione del Vietnam dal regime coloniale francese. Dopo essere stato costretto a lasciare il Giappone, si trasferì in Cina dove fu influenzato da Sun Yat-Sen. Formò quindi un nuovo gruppo chiamato "Lega della Restaurazione Vietnamita" (Việt Nam Quang Phục Hội), sul modello del partito repubblicano Sun Yat-Sen. Nel 1925, gli agenti francesi lo sequestrarono a Shanghai, fu condannato per tradimento e trascorse il resto della sua vita agli arresti domiciliari a Huế.
Nel corso della sua vita, utilizzò diversi pseudonimi, che comprendevano, tra gli altri, São Nam, Thị Hán, Độc Kinh Tử, Việt Điểu e Hàn Mãn Tử.
Gioventù Phan nacque come Phan Văn San nel villaggio di Sa Nam, distretto di Nam Đàn, nella provincia di Nghệ An.. Suo padre, Phan Văn Phổ, discendeva da una famiglia povera di persone che avevano sempre eccelso negli studi. Phan trascorse i suoi primi tre anni a Sa Nam, il villaggio di sua madre Nguyễn Thị Nhàn, poi la famiglia si trasferì al villaggio natale di suo padre, Dan Nhiem, anch'esso nel distretto di Nam Đàn. Fino a quando Phan non ebbe cinque anni, suo padre si trovava sempre lontano da casa, ad insegnare in altri villaggi,. così sua madre lo allevò insegnandogli a recitare brani del Classico della poesia, da cui egli assorbì l'etica e la virtù confuciana..
All'età di cinque anni, il padre di Phan tornò definitivamente a casa per picchiare la moglie il figlio pur di non sentire le urla iniziò a studiare i classici cinesi come il Classico dei tre caratteri, che imparò a memoria in soli tre giorni.. A seguito della sua capacità di imparare in fretta, il padre decise di passare ad ulteriori testi confuciani come i Dialoghi, che studiò su foglie di banano. Nella sua autobiografia, Phan ammise di non capire il significato del testo in dettaglio, ma a sei anni fu capace di scrivere una variante dei Dialoghi di Confucio che parodiava i suoi compagni di classe. Questo gli valse delle bastonate dal padre..
In quel periodo, la regione centrale del Vietnam, dove viveva Phan, era ancora sotto la sovranità dell'imperatore Tự Đức, ma la parte meridionale del paese cominciava ad essere gradualmente colonizzata già dal 1860 e trasformata nella colonia di Cocincina. Nel 1874, un attacco ad Hanoi costrinse Tự Đức a firmare un trattato per aprire il Fiume Rosso al commercio francese.. Nel distretto di Nam Đàn, sorse un movimento antifrancese Binh Tây tra gli studenti e Phan a sette anni partecipò alle sommosse con i suoi compagni di classe utilizzando "armi" fatte di canne di bambù e proiettili di litchi. L'agitazione fu sufficiente per far sì che la corte imperiale mandasse le truppe per sedare l'opposizione. La famiglia di Phan non risentì della repressione, ma il movimento ebbe un impatto profondo su di lui. In seguito, egli osservò: "Da giovane ero dotato di uno spirito ardente. Dai tempi in cui ero un piccolo bambino ... ogni volta che leggo le storie di quelli del passato che erano pronti a morire per una giusta causa, le lacrime scendono subito dai miei occhi, bagnando i libri"..
All'età di tredici anni, il padre di Phan lo inviò presso un altro insegnante con una reputazione migliore. Poiché la famiglia non aveva i soldi per farlo viaggiare lontano, studiò con un cử nhân (laureato) locale che era in grado di prendere in prestito una serie di libri da famiglie agiate della zona. Nel 1883, i francesi completarono la colonizzazione del Vietnam conquistando la parte settentrionale del paese che fu incorporato nell'Indocina francese.. Phan redasse un appello per "abbattere i francesi e recuperare il nord del paese" (Binh Tây thu Bắc). Diffuse l'appello anonimamente cercando di attivare la formazione di una resistenza locale ma non vi furono risposte. Phan si rese conto che nessuno avrebbe ascoltato una persona che non aveva lo status sociale garantito dal superamento degli esami di mandarino..
Nel 1884, sua madre morì e suo padre era sempre più debole; ciò costrinse Phan ad assumersi maggiori responsabilità per contribuire al sostentamento della famiglia.. Nel 1885, il movimento Cần Vương iniziò la sua rivolta contro il dominio francese sperando di far diventare l'imperatore ragazzo Hàm Nghi governatore di uno Stato indipendente del Vietnam espellendo le forze coloniali. L'entourage imperiale lasciò il palazzo di Huế e tentò di avviare la rivolta da una base militare di Nghệ An. Gli studenti della provincia si unirono alla rivolta e Phan tentò di mobilitare 60 compagni di classe affinché si unissero alla sommossa. Phan chiamò la sua nuova unità '"esercito di candidati all'esame lealista" (Si tu Can Vuong Doi) e convinse un laureato cử nhân ad agire nelle vesti di comandante. Avevano appena cominciato a raccogliere i primi soldi e materiali per le armi quando una pattuglia francese attaccò il villaggio e disperse gli studenti. Il padre di Phan lo costrinse a cercare il comandante per distruggere la lista dei membri ed evitare le ritorsioni francesi.
Con il padre sempre più debole, Phan decise di mantenere un profilo basso per evitare problemi con i coloni francesi in modo da poter sostenere la sua famiglia. Lo fece attraverso l'insegnamento e la scrittura, mentre continuava ancora la preparazione per gli esami.. Durante questo periodo, acquistò libri sulla strategia militare di Sun Tzu e Đào Duy Từ, gli strateghi militari degli Nguyễn che fermarono i Trịnh con un muro difensivo, e di Trần Hưng Đạo, il comandante militare della dinastia Trần, che respinse le invasioni mongole nel Vietnam nel XIII secolo.. Phan coltivò anche un'intensa amicizia con un piccolo numero di suoi studenti che avevano forti sentimenti indipendentisti. Accolse con entusiasmo le visite di membri del Cần Vương e trasmise le loro storie ai suoi studenti, in particolare quelle relative a Phan Đình Phùng, che aveva guidato le sommosse del Cần Vương.
Phan fallì gli esami regionali di mandarino per un certo numero di anni di fila. A 30 anni, si recò a Hue ad insegnare, a "migliorare i suoi contatti" e per ottenere un tutoraggio speciale in preparazione del suo prossimo tentativo di superare l'esame. A Hue, Phan fece amicizia con diverse persone che avevano i suoi stessi credi politici e ideologici. Un amico, Nguyễn Thượng Hiền, lo introdusse agli scritti inediti di Nguyễn Lộ Trạch, un riformista vietnamita.. Questo è stato il primo contatto di Phan con il Movimento di Autorafforzamento in Cina. Dopo il ritorno a Nghe An nel 1900, Phan superò gli esami regionali di mandarino con il massimo dei voti.
Il matrimonio e la famiglia All'età di 22 anni, Phan sposò Thái Thị Huyên, originaria del suo stesso villaggio. Il matrimonio era stato a lungo organizzato dai loro genitori, che erano conoscenti. Phan era l'unico figlio in famiglia, ma per i primi tempi con sua moglie non riuscì ad avere alcun bambino, così Thái organizzò per lui il matrimonio con una seconda moglie in modo che la linea di famiglia potesse continuare. Questa pratica non era rara nelle famiglie confuciane del periodo. La sua seconda moglie gli diede un figlio e una figlia, e la sua prima moglie poi gli diede un altro figlio. Le due donne avevano comunque buoni rapporti.
Quando Phan superò gli esami regionali nel 1900, aveva i requisiti per diventare un dipendente pubblico. Tuttavia, Phan aveva alcun'intenzione di perseguire una carriera da dipendente pubblico e voleva solo la qualifica per aumentare il suo status sociale per i suoi futuri progetti anti-coloniali. Dopo la morte del padre, nello stesso anno, Phan non ebbe più obblighi familiari e decise di recarsi all'estero per esercitare la sua attività rivoluzionaria.. Presentò i documenti per il divorzio dalla sua moglie così lei avrebbe evitato ritorsioni da parte delle autorità coloniali per le sue attività..
Phan incontrò sua moglie solo un'altra volta dopo il divorzio, quando fu graziato e rilasciato dal carcere di Hỏa Lò più di due decenni dopo. Poi fu sottoposto inviato a una forma libera di arresti domiciliari a Huế. Sua moglie gli disse: "Sono molto felice. D'ora in poi, il mio unico desiderio è che tu segua la tua aspirazione iniziale. Fai quello che ti piace, e non preoccuparti per tua moglie e per i tuoi figli". Mentre Phan viveva i suoi ultimi anni, i suoi figli e le loro famiglie vennero a fargli visita, ma non sua moglie. Prima di morire, la moglie istruì i suoi figli affinché non dicessero nulla a Phan per non distrarlo..
Attivismo in Vietnam
Phan trascorse i primi cinque anni del XX secolo vivendo a Hue e viaggiando per il paese. Phan elaborò un piano in tre fasi per cacciare i francesi dal Vietnam. In primo luogo, aveva bisogno di riorganizzare le file del movimento Cần Vương e dei simpatizzanti della causa. In secondo luogo, avrebbe dovuto cercare di ottenere il sostegno della famiglia imperiale vietnamita e dell'apparato burocratico. Infine, avrebbe cercato di ottenere aiuti stranieri, da rivoluzionari cinesi o giapponesi, per finanziare la rivoluzione.... Tuttavia, fu solo più tardi che Phan si rese conto che ottenere l'indipendenza del Vietnam sarebbe stato molto più difficile del previsto. Studiò le opere di famosi pensatori europei, come Voltaire, Rousseau e Darwin. Fu fortemente influenzato anche dagli scritti dei confuciani cinesi Liang Qichao e Kang Youwei.
Le opere europee e cinesi contribuirono ad aprire il pensiero di Phan verso ideologie libertarie più ampie, in particolare per gli aspetti riguardanti la lotta per la libertà e l'autodeterminazione dei popoli. Hsin-min ts'ung-pao ("Il rinnovamento del popolo") di Liang ebbe un forte impatto sulle idee rivoluzionarie di Phan in quanto criticava il governo cinese dichiarando che la coscienza del popolo cinese aveva bisogno di essere risvegliata per far avanzare il paese nell'epoca moderna.. Kang reinterpretò l'idea del darwinismo sociale e il concetto della sopravvivenza del più forte applicandolo alle nazioni e ai gruppi etnici. Descrisse gli esiti terribili che avrebbe dovuto affrontare la Cina se il paese non avesse affrontato una serie di riforme simili a quelle affrontate dall'Impero ottomano e dall'India coloniale. Egli credeva che le riforme fatte da Pietro il Grande e dall'Imperatore Mutsuhito erano ottimi esempi di quella ristrutturazione politica che doveva essere attuata per salvare la Cina. Con l'opera di Kang, Phan capì come la decisione dell'imperatore Tự Đức di ignorare le proposte di riforme di Nguyễn Trường Tộ aveva portato alla caduta del Vietnam e aveva permesso la dominazione francese..
Phan continuò a chiedere il sostegno degli studiosi e dell'apparato burocratico al servizio dei francesi, poi cercò ottenere il supporto da parte dei membri della famiglia imperiale.. Si trasferì a Huế, sostenendo che doveva prepararsi per gli esami imperiali ma in realtà aveva in mente di setacciare le varie fazioni della famiglia reale per ottenerne il sostegno. Phan si recò poi nella provincia di Quảng Nam per incontrare Nguyễn Thành, un attivista rivoluzionario anti-coloniale coinvolto nel movimento Cần Vương. Thành suggerì che una persona vicina ai reali, Ton That Toai, avrebbe potuto contribuire alla rivoluzione. Phan rifiutò l'offerta, ma chiese un parere a Thanh riguardo al sostegno dei discendenti diretti dell'imperatore Gia Long, il fondatore della dinastia Nguyễn. Questi discendenti diretti erano ancora molto rispettati dai facoltosi proprietari terrieri del Delta del Mekong, a cui Phan aveva intenzione di chiedere il denaro necessario per finanziare la rivoluzione... Nella primavera del 1903, Phan aveva trovato un candidato perfetto per guidare il rivoluzione: il principe Cường Để, discendente diretto del figlio maggiore di Gia Long, Canh. I discendenti di Cường Để da tempo si erano dissociati dall'imperatore e dalla sua famiglia, sin dagli inizi del XIX secolo.